Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 568,099 | G→T | 8.0% | E60* (GAA→TAA) | ybcN → | DLP12 prophage; uncharacterized protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 568,099 | 0 | G | T | 8.0% | 961.9 / 45.0 | 262 | E60* (GAA→TAA) | ybcN | DLP12 prophage; uncharacterized protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (121/120); new base T (12/9); total (133/129) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.51e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.58e-01 |
Only 100 of 269 total aligned reads displayed.
TACATCGCGGCAACTTCACCGCTATCGGTCGGCAGATCCAGCCTTATCTGGAGGAGGGCAAATGCTTTCGCATGGTGCTTAAACCGTGGCGTGAGAAACGCAGTCTTTCCCAGAATGCACTCAGCCACATGTGGTACAGCGAAATCAGTGAATACCTCATCAGCAGGGGTAAAACGTTCGCCACTCCAGCTTGGGTAAAAGATGCTCTCAAACACACATATCTCGGTTATGAAACCAAAGACCTGGTTGATGTCGTAACCGGTGATATCACCACTATCCAGTCGTTACGCCATACCTCC > CP009273/567950‑568248 | tACATCGCGGCAACTTCACCGCTATCGGTCGGCAGATCCAGCCTTATCTGGAGGAGGGCAAATGCTTTCGCATGGTGCTTAAACCGTGGCGTGAGAAACGCAGTCTTTCCCAGAATGCACTCAGCCACATGTGGTACAGCGAAATCAGTg < 2:2377093/150‑1 (MQ=255) cATCGCGGCAACTTCACCGCTATCGGTCGGCAGATCCAGCCTTATCTGGAGGAGGGCAAATGCTTTCGCATGGTGCTTAAACCGTGGCGTGAGAAACGCAGTCTTTCCCAGAATGCACTCAGCCACATGTGGTACAGCGAAATCAGTTaa > 1:3059624/1‑150 (MQ=255) cATCGCGGCAACTTCACCGCTATCGGTCGGCAGATCCAGCCTTATCTGGAGGAGGGCAAATGCTTTCGCATGGTGCTTAAACCGTGGCGTGAGAAACGCAGTCTTTCCCAGAATGCACTCAGCCACATGTGGTACAGCGAAATCAGTGaa < 2:3524608/150‑1 (MQ=255) 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aCTTCACCGCTATCGGTCGGCAGATCCAGCCTTATCTGGAGGAGGGCAAATGCTTTCGCATGGTGCTTAAACCGTGGCGTGAGAAACGCAGTCTTTCCCAGAATGCACTCAGCCACATGTGGTACAGCGAAATCAGTGAATACCtcatca < 2:3716743/150‑1 (MQ=255) cTTCACCGCTATCGGTCGGCAGATCCAGCCTTATCTGGAGGAGGGCAAATGCTTTCGCATGGTGCTTAAACCGTGGCGTGAGAAACGCAGTCTTTCCCAGAATGCACTCAGCCACATGTGGTACAGCGAAATCAGTGAATACCTCATcag < 2:4102612/150‑1 (MQ=255) cTTCACCGCTATCGGTCGGCAGATCCAGCCTTATCTGGAGGAGGGCAAATGCTTTCGCATGGTGCTTAAACCGTGGCGTGAGAAACGCAGTCTTTCCCAGAATGCACTCAGCCACATGTGGTACAGCGAAATCAGTGAATACCTCATcag < 2:3053614/150‑1 (MQ=255) ttCACCGCTATCGGTCGGCAGATCCAGCCTTATCTGGAGGAGGGCAAATGCTTTCGCATGGTGCTTAAACCGTGGCGTGAGAAACGCAGTCTTTCCCAGAATGCACTCAGCCACATGTGGTACAGCGAAATCAGTGAATACCTCATcagc < 1:243528/150‑1 (MQ=255) tCACCGCTATCGGTCGGCAGATCCAGCCTTATCTGGAGGAGGGCAAATGCTTTCGCATGGTGCTTAAACCGTGGCGTGAGAAACGCAGTCTTTCCCAGAATGCACTCAGCCACATGTGGTACAGCGAAATCAGTGAATACCTCATcagca > 2:3619940/1‑150 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |