| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 4,417,551 | A→C | 66.6% | pseudogene (41/402 nt) | ytfA → | pseudogene, related to transcriptional regulators |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 4,417,551 | 0 | A | C | 66.6% | 244.8 / 157.3 | 161 | pseudogene (41/402 nt) | ytfA | pseudogene, related to transcriptional regulators |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (30/24); new base C (56/51); total (86/75) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.40e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.67e-01 | |||||||||||
Only 100 of 165 total aligned reads displayed.
GGGAGAAAATGACTTCCACGCCTTACACCGTACATTCTTGTTGTGCGGTATGTAATTATTCTACGCTGTCGGTATCGGTGTATTCGTTAATCAGCAGGTTAGCCAGCCACAAAAAGCCATTGAGAAAATTATTGATTTTACATGGGATTATTATATTGCTAATCCTTGGTTTTTAAAAATTGTGCATAGTGAAAATCAAAGTAAAGGTGTGCATTATGCAAAATCACAGCGTCTCTTAGAAATTAACCATGCGCACTTGCAGTTAATGGAATCCTTATTGGATGAAGGGAAGAAAC > CP009273/4417405‑4417700 | ggAGAAAATGACTTCCACGCCTTACACCGTACATTCTTGTTGTGCGGTATGTAATTATTCTACGCTGTCGGTATCGGTGTATTCGTTAATCAGCAGGTTAGCCAGCCACAAAAAGCCATTGAGAAAATTATTGATTTTACATGGGcttat > 2:1113349/1‑150 (MQ=255) gagaAAATGACTTCCACGCCTTACACCGTACATTCTTGTTGTGCGGTATGTAATTATTCTACGCTGTCGGTATCGGTGTATTCGTTAATCAGCAGGTTAGCCAGCCACAAAAAGCCATTGAGAAAATTATTGATTTTACATGGGattatt < 2:3983613/150‑1 (MQ=255) aaTGACTTCCACGCCTTACACCGTACATTCTTGTTGTGCGGTATGTACTTATTCTACGCTGTCGGTATCGGTGTATTCGTTAATCAGCAGGTTAGCCAGCCACAAAAAGCCATTGAGAAAATTATTGATTTTACATGGGCTTATTATAtt > 2:2780056/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |