Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 550,786 | G→T | 14.2% | A240A (GCG→GCT) | cysS → | cysteinyl‑tRNA synthetase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 550,786 | 0 | G | T | 14.2% | 846.3 / 94.3 | 261 | A240A (GCG→GCT) | cysS | cysteinyl‑tRNA synthetase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (102/122); new base T (11/26); total (113/148) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.65e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.40e-01 |
Only 100 of 271 total aligned reads displayed.
GAACCGAGCTGGCCGTCTCCGTGGGGCGCGGGTCGTCCTGGCTGGCACATTGAATGTTCGGCAATGAACTGCAAGCAGCTGGGTAACCACTTTGATATCCACGGCGGCGGTTCAGACCTGATGTTCCCGCACCACGAAAACGAAATCGCGCAGTCCACCTGTGCCCATGATGGTCAGTATGTGAACTACTGGATGCACTCGGGGATGGTGATGGTTGACCGCGAGAAGATGTCCAAATCGCTGGGTAACTTCTTTACCGTGCGCGATGTGCTGAAATACTACGACGCGGAAACCGTGCG > CP009273/550637‑550935 | gAACCGAGCTGGCCGTCTCCGTGGGGCGCGGGTCGTCCTGGCTGGCACATTGAATGTTCGGCAATGAACTGCAAGCAGCTGGGTAACCACTTTGATATCCACGGCGGCGGTTCAGACCTGATGTTCCCGCACCACGAAAACGAAATcgcg > 1:4112524/1‑150 (MQ=255) gAACCGAGCTGGCCGTCTCCGTGGGGCGCGGGTCGTCCTGGCTGGCACATTGAATGTTCGGCAATGAACTGCAAGCAGCTGGGTAACCACTTTGATATCCACGGCGGCGGTTCAGACCTGATGTTCCCGCACCACGAAAACGAAATcgcg > 1:498603/1‑150 (MQ=255) gAACCGAGCTGGCCGTCTCCGTGGGGCGCGGGTCGTCCTGGCTGGCACATTGAATGTTCGGCAATGAACTGCAAGCAGCTGGGTAACCACTTTGATATCCACGGCGGCGGTTCAGACCTGATGTTCCCGCACCACGAAAACGAAATcgcg > 2:1898849/1‑150 (MQ=255) cGAGCTGGCCGTCTCCGTGGGGCGCGGGTCGTCCTGGCTGGCACATTGAATGTTCGGCAATGAACTGCAAGCAGCTGGGTAACCACTTTGATATCCACGGCGGCGGTTCAGACCTGATGTTCCCGCACCACGAAAACGAAATCGCGCAGt > 2:1617013/1‑150 (MQ=255) gAGCTGGCCGTCTCCGTGGGGCGCGGGTCGTCCTGGCTGGCACATTGAATGTTCGGCAATGAACTGCAAGCAGCTGGGTAACCACATTGATATCCACGGCGGCGGTTCAGACCTGATGTTCCCGCACCACGAAAACGAAATCGCTCAGTc > 2:3880258/1‑150 (MQ=255) aGCTGGCCGTCTCCGTGGGGCGCGGGTCGTCCTGGCTGGCACATTGAATGTTCGGCAATGAACTGCAAGCAGCTGGGTAACCACTTTGATATCCACGGCGGCGGTTCAGACCTGATGTTCCCGCACCACGAAAACGAAATCGCGCAGTcc < 1:1032257/150‑1 (MQ=255) gCTGGCCGTCTCCGTGGGGCGCGGGTCGTCCTGGCTGGCACATTGAATGTTCGGCAATGAACTGCAAGCAGCTGGGTAACCACTTTGATATCCACGGCGGCGGTTCAGACCTGATGTTCCCGCACCACGAAAACGAAATCGCTCAGTCCa < 1:2829111/150‑1 (MQ=255) gCTGGCCGTCTCCGTGGGGCGCGGGTCGTCCTGGCTGGCACATTGAATGTTCGGCAATGAACTGCAAGCAGCTGGGTAACCACTTTGATATCCACGGCGGCGGTTCAGACCTGATGTTCCCGCACCACGAAAACGAAATCGCGCAGTCCa < 1:2199369/150‑1 (MQ=255) tGGCCGTCTCCGTGGGGCGCGGGTCGTCCTGGCTGGCACATTGAATGTTCGGCAATGAACTGCAAGCAGCTGGGTAACCACTTTGATATCCACGGCGGCGGTTCAGACCTGATGTTCCCGCACCACGAAAACGAAATCGCGCAGTCCAcc < 2:1772643/150‑1 (MQ=255) gCCGTCTCCGTGGGGCGCGGGTCGTCCTGGCTGGCACATTGAATGTTCGGCAATGAACTGCAAGCAGCTGGGTAACCACTTTGATATCCACGGCGGCGGTTCAGACCTGATGTTCCCGCACCACGAAAACGAAATCGCGCAGTCCACCtg < 1:2132934/150‑1 (MQ=255) gCCGTCTCCGTGGGGCGCGGGTCGTCCTGGCTGGCACATTGAATGTTCGGCAATGAACTGCAAGCAGCTGGGTAACCACTTTGATATCCACGGCGGCGGTTCAGACCTGATGTTCCCGCACCACGAAAACGAAATCGCGCAGTCCACCtg < 2:2228962/150‑1 (MQ=255) ccGTCTCCGTGGGGCGCGGGTCGTCCTGGCTGGCACATTGAATGTTCGGCAATGAACTGCAAGCAGCTGTGTAACCACTTTTATATCCACGGCGGCGGTTCAGACCTGATGTTCCCGCTACACTATAACGAAATCGCTCAGTCCACCtgt < 1:3888749/150‑1 (MQ=255) tctcCGTGGGGCGCGGGTCGTCCTGGCTGGCACATTGAATGTTCGGCAATGAACTGCAAGCAGCTGGGTAACCACTTTGATATCCACGGCGGCGGTTCAGACCTGATGTTCCCGCACCACGAAAACGAAATCGCGCAGTCCACCTGTGcc < 2:3528156/150‑1 (MQ=255) tctcCGTGGGGCGCGGGTCGTCCTGGCTGGCACATTGAATGTTCGGCAATGAACTGCAAGCAGCTGGGTAACCACTTTGATATCCACGGCGGCGGTTCAGACCTGATGTTCCCGCACCACGAAAACGAAATCGCGCAGTCCACCTGTGcc < 2:2271543/150‑1 (MQ=255) ccGTGGGGCGCGGGTCGTCCTGGCTGGCACATTGAATGTTCGGCAATGAACTGCAAGCAGCTGGGTAACCACTTTGATATCCACGGCGGCGGTTCAGACCTGATGTTCCCGCACCACGAAAACGAAATCGCGCAGTCCACCTGTGCCCat < 2:4290924/150‑1 (MQ=255) cGTGGGGCGCGGGTCGTCCTGGCTGGCACATTGAATGTTCGGCAATGAACTGCAAGCAGCTGGGTAACCACTTTGATATCCACGGCGGCGGTTCAGACCTGATGTTCCCGCACCACGAAAACGAAATCGCTCAGTCCACCTGTGCCCatg > 2:2598000/1‑150 (MQ=255) cGTGGGGCGCGGGTCGTCCTGGCTGGCACATTGAATGTTCGGCAATGAACTGCAAGCAGCTGGGTAACCACTTTGATATCCACGGCGGCGGTTCAGACCTGATGTTCCCGCACCACGAAAACGAAATCGCGCAGTCCACCTGTGCCCatg < 1:392949/150‑1 (MQ=255) cGTGGGGCGCGGGTCGTCCTGGCTGGCACATTGAATGTTCGGCAATGAACTGCAAGCAGCTGGGTAACCACTTTGATATCCACGGCGGCGGTTCAGACCTGATGGTCCCGCACCACGAAAACGAAATCGCGCAGTCCACCTGTGCCCatg < 2:2309065/150‑1 (MQ=255) gTGGGGCGCGGGTCGTCCTGGCTGGCACATTGAATGTTCGGCAATGAACTGCAAGCAGCTGGGTAACCACTTTGATATCCACGGCGGCGGTTCAGACCTGATGTTCCCGCACCACGAAAACGAAATCGCGCAGTCCACCTGTGCCCatga > 2:4427272/1‑150 (MQ=255) tGGGGCGCGGGTCGTCCTGGCTGGCACATTGAATGTTCGGCAATGAACTGCAAGCAGCTGGGTAACCACTTTGATATCCACGGCGGCGGTTCAGACCTGATGTTCCCGCACCACGAAAACGAAATCGCTCAGTCCACCTGTGCCCatgat < 2:4544939/150‑1 (MQ=255) tGGGGCGCGGGTCGTCCTGGCTGGCACATTGAATGTTCGGCAATGAACTGCAAGCAGCTGGGTAACCACTTTGATATCCACGGCGGCGGTTCAGACCTGATGTTCCCGCACCACGAAAACGAAATCGCGCAGTCCACCTGTGCCCatgat > 1:3775114/1‑150 (MQ=255) ggggCGCGGGTCGTCCTGGCTGGCACATTGAATGTTCGGCAATGAACTGCAAGCAGCTGGGTAACCACTTTGATATCCACGGCGGCGGTTCAGACCTGATGTTCCCGCACCACGAAAACGAAATCGCGCAGTCCACCTGTGCCCatgatg < 1:3820095/150‑1 (MQ=255) gcgcGGGTCGTCCTGGCTGGCACATTGAATGTTCGGCAATGAACTGCAAGCAGCTGGGTAACCACTTTGATATCCACGGCGGCGGTTCAGACCTGATGTTCCCGCACCACGAAAACGAAATCGCGCAGTCCACCTGTGCCCATGATGGTc < 1:985979/150‑1 (MQ=255) cgcgGGTCGTCCTGGCTGGCACATTGAATGTTCGGCAATGAACTGCAAGCAGCTGGGTAACCACTTTGATATCCACGGCGGCGGTTCAGACCTGATGTTCCCGCACCACGAAAACGAAATCGCGCAGTCCACCTGTGCCCATGATGGTCa > 1:4637595/1‑150 (MQ=255) cgcgGGTCGTCCTGGCTGGCACATTGAATGTTCGGCAATGAACTGCAAGCAGCTGGGTAACCACTTTGATATCCACGGCGGCGGTTCAGACCTGATGTTCCCGCACCACGAAAACGAAATCGCGCAGTCCACCTGTGCCCATGATGGTCa < 1:4668413/150‑1 (MQ=255) ggTCGTCCTGGCTGGCACATTGAATGTTCGGCAATGAACTGCAAGCAGCTGGGTAACCACTTTGATATCCACGGCGGCGGTTCAGACCTGATGTTCCCGCACCACGAAAACGAAATCGCGCAGTCCACCTGTGCCCATGATGGTCAGTAt < 1:1576994/150‑1 (MQ=255) ggTCGTCCTGGCTGGCACATTGAATGTTCGGCAATGAACTGCAAGCAGCTGGGTAACCACTTTGATATCCACGGCGGCGGTTCAGACCTGATGTTCCCGCACCACGAAAACGAAATCGCGCAGTCCACCTGTGCCCATGATGGTCAGTAt < 1:507102/150‑1 (MQ=255) gtcgtcCTGGCTGGCACATTGAATGTTCGGCAATGAACTGCAAGCAGCTGGGTAACCACTTTGATATCCACGGCGGCGGTTCAGACCTGATGTTCCCGCACCACGAAAACGAAATCGCGCAGTCCACCTGTGCCCATGATGGTCAGTAtg > 2:3003404/1‑150 (MQ=255) tcCTGGCTGGCACATTGAATGTTCGGCAATGAACTGCAAGCAGCTGGGTAACCACTTTGATATCCACGGCGGCGGTTCAGACCTGATGTTCCCGCACCACGAAAACGAAATCGCGCAGTCCACCTGTGCCCATGATGGTCAGTATGTGaa < 2:1984815/150‑1 (MQ=255) ctggctggCACATTGAATGTTCGGCAATGAACTGCAAGCAGCTGGGTAACCACTTTGATATCCACGGCGGCGGTTCAGACCTGATGTTCCCGCACCACGAAAACGAAATCGCTCAGTCCACCTGTGCCCATGATGGTCAGTATGTGAact < 2:2030358/150‑1 (MQ=255) ctggctggCACATTGAATGTTCGGCAATGAACTGCAAGCAGCTGGGTAACCACTTTGATATCCACGGCGGCGGTTCAGACCTGATGTTCCCGCACCACGAAAACGAAATCGCTCAGTCCACCTGTGCCCATGATGGTCAGTATGTGAact > 1:1363885/1‑150 (MQ=255) tggcACATTGAATGTTCGGCAATGAACTGCAAGCAGCTGGGTAACCACTTTGATATCCACGGCGGCGGTTCAGACCTGATGTTCCCGCACCACGAAAACGAAATCGCGCAGTCCACCTGTGCCCATGATGGTCAGTATGTGAACTACTgg > 1:3754542/1‑150 (MQ=255) gcACATTGAATGTTCGGCAATGAACTGCAAGCAGCTGGGTAACCACTTTGATATCCACGGCGGCGGTTCAGACCTGATGTTCCCGCACCACGAAAACGAAATCGCGCAGTCCACCTGTGCCCATGATGGTCAGTATGTGAACTACTGGAt > 1:1221098/1‑150 (MQ=255) gcACATTGAATGTTCGGCAATGAACTGCAAGCAGCTGGGTAACCACTTTGATATCCACGGCGGCGGTTCAGACCTGATGGTCCCGCACCACGAAAACGAAATCGCGCAGTCCACCTGTGCCCATGATGGTCAGTATGTGAACTACTGGAt < 2:2865079/150‑1 (MQ=255) cacaTTGAATGTTCGGCAATGAACTGCAAGCAGCTGGGTAACCACTTTGATATCCACGGCGGCGGTTCAGACCTGATGTTCCCGCACCACGAAAACGAAATCGCGCAGTCCACCTGTGCCCATGATGGTCAGTATGTGAACTACTGGATg > 2:4700686/1‑150 (MQ=255) ttGAATGTTCGGCAATGAACTGCAAGCAGCTGGGTAACCACTTTGATATCCACGGCGGCGGTTCAGACCTGATGTTCCCGCACCACGAAAACGAAATCGCGCAGTCCACCTGTGCCCATGATGGTCAGTATGTGAACTACTGGATGCACt > 2:2881864/1‑150 (MQ=255) tGAATGTTCGGCAATGAACTGCAAGCAGCTGGGTAACCACTTTGATATCCACGGCGGCGGTTCAGACCTGATGTTCCCGCACCACGAAAACGAAATCGCGCAGTCCACCTGTGCCCATGATGGTCAGTATGTGAACTACTGGATGCACTc < 1:871892/150‑1 (MQ=255) aaTGTTCGGCAATGAACTGCAAGCAGCTGGGTAACCACTTTGATATCCACGGCGGCGGTTCAGACCTGATGTTCCCGCACCACGAAAACGAAATCGCGCAGTCCACCTGTGCCCATGATGGTCAGTATGTGAACTACTGGATGCACTCgg > 1:4269606/1‑150 (MQ=255) aaTGTTCGGCAATGAACTGCAAGCAGCTGGGTAACCACTTTGATATCCACGGCGGCGGTTCAGACCTGATGTTCCCGCACCACGAAAACGAAATCGCGCAGTCCACCTGTGCCCATGATGGTCAGTATGTGAACTACTGGATGCACTCgg < 2:4147187/150‑1 (MQ=255) aTGTTCGGCAATGAACTGCAAGCAGCTGGGTAACCACTTTGATATCCACGGCGGCGGTTCAGACCTGATGTTCCCGCACCACGAAAACGAAATCGCGCAGTCCACCTGTGCCCATGATGGTCAGTATGTGAACTACTGGATGCACTCggg > 1:2372899/1‑150 (MQ=255) gTTCGGCAATGAACTGCAAGCAGCTGGGTAACCACTTTGATATCCACGGCGGCGGTTCAGACCTGATGTTCCCGCACCACGAAAACGAAATCGCGCAGTCCACCTGTGCCCATGATGGTCAGTATGTGAACTACTGGATGCACTCGGGga < 1:28831/150‑1 (MQ=255) gTTCGGCAATGAACTGCAAGCAGCTGGGTAACCACTTTGATATCCACGGCGGCGGTTCAGACCTGATGTTCCCGCACCACGAAAACGAAATCGCGCAGTCCACCTGTGCCCATGATGGTCAGTATGTGAACTACTGGATGCACTCGGGga > 1:2268934/1‑150 (MQ=255) gTTCGGCAATGAACTGCAAGCAGCTGGGTAACCACTTTGATATCCACGGCGGCGGTTCAGACCTGATGTTCCCGCACCACGAAAACGAAATCGCGCAGTCCACCTGTGCCCATGATGGTCAGTATGTGAACTACTGGATGCACTCGGGga < 1:2279867/150‑1 (MQ=255) gTTCGGCAATGAACTGCAAGCAGCTGGGTAACCACTTTGATATCCACGGCGGCGGTTCAGACCTGATGTTCCCGCACCACGAAAACGAAATCGCGCAGTCCACCTGTGCCCATGATGGTCAGTATGTGAACTACTGGATGCACTCGGGga < 1:781848/150‑1 (MQ=255) tCGGCAATGAACTGCAAGCAGCTGGGTAACCACTTTGATATCCACGGCGGCGGTTCAGACCTGATGTTCCCGCACCACGAAAACGAAATCGCGCAGTCCACCTGTGCCCATGATGGTCAGTATGTGAACTACTGGATGCACTCGGGgatg > 2:4052256/1‑150 (MQ=255) ggCAATGAACTGCAAGCAGCTGGGTAACCACTTTGATATCCACGGCGGCGGTTCAGACCTGATGTTCCCGCACCACGAAAACGAAATCGCTCAGTCCACCTGTGCCCATGATGGTCAGTATGTGAACTACTGGATGCACTCGGGgatggt > 2:3653842/1‑150 (MQ=255) aaTGAACTGCAAGCAGCTGGGTAACCACTTTGATATCCACGGCGGCGGTTCAGACCTGATGTTCCCGCACCACGAAAACGAAATCGCTCAGTCCACCTGTGCCCATGATGGTCAGTATGTGAACTACTGGATGCACTCGGGgatggtgat < 1:4036044/150‑1 (MQ=255) aaTGAACTGCAAGCAGCTGGGTAACCACTTTGATATCCACGGCGGCGGTTCAGACCTGATGTTCCCGCACCACGAAAACGAAATCGCGCAGTCCACCTGTGCCCATGATGGTCAGTATGTGAACTACTGGATGCACTCGGGgatggtgat > 2:3676642/1‑150 (MQ=255) aTGAACTGCAAGCAGCTGGGTAACCACTTTGATATCCACGGCGGCGGTTCAGACCTGATGTTCCCGCACCACGAAAACGAAATCGCGCAGTCCACCTGTGCCCATGATGGTCAGTATGTGAACTACTGGATGCACTCGGGgatggtgatg < 1:3019920/150‑1 (MQ=255) tGAACTGCAAGCAGCTGGGTAACCACTTTGATATCCACGGCGGCGGTTCAGACCTGATGTTCCCGCACCACGAAAACGAAATCGCGCAGTCCACCTGTGCCCATGATGGTCAGTATGTGAACTACTGGATGCACTCGGGgatggtgatgg < 2:1798074/150‑1 (MQ=255) aCTGCAAGCAGCTGGGTAACCACTTTGATATCCACGGCGGCGGTTCAGACCTGATGTTCCCGCACCACGAAAACGAAATCGCGCAGTCCACCTGTGCCCATGATGGTCAGTATGTGAACTACTGGATGCACTCGGGGATGGTGATGGTTg < 1:4013737/150‑1 (MQ=255) aCTGCAAGCAGCTGGGTAACCACTTTGATATCCACGGCGGCGGTTCAGACCTGATGTTCCCGCACCACGAAAACGAAATCGCGCAGTCCACCTGTGCCCATGATGGTCAGTATGTGAACTACTGGATGCACTCGGGGATGGTGATGGTTg > 2:2125211/1‑150 (MQ=255) tGCAAGCAGCTGGGTAACCACTTTGATATCCACGGCGGCGGTTCAGACCTGATGTTCCCGCACCACGAAAACGAAATCGCGCAGTCCACCTGTGCCCATGATGGTCAGTATGTGAACTACTGGATGCACTCGGGGATGGTGATGGTTGAc < 1:4212658/150‑1 (MQ=255) 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gCACCACGAAAACGAAATCGCGCAGTCCACCTGTGCCCATGATGGTCAGTATGTGAACTACTGGATGCACTCGGGGATGGTGATGGTTGACCGCGAGAAGATGTCCAAATCGCTGGGTAACTTCTTTACCGTGCGCGATGTGCTGAAAta < 2:1714765/150‑1 (MQ=255) caccacGAAAACGAAATCGCGCAGTCCACCTGTGCCCATGATGGTCAGTATGTGAACTACTGGATGCACTCGGGGATGGTGATGGTTGACCGCGAGAAGATGTCCAAATCGCTGGGTAACTTCTTTACCGTGCGCGATGTGCTGAAAtac < 1:2114945/150‑1 (MQ=255) ccacGAAAACGAAATCGCGCAGTCCACCTGTGCCCATGATGGTCAGTATGTGAACTACTGGATGCACTCGGGGATGGTGATGGTTGACCGCGAGAAGATGTCCAAATCGCTGGGTAACTTCTTTACCGTGCGCGATGTGCTGAAAtacta > 1:3317621/1‑150 (MQ=255) cacGAAAACGAAATCGCGCAGTCCACCTGTGCCCATGATGGTCAGTATGTGAACTACTGGATGCACTCGGGGATGGTGATGGTTGACCGCGAGAAGATGTCCAAATCGCTGGGTAACTTCTTTACCGTGCGCGATGTGCTGAAAtactac < 1:4405974/150‑1 (MQ=255) gaaaacgaaaTCGCGCAGTCCACCTGTGCCCATGATGGTCAGTATGTGAACTACTGGATGCACTCGGGGATGGTGATGGTTGACCGCGAGAAGATGTCCAAATCGCTGGGTAACTTCTTTACCGTGCGCGATGTGCTGAAATACTacgac < 2:2135476/150‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |