| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 4,506,776 | C→A | 5.3% | P253P (CCG→CCT) | fecR ← | FecI pro‑sigma factor; transmembrane signal transducer for ferric citrate transport; periplasmic FecA:ferric citrate sensor and cytoplasmic FecI ECF sigma factor activator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | CP009273 | 4,506,776 | 0 | C | A | 5.3% | 1500.1 / 40.4 | 390 | P253P (CCG→CCT) | fecR | FecI pro‑sigma factor; transmembrane signal transducer for ferric citrate transport; periplasmic FecA:ferric citrate sensor and cytoplasmic FecI ECF sigma factor activator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (204/164); new base A (7/15); total (211/179) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.55e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 393 total aligned reads displayed.
TAACGGGAAGCGTTTGCGCGATAACGTTCAGGATCGCATCGGTATTTTTCAGCGGGAACGTCCCGCTCAGGCGCAGCCCGGCAACGGCGGGATCGCAGCGCAGCACGCCGTTGCGGTAACGGGTTAGCGTGGCTATCACCTCACCCAGCGGTTTATCGCTGAAGCTCAGGATGTCCTTCGTCCAGCTTGTACTCTCGTCATCCAGCGGTTTCACTGCGCCAAACTCAGAGGCGCTGAACTGCAGGCTTTCACCAGCGTTCACGATGCGTTTTTGCGCGGGGGCACTGGCGAGAAGCAC > CP009273/4506628‑4506925 | tAACGGGAAGCGTTTGCGCGATAACGTTCAGGATCGCATCGGTATTTTTCAGCGGGAACGTCCCGCTCAGGCGCAGCCCGGCAACGGCGGGATCGCAGCGCAGCACGCCGTTGCGGTAACGGGTTAGCGTGGCTATCACCTCACCCAGCg > 1:3679001/1‑150 (MQ=255)tAACGGGAAGCGTTTGCGCGATAACGTTCAGGATCGCATCGGTATTTTTCAGCGGGAACGTCCCGCTCAGGCGCAGCCCGGCAACGGCGGGATCGCAGCGCAGCACGCCGTTGCGGTAACGGGTTAGCGTGGCTATCACCTCACCCAGCg > 2:4417633/1‑150 (MQ=255)tAACGGGAAGCGTTTGAGCGATAACGTTCAGGATCGCATCGGTATTTTTCAGCGGGAACGTCCCGCTCAGGCGCAGCCCGGCAACGGCGGGATCGCAGCGCAGCACGCCGTTGCGGTAACGGGTTAGCGTGGCTATCACCTCACCCAGCg > 1:4287728/1‑150 (MQ=255) 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cAGCGGTTTATCGCTGAAGCTCAGGATGTCCTTCGTCCAGCTTGTACTCTCGTCATCCAGCGGTTTCACTGCGCCAAACTCAGAGGCGCTGAACTGCAGGCTTTCACCAGCGTTCACGATGCGTTTTTGCGCGGGGGCACTGGCGAGAAg < 2:1894902/150‑1 (MQ=255) gCGGTTTATCGCTGAAGCTCAGGATGTCCTTCGTCCAGCTTGTACTCTCGTCATCCAGCGGTTTCACTGCGCCAAACTCAGAGGCGCTGAACTGCAGGCTTTCACCAGCGTTCACGATGCGTTTTTGCGCGGGGGCACTGGCGAGAAGCa < 1:3073245/150‑1 (MQ=255) | TAACGGGAAGCGTTTGCGCGATAACGTTCAGGATCGCATCGGTATTTTTCAGCGGGAACGTCCCGCTCAGGCGCAGCCCGGCAACGGCGGGATCGCAGCGCAGCACGCCGTTGCGGTAACGGGTTAGCGTGGCTATCACCTCACCCAGCGGTTTATCGCTGAAGCTCAGGATGTCCTTCGTCCAGCTTGTACTCTCGTCATCCAGCGGTTTCACTGCGCCAAACTCAGAGGCGCTGAACTGCAGGCTTTCACCAGCGTTCACGATGCGTTTTTGCGCGGGGGCACTGGCGAGAAGCAC > CP009273/4506628‑4506925 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |