| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 414,730 | A→T | 17.9% | intergenic (+90/‑317) | phoR → / → brnQ | sensory histidine kinase in two‑component regulatory system with PhoB/branched‑chain amino acid transport system 2 carrier protein; LIV‑II transport system for Ile, Leu, and Val |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 414,730 | 0 | A | T | 17.9% | 447.2 / 72.0 | 183 | intergenic (+90/‑317) | phoR/brnQ | sensory histidine kinase in two‑component regulatory system with PhoB/branched‑chain amino acid transport system 2 carrier protein; LIV‑II transport system for Ile, Leu, and Val |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (48/98); new base T (11/18); total (67/116) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.68e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.50e-01 | |||||||||||
Only 100 of 185 total aligned reads displayed.
AAAGGAACACGTTTCAGTTTTGTTATCCCGGAACGTTTAATTGCCAAAAACAGCGATTAATCCGCCTTTGTCATCTTTTATTGCCATAAGCCAGTCGATGCTGGCTTATTTTCTTTGCAGTCAAAATACGGGCGTTAGATTTTACAACGATTGGTGATTTTTTGTTCGCATGATTAGCCATGTCTTTTTCACGGAAATAGTGTTTTATACTGGTTGGTGATTTCTTATCGCTATATACCTCTGGTTTTTAGATCCCTCCTTGCTTTAAAACGTTATAAGCGTTTAAATTGCGCTTCAGG > CP009273/414581‑414879 | aaaGGAACACGTTTCAGTTTTGTTATCCCGGAACGTTTAATTGCCAAAAACAGCGATTAATCCGCCTTTGTCATCTTTTATTGCCATAAGCCAGTCGATGCTGGCTTATTTTCTTTGCAGTCAAAATACGGGCGTTAGATTTTACAACGa > 1:2315832/1‑150 (MQ=255) aaGGAACACGTTTCAGTTTTGTTATCCCGGAACGTTTAATTGCCAAAAACAGCGATTAATCCGCCTTTGTCATCTTTTATTGCCATAAGCCAGTCGATGCTGGCTTATTTTCTTTGCAGTCAAAATACGGGCGTTAGATTTTACAACGAt < 1:4054485/150‑1 (MQ=255) aGGAACACGTTTCAGTTTTGTTATCCCGGAACGTTTAATTGCCAAAAACAGCGATTAATCCGCCTTTGTCATCTTTTATTGCCATAAGCCAGTCGATGCTGGCTTATTTTCTTTGCAGTCAAAATACGGGCGTTATATTTTACAAAGAtt > 2:361572/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |