| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 54,203 | T→G | 23.3% | Q167P (CAA→CCA) | surA ← | peptidyl‑prolyl cis‑trans isomerase (PPIase) |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 54,203 | 0 | T | G | 23.3% | 608.5 / 235.3 | 320 | Q167P (CAA→CCA) | surA | peptidyl‑prolyl cis‑trans isomerase (PPIase) |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (97/148); new base G (31/44); total (128/192) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.89e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 339 total aligned reads displayed.
TCGCCAGCTTACCGAAATCAGCGCCGTTACGCGCCTGATCGACAATGGCGCGCGCCTGGCTTTCCGCTTCGTTCACCTGATCAGAGGTCGGGTTTTCCGGCAGCGGGATCAGGATGTGGCTCAGGTTCAGCTCAGTGCTGGCGTCGTTTTGGTTACCCACCTGCTGCGCCAGGGATTCGACTTCCTGCGGCAGGATGGTGATGCGACGACGCACCTCGTTGTTACGCACTTCAGAGATAATCATCTCTTTGCGGATCTGGTTACGATAGGTGTTGTAGTTCAGTCCATCGTAAGCCAGA > CP009273/54054‑54352 | tCGCCAGCTTACCGAAATCAGCGCCGTTACGCGCCTGATCGACAATGGCGCGCGCCTGGCTTTCCGCTTCGTTCACCTGATCAGAGGTCGGGTTTTCCGGCAGCGGGATCAGGATGTGGCTCAGGTTCAGCTCAGTGCTGGCGTCGtttt < 2:1828855/150‑1 (MQ=255) gCCAGCTTACCGAAATCAGCGCCGTTACGCGCCTGATCGACAATGGCGCGCGCCTGGCTTTCCGCTTCGTTCACCTGATCAGAGGTCGGGTTTTCCGGCAGCGGGATCAGGATGTGGCTCAGGTTCAGCTCAGTGCTGGCGTCGTTTTgg < 2:4746389/150‑1 (MQ=255) gCCAGCTTACCGAAATCAGCGCCGTTACGCGCCTGATCGACAATGGCGCGCGCCTGGCTTTCCGCTTCGTTCACCTGATCAGAGGTCGGGTTTTCCGGCAGCGGGATCAGGATGTGGCTCAGGTTCAGCTCAGTGCTGGCGTCGTTTTgg < 2:4066000/150‑1 (MQ=255) 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ggCTCAGGTTCAGCTCAGTGCTGGCGTCGTTTTGGTTACCCACCTGCTGCGCCAGGGATTCGACTTCCTGCGGCAGGATGGTGATGCGACGACGCACCTCGTTGTTACGCACTTCAGAGATAATCATCTCTTTGCGGATCTGGTTACGAt < 1:2353458/150‑1 (MQ=255) ggCTCAGGTTCAGCTCAGTGCTGGCGTCGTTTTGGTTACCCACCTGCTGCGCCAGGGATTCGACTTCCTGCGGCAGGATGGTGATGCGACGACGCACCTCGTTGTTACGCACTTCAGAGATAATCATCTCTTTGCGGATCTGGTTACGAt > 2:760830/1‑150 (MQ=255) aGGTTCAGCTCAGTGCTGGCGTCGTTTTGGTTACCCACCTGCTGCGCCAGGGATTCGACTTCCTGCGGCAGGATGGTGATGCGACGACGCACCTCGTTGTTACGCACTTCAGAGATAATCATCTCTTTGCGGATCTGGTTACGATAGgtg < 1:831595/150‑1 (MQ=255) aGGTTCAGCTCAGTGCTGGCGTCGTTTTGGTTAACCACCAGCTGCGCCAGGGATTCGACTTCCTGCGGCAGGATGGTGATGCGACGACGCACCTCGTTGTTACGCACTTCAGAGATAATCAACTCTTTTCGGATCTGGTTACGATAGgtg > 1:3198769/1‑150 (MQ=255) gTTCAGCTCAGTGCTGGCGTCGTTTTGGTTACCCACCTGCTGCGCCAGGGATTCGACTTCCTGCGGCAGGATGGTGATGCGACGACGCACCTCGTTGTTACGCACTTCAGAGATAATCATCTCTTTGCGGATCTGGTTACGATAGGtgtt < 2:1697030/150‑1 (MQ=255) tCAGTGCTGGCGTCGTTTTGGTTACCCACCTGCTGCGCCAGGGATTCGACTTCCTGCGGCAGGATGGTGATGCGACGACGCACCTCGTTGTTACGCACTTCAGAGATAATCATCTCTTTTCGGATCTGGTTAAGATAGGTGTTGTAGtta > 2:4654425/1‑149 (MQ=255) gTGCTGGCGTCGTTTTGGTTACCCACCTGCTGCGCCAGGGATTCGACTTCCTGCGGCAGGATGGTGATGCGACGACGCACCTCGTTGTTACGCACTTCAGAGATAATCATCTCTTTGCGGATCTGGTTACGATAGGTGTTGTAGTTCAGt < 1:569209/150‑1 (MQ=255) tGCTGGCGTCGTTTGGGTTACCCACCTGCTGCGCCAGGGATTCGACTTCCTGCGGCAGGATGGTGATGCGACGACGCACCTCGTTGTTACGCACTTCAGAGATAATCATCTCTTTGCGGATCTGGTTACGATAGGTGTTGTAGTTCAGTc < 2:3949294/150‑1 (MQ=255) ggCGTCGTTTTGGTTACCCACCAGCAGCGCCAGGGATTAGACATCCAGCGGCAGGATGGTGAAGCCACGACGCACCGCGTTGTTACGCCCATCAGAGATAAACAAATCATTGCGGATCTGGTTAACATAGGTGTTGTAGTTCAGTCCATc > 2:4219517/1‑150 (MQ=255) cgtTTTGGTTACCCACCTGCTGCGCCAGGGATTCGACTTCCTGCGGCAGGATGGTGATGCGACGACGCACCTCGTTGTTACGCACTTCAGAGATAATCATCTCTTTGCGGATCTGGTTACGATAGGTGTTGTAGTTCAGTCCATCGTAAg < 1:1872054/150‑1 (MQ=255) 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tttGGTTACCCACCTGCTGCGCCAGGGATTCGACTTCCTGCGGCAGGATGGTGATGCGACGACGCACCTCGTTGTTACGCACTTCAGAGATAATCATCTCTTTGCGGATCTGGTTACGATAGGTGTTGTAGTTCAGTCCATCGTAAGCCa > 2:2875157/1‑150 (MQ=255) tGGTTACCCACCTGCTGCGCCAGGGATTCGACTTCCTGCGGCAGGATGGTGATGCGACGACGCACCTCGTTGTTACGCACTTCAGAGATAATCATCTCTTTGCGGATCTGGTTACGATAGGTGTTGTAGTTCAGTCCATCGTAAGCCAGa < 2:4224487/150‑1 (MQ=255) | TCGCCAGCTTACCGAAATCAGCGCCGTTACGCGCCTGATCGACAATGGCGCGCGCCTGGCTTTCCGCTTCGTTCACCTGATCAGAGGTCGGGTTTTCCGGCAGCGGGATCAGGATGTGGCTCAGGTTCAGCTCAGTGCTGGCGTCGTTTTGGTTACCCACCTGCTGCGCCAGGGATTCGACTTCCTGCGGCAGGATGGTGATGCGACGACGCACCTCGTTGTTACGCACTTCAGAGATAATCATCTCTTTGCGGATCTGGTTACGATAGGTGTTGTAGTTCAGTCCATCGTAAGCCAGA > CP009273/54054‑54352 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |