Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 523,244 | G→T | 10.7% | E70* (GAA→TAA) | ybbC → | putative immunity protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 523,244 | 0 | G | T | 10.7% | 456.8 / 29.6 | 131 | E70* (GAA→TAA) | ybbC | putative immunity protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (61/56); new base T (7/7); total (68/63) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 |
Only 100 of 131 total aligned reads displayed.
GACAGCTGTTTACGGTTCTGATGAAAACATTATTTTTATGAGGTATGTGGAAAAATTACATTTAGATAAATACTCTGTTAAAAATACGGTAAAAACTGAAACAATGGCGATACAATTAGCTGAAATATATGTTAGGTATCGCTATGGCGAACGGATTGCAGAAGAAGAAAAACCATATTTAATTACGGAACTACCAGATAGTTGGGTTGTTGAGGGAGCAAAGTTACCTTATGAAGTTGCGGGTGGTGTATTTATTATAGAAATTAATAAGAAAAATGGATGTGTTTTGAATTTCCT > CP009273/523096‑523392 | gaCAGCTGTTTACGGTTCTGATGAAAACATTATTTTTATGAGGTATGTGGAAAAATTACATTTAGATAAATACTCTGTTAAAAATACGGTAAAAACTGAAACAATGGCGATACAATTAGCTGAAATATATGTTAGGTATCGCTATGGCGa > 2:1313098/1‑150 (MQ=255) gaCAGCTGTTTACGGTTCTGATGAAAACATTATTTTTATGAGGTATGTGGAAAAATTACATTTAGATAAATACTCTGTTAAAAATACGGTAAAAACTGAAACAATGGCGATACAATTAGCTGAAATATATGTTAGGTATCGCTATGGCGa > 2:4748956/1‑150 (MQ=255) cAGCTGTTTACGGTTCTGATGAAAACATTATTTTTATGAGGTATGTGGAAAAATTACATTTAGATAAATACTCTGTTAAAAATACGGTAAAAACTGAAACAATGGCGATACAATTAGCTGAAATATATGTTAGGTATCGCTATGGCGAAc < 1:309651/150‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |