Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 3,932,727 | C→A | 17.2% | V416F (GTT→TTT) | hsrA ← | putative multidrug or homocysteine efflux system |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 3,932,727 | 0 | C | A | 17.2% | 683.2 / 95.1 | 245 | V416F (GTT→TTT) | hsrA | putative multidrug or homocysteine efflux system |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (105/96); new base A (31/13); total (136/109) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.02e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 261 total aligned reads displayed.
AGATTTACGCTGTCTTTTGATCAAATTATTACCATCGGTTGTTTTCAGAAGCATGAACATTGCTGCTGAAGCAACAGTAATAATGCCCATTGTGATAAACGTATAGTGGAATTGTTCGACAGTCGTTGTGCCTTCCATTCCTTCATAAACGCGAAGGACGGCCGCACTTACAGCAACGCCTAAACTAATCGACAGTTGCTGCGTGACCGCCAGAACACTGTTACCGCTGCTGGCATTGTCATCGGTCAGATCGGCAAGTGTGATGGTATTCATCGCGGTAAACTGCGTCGACATAGCCA > CP009273/3932578‑3932876 | gaattACGCTGTCTTTTTATCAAATTATTACCATCGGTTGTTTTCAGAAGCATGAACATTGCTGCTGAAGCAACAGTAATAATGCCCATTGTGATAAACGTATAGTGGAATTGTTCGACAGTCGTTGTGCCTTCCATTCCTTCATAAAcg < 2:2765783/147‑1 (MQ=255) ttACGCTGTCTTTTGATCAAATTATTACCATCGGTTGTTTTCAGAAGCATGAACATTGCTGCTGAAGCAACAGTAATAATGCCCATTGTGATAAACGTATAGTGGAATTGTTCGACAGTCGTTGTGCCTTCCATTCCTTCATAAACGCGa > 2:2912334/1‑150 (MQ=255) gCTGTCTTTTGATCAAATTATTACCATCGGTTGTTTTCAGAAGCATGAACATTGCTGCTGAAGCAACAGTAATAATGCCCATTGTGATAAACGTATAGTGGAATTGTTCGACAGTCGTTGTGCCTTCCATTCCTTCATAAACGCGAAGGa < 1:3335743/150‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |