| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 631,333 | G→A | 5.1% | N231N (AAC→AAT) | ybdN ← | PAPS reductase‑like domain protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 631,333 | 0 | G | A | 5.1% | 1055.0 / 28.3 | 294 | N231N (AAC→AAT) | ybdN | PAPS reductase‑like domain protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (136/142); new base A (8/7); total (144/150) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.96e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.50e-01 | |||||||||||
Only 100 of 299 total aligned reads displayed.
CCACTTTTTACCCCGCTGACTCGTGCGCACATAGCAGCCCAGCGATCCGGTTCGATAACGTGATAGAGCCATAATCCTTGTCGTTGCTCCGGGCCAAAAGGTTCGCAAATTCGCATATGACGCAGAGGAACGCCTGCCTGATACATTAGGTTATACAGTGGGTTGCAGAGACTTTGATGATTTGCATACCAGGTCCAGATATCAGCCACTTTCCAGTCGTAAATGGGGTAAATGTACCAGCTATGACCGCCTGGTGCGGCCGTAGTCCAGGGTTTATCGTCGGCAAAACGTTGTTTATT > CP009273/631184‑631482 | aCTTTTTACCCCGCTGACTCGTGCGCACATAGCAGCCCAGCGATCCGGTTCGATAACGTGATAGAGCCATAATCCTTGTCGTTGCTCCGGGCCAAAAGGTTCGCAAATTCGCATATGACGCAGAGGAACGCCTGCCTGATACATTAGGtt < 1:1487303/150‑1 (MQ=255) aCTTTTTACCCCGCTGACTCGTGCGCACATAGCAGCCCAGCGATCCGGTTCGATAACGTGATAGAGCCATAATCCTTGTCGTTGCTCCGGGCCAAAAGGTTCGCAAATTCGCATATGACGCAGAGGAACGCCTGCCTGATACATTAGGtt < 2:4735025/150‑1 (MQ=255) cTTTTTACCCCGCTGACTCGTGCGCACATAGCAGCCCAGCGATCCGGTTCGATAACGTGATAGAGCCATAATCCTTGTCGTTGCTCCGGGCCAAAAGGTTCGCAAATTCGCATATGACGCAGAGGAACGCCTGCCTGATACATTAGGTta > 2:404121/1‑150 (MQ=255) tttttACCCCGCTGACTCGTGCGCACATAGCAGCCCAGCGATCCGGTTCGATAACGTGATAGAGCCATAATCCTTGTCGTTGCTCCGGGCCAAAAGGTTCGCAAATTCGCATATGACGCAGAGGAACGCCTGCCTGATACATTAGGTtat < 2:2710776/150‑1 (MQ=255) ttACCCCGCTGACTCGTGCGCACATAGCAGCCCAGCGATCCGGTTCGATAACGTGATAGAGCCATAATCCTTGTCGTTGCTCCGGGCCAAAAGGTTCGCAAATTCGCATATGACGCAGAGGAACGCCTGCCTGATACATTAGGTTATACa < 2:2211879/150‑1 (MQ=255) aCCCCGCTGACTCGTGCGCACATAGCAGCCCAGCGATCCGGTTCGATAACGTGATAGAGCCATAATCCTTGTCGTTGCTCCGGGCCAAAAGGTTCGCAAATTCGCATATGACGCAGAGGAACGCCTGCCTGATACATTAGGTTATACAGt < 1:607177/150‑1 (MQ=255) cGCTGACTCGTGCGCACATAGCAGCCCAGCGATCCGGTTCGATAACGTGATAGAGCCATAATCCTTGTCGTTGCTCCGGGCCAAAAGGTTCGCAAATTCGCATATGACGCAGAGGAACGCCTGCCTGATACATTAGGTTATACAGTGGGt < 1:2602731/150‑1 (MQ=255) gCTGACTCGTGCGCACATAGCAGCCCAGCGATCCGGTTCGATAACGTGATAGAGCCATAATCCTTGTCGTTGCTCCGGGCCAAAAGGTTCGCAAATTCGCATATGACGCAGAGGAACGCCTGCCTGATACATTAGGTTATACAGTGGGtt < 1:1189712/150‑1 (MQ=255) cTGACTCGTGCGCACATAGCAGCCCAGCGATCCGGTTCGATAACGTGATAGAGCCATAATCCTTGTCGTTGCTCCGGGCCAAAAGGTTCGCAAATTCGCATATGACGCAGAGGAACGCCTGCCTGATACATTAGGTTATACAGTGGGTTg < 1:2777775/150‑1 (MQ=255) tGACTCGTGCGCACATAGCAGCCCAGCGATCCGGTTCGATAACGTGATAGAGCCATAATCCTTGTCGTTGCTCCGGGCCAAAAGGTTCGCAAATTCGCATATGACGCAGAGGAACGCCTGCCTGATACATTAGGTTATACAGTGGGTTGc > 2:4674090/1‑150 (MQ=255) tGACTCGTGCGCACATAGCAGCCCAGCGATCCGGTTCGATAACGTGATAGAGCCATAATCCTTGTCGTTGCTCCGGGCCAAAAGGTTCGCAAATTCGCATATGACGCAGAGGAACGCCTGCCTGATACATTAGGTTATACAGTGGGTTGc > 2:2620280/1‑150 (MQ=255) tGACTCGTGCGCACATAGCAGCCCAGCGATCCGGTTCGATAACGTGATAGAGCCATAATCCTTGTCGTTGCTCCGGGCCAAAAGGTTCGCAAATTCGCATATGACGCAGAGGAACGCCTGCCTGATACATTAGGTTATACAGTGGGTTGc > 1:1103089/1‑150 (MQ=255) gACTCGTGCGCACATAGCAGCCCAGCGATCCGGTTCGATAACGTGATAGAGCCATAATCCTTGTCGTTGCTCCGGGCCAAAAGGTTCGCAAATTCGCATATGACGCAGAGGAACGCCTGCCTGATACATTAGGTTATACAGTGGGTTGCa > 2:4706320/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |