| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 467,332 | G→A | 20.7% | R414H (CGC→CAC) | mdlB → | putative multidrug transporter subunit of ABC superfamily, ATP‑binding component |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP009273 | 467,332 | 0 | G | A | 20.7% | 877.4 / 213.4 | 371 | R414H (CGC→CAC) | mdlB | putative multidrug transporter subunit of ABC superfamily, ATP‑binding component |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (172/122); new base A (52/25); total (224/147) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.90e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 382 total aligned reads displayed.
CCTTCGCGCAATTTTGTGGCGCTGGTCGGGCATACCGGCAGTGGCAAAAGCACCCTCGCCAGTTTATTGATGGGCTATTACCCGCTAACGGAAGGTGAGATTCGCCTTGATGGTCGTCCATTAAGTTCGCTAAGTCACAGCGCGCTGCGCCAGGGCGTGGCAATGGTGCAGCAAGATCCGGTGGTGCTGGCGGATACCTTCCTCGCCAACGTGACGCTGGGGCGGGATATCTCCGAAGAACGCGTCTGGCAGGCGCTGGAAACCGTGCAACTGGCGGAGCTGGCGCGTAGCATGAGCG > CP009273/467184‑467481 | ccTTCGCGCAATTTTGTGGCGCTGGTCGGGCATACCGGCAGTGGCAAAAGCACCCTCGCCAGTTTATTGATGGGCTATTACCCGCTAACGGAAGGTGAGATTCGCCTTGATGGTCGTCCATTAAGTTCGCTAAGTCACAGCGCGCTgcgc > 1:3737347/1‑150 (MQ=255)ccTTCGCGCAATTTTGTGGCGCTGGTCGGGCATACCGGCAGTGGCAAAAGCACCCTCGCCAGTTTATTGATGGGCTATTACCCGCTAACGGAAGGTGAGATTCGCCTTGATGGTCGTCCATTAAGTTCGCTAAGTCACAGCGCGCTgcgc > 1:4856083/1‑150 (MQ=255) cgcgCAATTTTGTGGCGCTGGTCGGGCATACCGGCAGTGGCAAAAGCACCCTCGCCAGTTTATTGATGGGCTATTACCCGCTAACGGAAGGTGAGATTCGCCTTGATGGTCGTCCATTAAGTTCGCTAAGTCACAGCGCGCTGCACCAgg < 2:708386/150‑1 (MQ=255) 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ttGTGGCGCTGGTCGGGCATACCGGCAGTGGCAAAAGCACCCTCGCCAGTTTAGTGATGGGCTATTACCCGCTAACGGAAGGTGAGATTCGCCTTGATGGTCGTCCAGTAAGTTCGCTAAGTCCCAGCGCGCTGCGCCAGGGCGTGGCaa > 1:2486987/1‑150 (MQ=255) tgtgGCGCTGGTCGGGCATACCGGCAGTGGCAAAAGCACCCTCGCCAGTTTATTGATGGGCTATTACCCGCTAACGGAAGGTGAGATTCGCCTTGATGGTCGTCCATTAAGTTCGCTAAGTCACAGCGCGCTGCACCAGGGCGTGGCAAt > 2:3358796/1‑150 (MQ=255) gtgGCGCTGGTCGGGCATACCGGCAGTGGCAAAAGCACCCTCGCCAGTTTATTGATGGGCTATTACCCGCTAACGGAAGGTGAGATTCGCCTTGATGGTCGTCCATTAAGTTCGCTAAGTCACAGCGCGCTGCGCCAGGGCGTGGCAATg > 1:3634055/1‑150 (MQ=255) gcgcTGGTCGGGCATACCGGCAGTGGCAAAAGCACCCTCGCCAGTTTATTGATGGGCTATTACCCGCTAACGGAAGGTGAGATTCGCCTTGATGGTCGTCCATTAAGTTCGCTAAGTCACAGCGCGCTGCGCCAGGGCGTGGCAATGGTg < 2:305362/150‑1 (MQ=255) gcgcTGGTCGGGCATACCGGCAGTGGCAAAAGCACCCTCGCCAGTTTATTGATGGGCTATTACCCGCTAACGGAAGGTGAGATTCGCCTTGATGGTCGTCCATTAAGTTCGCTAAGTCACAGCGCGCTGCGCCAGGGCGTGGCAATGGTg < 1:1472653/150‑1 (MQ=255) 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gcCAGGGCGTGGCAATGGTGCAGCAAGATCCGGTGGTGCTGGCGGATACCTTCCTCGCCAACGTGACGCTGGGGCGGGATATCTCCGAAGAACGCGTCTGGCAGGCGCTGGAAACCGTGCAACTGGCGGAGCTGGCGCGTAGCATGAGCg < 1:2184406/150‑1 (MQ=255) gcCAGGGCGTGGCAATGGTGCAGCAAGATCCGGTGGTGCTGGCGGATACCTTCCTCGCCAACGTGACGCTGGGGCGGGATATCTCCGAAGAACGCGTCTGGCAGGCGCTGGAAACCGTGCAACTGGCGGAGCTGGCGCGTAGCATGAGCg > 2:2596034/1‑150 (MQ=255) | CCTTCGCGCAATTTTGTGGCGCTGGTCGGGCATACCGGCAGTGGCAAAAGCACCCTCGCCAGTTTATTGATGGGCTATTACCCGCTAACGGAAGGTGAGATTCGCCTTGATGGTCGTCCATTAAGTTCGCTAAGTCACAGCGCGCTGCGCCAGGGCGTGGCAATGGTGCAGCAAGATCCGGTGGTGCTGGCGGATACCTTCCTCGCCAACGTGACGCTGGGGCGGGATATCTCCGAAGAACGCGTCTGGCAGGCGCTGGAAACCGTGCAACTGGCGGAGCTGGCGCGTAGCATGAGCG > CP009273/467184‑467481 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |