| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 515,501 | G→T | 22.4% | A105S (GCG→TCG) | ybbA → | putative ABC superfamily transporter ATP‑binding subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 515,501 | 0 | G | T | 22.4% | 915.5 / 220.7 | 354 | A105S (GCG→TCG) | ybbA | putative ABC superfamily transporter ATP‑binding subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (121/153); new base T (29/51); total (150/204) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.47e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 361 total aligned reads displayed.
TCCTCGCCGGGCTTGATGACGGCAGCAGTGGCGAAGTGAGTCTGGTGGGACAACCGCTACATAATATGGACGAAGAAGCGCGGGCAAAGTTGCGCGCGAAGCACGTCGGCTTTGTTTTTCAGTCATTTATGTTAATTCCTACCCTTAACGCGCTGGAAAACGTCGAGCTTCCGGCTCTGCTGCGCGGTGAGAGTAGCGCGGAAAGTCGTAACGGGGCGAAAGCGTTGCTCGAACAGTTAGGGCTGGGTAAACGTCTGGATCATCTTCCGGCACAGCTTTCCGGCGGTGAACAGCAACG > CP009273/515352‑515649 | cTCGCCGGGCTTGATGACGGCAGCAGTGGCGAAGTGAGTCTGGTGGGACAACCGCTACATAATATGGACGAAGAAGCGCGGGCAAAGTTGCGCGCGAAGCACGTCGGCTTTGTTTTTCAGTCATGTATGTTAATTCCTACCCTTAAcgcg > 2:2691435/1‑150 (MQ=255) tCGCCGGGCTTGATGACGGCAGCAGTGGCGAAGTGAGTCTGGTGGGACAACCGCTACATAATATGGACGAAGAAGCGCGGGCAAAGTTGCGCGCGAAGCACGTCGGCTTTGTTTTTCAGTCATTTATGTTAATTCCTACCCTTAACgcgc > 1:4646893/1‑150 (MQ=255) cGCCGGGCTTGATGACGGCAGCAGTGGCGAAGTGAGTCTGGTGGGACAACCGCTACATAATATGGACGAAGAAGCGCGGGCAAAGTTGCGCGCGAAGCACGTCGGCTTTGTTTTTCAGTCATTTATGTTAATTCCTACCCTTAACGCGCt < 1:4704911/150‑1 (MQ=255) gCCGGGCTTGATGACGGCAGCAGTGGCGAAGTGAGTCTGGTGGGACAACCGCTACATAATATGGACGAAGAAGCGCGGGCAAAGTTGCGCGCGAAGCACGTCGGCTTTGTTTTTCAGTCATTTATGTTAATTCCTACCCTTAACGCGCTg > 2:1663181/1‑150 (MQ=255) cGGGCTTGATGACGGCAGCAGTGGCGAAGTGAGTCTGGTGGGACAACCGCTACATAATATGGACGAAGAAGCGCGGGCAAAGTTGCGCGCGAAGCACGTCGGCTTTGTTTTTCAGTCATTTATGTTAATTCCTACCCTTAACGCGCTGGa > 1:792098/1‑150 (MQ=255) gggCTTGATGACGGCAGCAGTGGCGAAGTGAGTCTGGTGGGACAACCGCTACATAATATGGACGAAGAAGCGCGGGCAAAGTTGCGCGCGAAGCACGTCGGCTTTGTTTTTCAGTCATTTATGTTAATTCCTACCCTTAACGCGCTGGaa > 2:323935/1‑150 (MQ=255) cTTGATGACGGCAGCAGTGGCGAAGTGAGTCTGGTGGGACAACCGCTACATAATATGGACGAAGAAGCGCGGGCAAAGTTGCGCGCGAAGCACGTCGGCTTTGTTTTTCAGTCATTTATGTTAATTCCTACCCTTAACTCGCTGGAAAAc > 1:4514545/1‑150 (MQ=255) cTTGATGACGGCAGCAGTGGCGAAGTGAGTCTGGTGGGACAACCGCTACATAATATGGACGAAGAAGCGCGGGCAAAGTTGCGCGCGAAGCACGTCGGCTTTGTTTTTCAGTCATTTATGTTAATTCCTACCCTTAACGCGCTGGAAAAc > 2:2167729/1‑150 (MQ=255) 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aaGTGAGTCTGGTGGGACAACCGCTACATAATATGGACGAAGAAGCGCGGGCAAAGTTGCGCGCGAAGCACGTCGGCTTTGTTTTTCAGTCATTTATGTTAATTCCTACCCTTAACTCGCTGGAAAACGTCGAGCTTCCGGCTCtgctgc > 2:971790/1‑150 (MQ=255) aGTGAGTCTGGTGGGACAACCGCTACATAATATGGACGAAGAAGCGCGGGCAAAGTTGCGCGCGAAGCACGTCGGCTTTGTTTTTCAGTCATTTATGTTAATTCCTACCCTTAACTCGCTGGAAAACGTCGAGCTTCCGGCTCTGCTgcg < 2:1749922/150‑1 (MQ=255) tGAGTCTGGTGGGACAACCGCTACATAATATGGACGAAGAAGCGCGGGCAAAGTTGCGCGCGAAGCACGTCGGCTTTGTTTTTCAGTCATTTATGTTAATTCCTACCCTTAACGCGCTGGAAAACGTCGAGCTTCCGGCTCTGCTGcgcg < 1:4798058/150‑1 (MQ=255) tggtggGACAACCGCTACATAATATGGACGAAGAAGCGCGGGCAAAGTTGCGCGCGAAGCACGTCGGCTTTGTTTTTCAGTCATTTATGTTAATTCCTACCCTTAACGCGCTGGAAAACGTCGAGCTTCCGGCTCTGCTGCGCGGTgaga < 2:2835757/150‑1 (MQ=255) ggtggGACAAGCGCTACATAATATGGTCGAAGAAGCGCGGGCATAGTTGCGCGCGAAGCACGTCGGCTTTGTTTTTCTGTAATTTATGTTAATTCCTACCCTTAACGCGCTGGAAAACGTCGAGCTTCCGGCTCTGCTGCGCGGTGagag < 1:3397404/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |