Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 565,475 | C→T | 25.5% | A373V (GCT→GTT) | ybcK → | DLP12 prophage; putative recombinase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 565,475 | 0 | C | T | 25.5% | 180.0 / 67.7 | 98 | A373V (GCT→GTT) | ybcK | DLP12 prophage; putative recombinase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (31/42); new base T (11/14); total (42/56) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.30e-01 |
GTTTGCATGGCTATTATGTTTGTCCGATGAGAAGATTACATCGATGTGACAGGCCATCAATAAAAAGAGATTTGGTTGATTATAATATCATTAATGAATTGCTTTTTAATTGTAGCAAAATTCAACCAGTTGAAAACAAGAAAGATGCTAATGAAACTTTAGAGTTAAAAATTATTGAGCTTCAGATGAAAATTAATAATTTAATCGTTGCATTGTCTGTCGCGCCTGAAGTTACCGCTATAGCAGAGAAAATAAGACTATTAGATAAGGAATTACGAAGGGCTTCGGTATCAT > CP009273/565328‑565621 | gTTTGCATGGCTATTATGTTTGTCCGATGAGAAGATTACATCGATGTGACAGGCCATCAATAAAAAGAGATTTGGTTGATTATAATATCATTAATGAATTGCTTTTTAATTGTAGCAAAATTCAACCAGTTGAAAACAAGAAAGATGCTa > 1:819568/1‑150 (MQ=255) gTTTGCATGGCTATTATGTTTGTCCGATGAGAAGATTACATCGATGTGACAGGCCATCAATAAAAAGAGATTTGGTTGATTATAATATCATTAATGAATTGCTTTTTAATTGTAGCAAAATTCAACCAGTTGAAAACAAGAAAGATGCTa > 1:3248634/1‑150 (MQ=255) tttGCATGGCTATTATGTTTGTCCGATGAGAAGATTACATCGATGTGACAGGCCATCAATAAAAAGAGATTTGGTTGATTATAATATCATTAATGAATTGCTTTTTAATTGTAGCAAAATTCAACCAGTTGAAAACAAGAAAGATGCTaa > 1:4441483/1‑150 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |