| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 647,509 | T→C | 92.8% | intergenic (‑197/‑182) | citC ← / → citA | [citrate [pro‑3S]‑lyase] ligase/sensory histidine kinase in two‑component regulatory system with CitB |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 647,509 | 0 | T | C | 92.8% | 317.5 / 11.5 | 97 | intergenic (‑197/‑182) | citC/citA | [citrate [pro‑3S]‑lyase] ligase/sensory histidine kinase in two‑component regulatory system with CitB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (2/5); new base C (44/46); total (46/51) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.40e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.93e-01 | |||||||||||
Only 100 of 111 total aligned reads displayed.
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |