| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 560,727 | C→A | 21.2% | V236V (GTG→GTT) | intD ← | DLP12 prophage; putative phage integrase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 560,727 | 0 | C | A | 21.2% | 809.9 / 174.6 | 300 | V236V (GTG→GTT) | intD | DLP12 prophage; putative phage integrase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (118/118); new base A (25/39); total (143/157) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.24e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 302 total aligned reads displayed.
GCGTTGATGTTCCATCTGCTCGCTTAGCCGCCTTGGTATGTACAAACACCCATTTGTGATGCTTGCCTATTTGATCACGCAACACTTTACAGGCGGTATCGTTCAGCGCCACACCAATGGCGCGGTTTGATTTGCTCTCTTCTGGATTCACCCAGGCAACTCGTCGCTGCATGTCGATTTGTTGCCATTCCAGATTTATGATGTTCGACTTTCTCAGACCAGTTGCCAGCGCAAACTTGACGACAGATTTCAGTGGTTCGGGGCACTCATCAATAAGGCGTTTTGCTTCCTCCTTTTC > CP009273/560579‑560876 | gCGTTGATGTTCCATCTGCTCGCTTAGCCGCCTTGGTATGTACAAACACCCATTTGTGATGCTTGCCTATTTGATCACGCAACACTTTACAGGCGGTATCGTTCAGCGCCACACCAATGGCGCGGTTTGATTTGCTCTCTTCTGGATTCa > 2:1535567/1‑150 (MQ=255) gTTGATGTTCCATCTGCTCGCTTAGCCGCCTTGGTATGTACAAACACCCATTTGTGATGCTTGCCTATTTGATCACGCAACACTTTACAGGCGGTATCGTTCAGCGCCACACCAATGGCGCGGTTTGATTTGCTCTCTTCTGGATTCAcc > 2:1994652/1‑150 (MQ=255) gTTGATGTTCCATCTGCTCGCTTAGCCGCCTTGGTATGTACAAACACCCATTTGTGATGCTTGCCTATTTGATCACGCAACACTTTACAGGCGGTATCGTTCAGCGCCACACCAATGGCGCGGTTTGATTTGCTCTCTTCTGGATTCAcc < 2:470788/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |