| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 576,183 | G→T | 9.8% | intergenic (‑282/‑107) | ylcI ← / → nohD | DUF3950 family protein, DLP12 prophage/DLP12 prophage; DNA packaging protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 576,183 | 0 | G | T | 9.8% | 456.6 / 6.1 | 142 | intergenic (‑282/‑107) | ylcI/nohD | DUF3950 family protein, DLP12 prophage/DLP12 prophage; DNA packaging protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (96/26); new base T (3/17); total (99/43) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.16e-08 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 142 total aligned reads displayed.
GTTGTGACATGTAGATGATAATTATTATCATTTTGTGGGTCCTTTCCGGCGATCCGACAGGTTACGGGGCGGCGACCTCGCGGGTTTTCGCTATTTATGAAAATTTTCCGGTTTAAGGTGTTTCCGTTCTTCTTCGTCGTAACTTAATGTATTTATTTAAAATACCCCCTGAAAAGAAAGGAAACGACAGGTGCTGAAAGCGAGCTTTTTGGCCTCTGTCGTTTCCTTTCTCTGTTTTTGTCCGTGGAATGTGCAATGGAAGTCAACAAAAAGCAGCTGGCTGACATTTTCG > CP009273/576035‑576326 | ttGTGACATGTAGATGATAATTATTATCATTTTGTGGGTCCTTTCCGGCGATCCGACAGGTTACGGGGCGGCGACCTCGCGGGTTTTCGCTATTTATGAAAATTTTCCGGTTTAAGGTGTTTCCGTTCTTCTTCGTCGTAACTTAATGta < 2:1890006/150‑1 (MQ=255) tgACATGTAGATGATAATTATTATCATTTTGTGGGTCCTTTCCGGCGATCCGACAGGTTACGGGGCGGCGACCTCGCGGGTTTTCGCTATTTATGAAAATTTTCCGGTTTAAGGTGTTTCCGTTCTTCTTCGTCGTAACTTAATGtattt < 1:1662586/150‑1 (MQ=255) gACATGTAGATGATAATTATTATCATTTTGTGGGTCCTTTCCGGCGATCCGACAGGTTACGGGGCGGCGACCTCGCGGGTTTTCGCTATTTATGAAAATTTTCCGGTTTAAGGTGTTTCCGTTCTTCTTCGTCGTAACTTAATGtattta < 1:4231635/150‑1 (MQ=255) gACATGTAGATGATAATTATTATCATTTTGTGGGTCCTTTCCGGCGATCCGACAGGTTACGGGGCGGCGACCTCGCGGGTTTTCGCTATTTATGAAAATTTTCCGGTTTAAGGTGTTTCCGTTCTTCTTCGTCGTAACTTAATGtattta < 1:4231714/150‑1 (MQ=255) aTGTAGATGATAATTATTATCATTTTGTGGGTCCTTTCCGGCGATCCGACAGGTTACGGGGCGGCGACCTCGCGGGTTTTCGCTATTTATGAAAATTTTCCGGTTTAAGGTGTTTCCGTTCTTCTTCGTCGTAACTTAATGTatttattt > 1:3977510/1‑150 (MQ=255) aTGTAGATGATAATTATTATCATTTTGTGGGTCCTTTCCGGCGATCCGACAGGTTACGGGGCGGCGACCTCGCGGGTTTTCGCTATTTATGAAAATTTTCCGGTTTAAGGTGTTTCCGTTCTTCTTCGTCGTAACTTAATGTatttattt < 1:1729967/150‑1 (MQ=255) aTGTAGATGATAATTATTATCATTTTGTGGGTCCTTTCCGGCGATCCGACAGGTTACGGGGCGGCGACCTCGCGGGTTTTCGCTATTTATGAAAATTTTCCGGTTTAAGGTGTTTCCGTTCTTCTTCGTCGTAACTTAATGTatttattt < 1:670804/150‑1 (MQ=255) aTGTAGATGATAATTATTATCATTTTGTGGGTCCTTTCCGGCGATCCGACAGGTTACGGGGCGGCGACCTCGCGGGTTTTCGCTATTTATGAAAATTTTCCGGTTTAAGGTGTTTCCGTTCTTCTTCGTCGTAACTTAATGTatttattt < 1:4789463/150‑1 (MQ=255) gTAGATGATAATTATTATCATTTTGTGGGTCCTTTCCGGCGATCCGACAGGTTACGGGGCGGCGACCTCGCGGGTTTTCGCTATTTATGAAAATTTTCCGGTTTAAGGTGTTTCCGTTCTTCTTCGTCGTAACTTAATGTATTTATTTaa > 2:1699600/1‑150 (MQ=255) gTAGATGATAATTATTATCATTTTGTGGGTCCTTTCCGGCGATCCGACAGGTTACGGGGCGGCGACCTCGCGGGTTTTCGCTATTTATGAAAATTTTCCGGTTTAAGGTGTTTCCGTTCTTCTTCGTCGTAACTTAATGTATTTATTTaa < 1:2202075/150‑1 (MQ=255) aGATGATAATTATTATCATTTTGTGGGTCCTTTCCGGCGATCCGACAGGTTACGGGGCGGCGACCTCGCGGGTTTTCGCTATTTATGAAAATTTTCCGGTTTAAGGTGTTTCCGTTCTTCTTCGTCGTAACTTAATGTATTTATTTaaaa > 1:291626/1‑150 (MQ=255) aGATGATAATTATTATCATTTTGTGGGTCCTTTCCGGCGATCCGACAGGTTACGGGGCGGCGACCTCGCGGGTTTTCGCTATTTATGAAAATTTTCCGGTTTAAGGTGTTTCCGTTCTTCTTCGTCGTAACTTAATGTATTTATTTaaaa > 1:4328904/1‑150 (MQ=255) gatgatAATTATTATCATTTTGTGGGTCCTTTCCGGCGATCCGACAGGTTACGGGGCGGCGACCTCGCGGGTTTTCGCTATTTATGAAAATTTTCCGGTTTAAGGTGTTTCCGTTCTTCTTCGTCGTAACTTAATGTATTTATTTAAAAt > 2:1637566/1‑150 (MQ=255) gatgatAATTATTATCATTTTGTGGGTCCTTTCCGGCGATCCGACAGGTTACGGGGCGGCGACCTCGCGGGTTTTCGCTATTTATGAAAATTTTCCGGTTTAAGGTGTTTCCGTTCTTCTTCGTCGTAACTTAATGTATTTATTTAAAAt > 1:833135/1‑150 (MQ=255) atgatAATTATTATCATTTTGTGGGTCCTTTCCGGCGATCCGACAGGTTACGGGGCGGCGACCTCGCGGGTTTTCGCTATTTATGAAAATTTTCCGGTTTAAGGTGTTTCCGTTCTTCTTCGTCGTAACTTAATGTATTTATTTAAAATa < 1:3784405/150‑1 (MQ=255) atgatAATTATTATCATTTTGTGGGTCCTTTCCGGCGATCCGACAGGTTACGGGGCGGCGACCTCGCGGGTTTTCGCTATTTATGAAAATTTTCCGGTTTAAGGTGTTTCCGTTCTTCTTCGTCGTAACTTAATGTATTTATTTAAAATa < 1:4445587/150‑1 (MQ=255) atAATTATTATCATTTTGTGGGTCCTTTCCGGCGATCCGACAGGTTACGGGGCGGCGACCTCGAGGGTTTTCTCTATTTATGAAAATTATCCGGTTTAAGGTGTTTCCGTTCTACTTCGTCGTAACTTAAAGTATTTATTTAAAATAccc > 1:2794741/1‑150 (MQ=17) ttagtaTCATTTTGTGGGTCCTGTCCGGCGATCCGACAGGTTACGGGGCGGCGACCTCGCGGGTTTTCGCTATTTATGAAAATTTTCCGGTTTAAGGTGTTTCCGTTCTTCTTCGTCGTAACTTAATGTATTTATTTAAAATACCCCCTg < 2:4245166/150‑1 (MQ=255) tattatCATTTTGTGGGTCCTTTCCGGCGATCCGACAGGTTACGGGGCGGCGACCTCGCGGGTTTTCGCTATTTATGAAAATTTTCCGGTTTAAGGTGTTTCCGTTCTTCTTCGTCGTAACTTAATGTATTTATTTAAAATACCCCCTGa > 2:3724307/1‑150 (MQ=255) tattatCATTTTGTGGGTCCTTTCCGGCGATCCGACAGGTTACGGGGCGGCGACCTCGCGGGTTTTCGCTATTTATGAAAATTTTCCGGTTTAAGGTGTTTCCGTTCTTCTTCGTCGTAACTTAATGTATTTATTTAAAATACCCCCTGa > 2:953494/1‑150 (MQ=255) attatCATTTTGTGGGTCCTTTCCGGCGATCCGACAGGTTACGGGGCGGCGACCTCGCGGGTTTTCGCTATTTATGAAAATTTTCCGGTTTAAGGTGTTTCCGTTCTTCTTCGTCGTAACTTAATGTATTTATTTAAAATACCCCCTGaa > 1:1004806/1‑150 (MQ=255) attatCATTTTGTGGGTCCTTTCCGGCGATCCGACAGGTTACGGGGCGGCGACCTCGCGGGTTTTCGCTATTTATGAAAATTTTCCGGTTTAAGGTGTTTCCGTTCTTCTTCGTCGTAACTTAATGTATTTATTTAAAATACCCCCTGaa < 1:1660538/150‑1 (MQ=255) attatCATTTTGTGGGTCCTTTCCGGCGATCCGACAGGTTACGGGGCGGCGACCTCGCGGGTTTTCGCTATTTATGAAAATTTTCCGGTTTAAGGTGTTTCCGTTCTTCTTCGTCGTAACTTAATGTATTTATTTAAAATACCCCCTGaa > 1:1003660/1‑150 (MQ=255) tatCATTTTGTGGGTCCTTTCCGGCGATCCGACAGGTTACGGGGCGGCGACCTCGCGGGTTTTCGCTATTTATGAAAATTTTCCGGTTTAAGGTGTTTCCGTTCTTCTTCGTCGTAACTTAATGTATTTATTTAAAATACCCCCTGaaaa < 2:2553007/150‑1 (MQ=255) atCATTTTGTGGGTCCTTTCCGGCGATCCGACAGGTTACGGGGCGGCGACCTCGCGGGTTTTCGCTATTTATGAAAAATTTCCGGTTTAAGGTGTTTACGTTATTCTTAGTCGTAACTTAATTTATTTATTTAAAATAACCCCTGaaaat > 1:2436130/1‑149 (MQ=14) ttttGTGGGTCCTTTCCGGCGATCCGACAGGTTACGGGGCGGCGACCTCGCGGGTTTTCGCTATTTATGAAAATTTTCCGGTTTAAGGTGTTTCCGTTCTTCTTCGTCGTAACTTAATGTATTTATTTAAAATACCCCCTGAaaagaaag < 1:1155796/150‑1 (MQ=255) ttttGTGGGTCCTTTCCGGCGATCCGACAGGTTACGGGGCGGCGACCTCGCGGGTTTTCGCTATTTATGAAAATTTTCCGGTTTAAGGTGTTTCCGTTCTTCTTCGTCGTAACTTAATGTATTTATTTAAAATACCCCCTGAaaagaaag > 2:166742/1‑150 (MQ=255) ttttGTGGGTCCTTTCCGGCGATCCGACAGGTTACGGGGCGGCGACCTCGCGGGTTTTCGCTATTTATGAAAATTTTCCGGTTTAAGGTGTTTCCGTTCTTCTTCGTCGTAACTTAATGTATTTATTTAAAATACCCCCTGAaaagaaag < 1:3750182/150‑1 (MQ=255) tgtgGGTCCTTTCCGGCGATCCGACAGGTTACGGGGCGGCGACCTCGCGGGTTTTCGCTATTTATGAAAATTTTCCGGTTTAAGGTGTTTCCGTTCTTCTTCGTCGTAACTTAATGTATTTATTTAAAATACCCCCTGAAAAGAAAGGaa > 2:3914759/1‑150 (MQ=255) tgtgGGTCCTTTCCGGCGATCCGACAGGTTACGGGGCGGCGACCTCGCGGGTTTTCGCTATTTATGAAAATTTTCCGGTTTAAGGTGTTTCCGTTCTTCTTCGTCGTAACTTAATGTATTTATTTAAAATACCCCCTGAAAAGAAAGGaa > 2:1454920/1‑150 (MQ=255) tgtgGGTCCTTTCCGGCGATCCGACAGGTTACGGGGCGGCGACCTCGCGGGTTTTCGCTATTTATGAAAATTTTCCGGTTTAAGGTGTTTCCGTTCTTCTTCGTCGTAACTTAATGTATTTATTTAAAATACCCCCTGAAAAGAAAGGaa > 2:1454697/1‑150 (MQ=255) gtgGGTCCTTTCCGGCGATCCGACAGGTTACGGGGCGGCGACCTCGCGGGTTTTCGCTATTTATGAAAATTTTCCGGTTTAAGGTGTTTCCGTTCTTCTTCGTCGTAACTTAATGTATTTATTTAAAATACCCCCTGAAAAGAAAGGaaa > 2:2797656/1‑150 (MQ=40) tgGGTCCTTTCCGGCGATCCGACAGGTTACGGGGCGGCGACCTCGCGGGTTTTCGCTATTTATGAAAATTTTCCGGTTTAAGGTGTTTCCGTTCTTCTTCGTCGTAACTTAATGTATTTATTTAAAATACCCCCTGAAAAGAAAGGAAAc < 2:2950663/150‑1 (MQ=40) tgGGTCCTTTCCGGCGATCCGACAGGTTACGGGGCGGCGACCTCGCGGGTTTTCGCTATTTATGAAAATTTTCCGGTTTAAGGTGTTTCCGTTCTTCTTCGTCGTAACTTAATGTATTTATTTAAAATACCCCCTGAAAAGAAAGGAAAc > 2:814881/1‑150 (MQ=40) gggTCCTTTCCGGCGATCCGACAGGTTACGGGGCGGCGACCTCGCGGGTTTTCGCTATTTATGAAAATTTTCCGGTTTAAGGTGTTTCCGTTCTTCTTCGTCGTAACTTAATGTATTTATTTAAAATACCCCCTGAAAAGAAAGGAAACg > 2:557371/1‑150 (MQ=39) ccTTTCCGGCTATCAGACTTTTTAGGGGGGGGCTACCTCGGGGTTTTTCGATTTTTATTAAATTTTTCGGGTTTAAGTTTTTTCCTTTCTTATTCGTCTTAAATTAATTTATTTATTTAAAATACCCCCTTAAAATAAAGTAAACGACAg < 2:2993402/150‑1 (MQ=2) cTTTCCGGCGATCCGACAGGTTACGGGGCGGCGACCTCGCGGGTTTTCGCTATTTATGAAAATTTTCCGGTTTAAGGTGTTTCCGTTCTTCTTCGTCGTAACTTAATGTATTTATTTAAAATACCCCCTGAAAATAAAGGAAACGACAgg > 1:849829/1‑150 (MQ=255) cTTTCCGGCGATCCGACAGGTTACGGGGCGGCGACCTCGCGGGTTTTCGCTATTTATGAAAATTTTCCGGTTTAAGGTGTTTCCGTTCTTCTTCGTCGTAACTTAATGTATTTATTTAAAATACCCCCTGAAAAGAAAGGAAACGACAgg > 2:2410482/1‑150 (MQ=39) cTTTCCGGCGATCCGACAGGTTACGGGGCGGCGACCTCGCGGGTTTTCGCTATTTATGAAAATATTACCGTTTAATGTGTTTCCGTTATTCTTAGTCGTAAATTAATTTATTTATTTAAAATAACACCAGAAAAAAAATGAAAAGACatg > 1:849736/1‑148 (MQ=14) tttCCGGCGATCCGACAGGTTACGGGGCGGCGACCTCGCGGGTTTTCGCTATTTATGAAAATTTTCCGGTTTAAGGTGTTTCCGTTCTTCTTCGTCGTAACTTAATGTATTTATTTAAAATACCCCCTGAAAAGAAAGGAAACGACAGGt > 1:2468166/1‑150 (MQ=39) ttCCGGCGATCCGACAGGTTACGGGGCGGCGACCTCGCGGGTTTTCGCTATTTATGAAAATTTTCCGGTTTAAGGTGTTTCCGTTCTTCTTCGTCGTAACTTAATGTATTTATTTAAAATACCCCCTGAAAAGAAAGGAAACGACAGGTg > 2:4131911/1‑150 (MQ=39) ccGGCGATCCGACAGGTTACGGGGCGGCGACCTCGCGGGTTTTCGCTATTTATGAAAATTTTCCGGTTTAAGGTGTTTCCGTTCTTCTTCGTCGTAACTTAATGTATTTATTTAAAATACCCCCTGAAAAGAAAGGAAACGACAGGTGCt > 1:3711104/1‑150 (MQ=39) gCGATCCGACAGGTTACGGGGCGGCGACCTCGCGGGTTTTCGCTATTTATGAAAATTTTCCGGTTTAAGGTGTTTCCGTTCTTCTTCGTCGTAACTTAATGTATTTATTTAAAATACCCCCTGAAAAGAAAGGAAACGACAGGTGCTGaa > 2:4610376/1‑150 (MQ=38) gATCCGACAGGTTACGGGGCGGCGACCTCGCGGGTTTTCGCTATTTATGAAAATTTTCCGGTTTAAGGTGTTTACGTTCTTCTTCGTCGTAACTTAATGTATTTATTTAAAATACCCCCAGAAAAGAAAGGAAACGACAGGTGCTGAAAg > 1:1368679/1‑150 (MQ=255) aTCCGACAGGTTACGGGGCGGCGACCTCGCGGGTTTTCGCTATTTATGAAAATTTTCCGGTTTAAGGTGTTTCCGTTCTTCTTCGTCGTAACTTAATGTATTTATTTAAAATACCCCCTGAAAAGAAAGGAAACGACAGGTGCTGAAAGc > 2:2062533/1‑150 (MQ=38) tCCGACAGGTTACGGGGCGGCGACCTCGCGGGTTTTCGCTATTTATGAAAATTTTCCGGTTTAAGGTGTTTCCGTTCTTCTTCGTCGTAACTTAATGTATTTATTTAAAATACCCCCTGAAAAGAAAGGAAACGACAGGTGCTGAAAGCg > 2:1293664/1‑150 (MQ=39) tCCGACAGGTTACGGGGCGGCGACCTCGCGGGTTTTCGCTATTTATGAAAATTTTCCGGTTTAAGGTGTTTCCGTTCTTCTTCGTCGTAACTTAATGTATTTATTTAAAATACCCCCTGAAAAGAAAGGAAACGACAGGTGCTGAAAGCg > 2:4100288/1‑150 (MQ=39) cGACAGGTTACGGGGCGGCGACCTCGCGGGTTTTCGCTATTTATGAAAATTTTCCGGTTTAAGGTGTTTCCGTTCTTCTTCGTCGTAACTTAATGTATTTATTTAAAATACCCCCTGAAAAGAAAGGAAACGACAGGTGCTGAAAGCGAg > 1:1785708/1‑150 (MQ=39) cAGGTCCCGGGGCGCCCCCCTCGCGGTTTTCCTCTATTTATCAAAATTTTCCTCTTTAAGGTGTTACCTTTATACTACTAATAAAATAAATTAATTTATTAAAAAAACCCCCTTAAAAAAAAGCAAACGACAGGTGCTGAAAGCGAGCtt < 2:2604397/150‑1 (MQ=255) ggttcgggggggGCGACCGCGGGGGTTTTCGCTTTTTTTTAAATTTTGCGGGTTTACGGTGTTTCCGTTCTTCTTCGTCGTAACTTATTGTTTTTTTTTAAAATCCCCCCTGAAAAGACAGGACACGACAGGTGCTGAAAGCGAGCtttt < 2:1798259/144‑1 (MQ=11) ggTTACGGGGCGGCGACCTCGCGGGTTTTCGCTATTTATGAAAATTTTCCGGTTTAAGGTGTTTCCGTTCTTCTTCGTCGTAACTTAATGTATTTATTTAAAATACCCCCTGAAAAGAAAGGAAACGACAGGTGCTGAAAGCGAGCtttt > 2:971721/1‑150 (MQ=39) gTTACGGGGCGGCGACCTCGCGGGTTTTCGCTATTTATGAAAATTTTCCGGTTTAAGGTGTTTCCGTTCTTCTTCGTCGTAACTTAATGTATTTATTTAAAATACCCCCTGAAAAGAAATGAAACGACAGGTGCTGTAAGCGAGCttttt > 1:2613701/1‑150 (MQ=255) gTTACGGGGCGGCGACCTCGCGGGTTTTCGCTATTTATGAAAATTTTCCGGTTTAAGGTGTTTCCGTTCTTCTTCGTCGTAACTTAATGTATTTATTTAAAATACCCCCTGAAAAGAAAGGAAACGACAGGTGCTGAAAGCGAGCttttt > 1:2613700/1‑150 (MQ=40) ggcgACCTCGCGGGTTTTCGCTATTTATGAAAATTTTCCGGTTTAAGGTGTTTCCGTTCTTCTTCGTCGTAACTTAATGTATTTATTTAAAATACCCCCTGAAAAGAAAGGAAACGACAGGTGCTGAAAGCGAGCTTTTTGGCCTCTGTc > 1:1953094/1‑150 (MQ=255) gACCTCGCGGGTTTTCGCTATTTATGAAAATTTTCCGGTTTAAGGTGTTTCCGTTCTTCTTCGTCGTAACTTAATGTATTTATTTAAAATACCCCCTGAAAAGAAAGGAAACGACAGGTGCTGAAAGCGAGCTTTTTGGCCTCTGTCGtt > 2:2117231/1‑150 (MQ=255) gACCTCGCGGGTTTTCGCTATTTATGAAAATTTTCCGGTTTAAGGTGTTTCCGTTCTTCTTCGTCGTAACTTAATGTATTTATTTAAAATACCCCCTGAAAAGAAAGGAAACGACAGGTGCTGAAAGCGAGCTTGTTGGCCTCTGTCGtt > 2:2116554/1‑150 (MQ=255) gACCTCGCGGGTTTTCGCTATTTATGAAAATTTTCCGGTTTAAGGTGTTTCCGTTCTTCTTCGTCGTAACTTAATGTATTTATTTAAAATACCCCCTGAAAAGAAAGGAAACGACAGGTGCTGAAAGCGAGCTGTTTGGCCTCTGTCGtt > 1:3443701/1‑150 (MQ=255) cccgcgcgGGTTTTCGATATTTATGAAAATTTTCCGTTTTAAGGTTTTACCTTTATTCTTCGTCTAAACTTATTTTATTTATTAAAAATACCCCCTTAAAATAAAGGAAACGACAGGTGCTGAAAGCGAGCTTTTTGGCCTCTGTCGttt < 2:4837512/146‑1 (MQ=14) gggTTTTCGCTATTTATGAAAATTTTCCGGTTTAAGGTGTTTCCGTTCTTCTTCGTCGTAACTTAATGTATTTATTTAAAATACCCCCTGAAAAGAAAGGAAACGACAGGTGCTGAAAGCGAGCTTTTTGGCCTCTGTCGTTTCCTTtct > 2:3169168/1‑150 (MQ=255) gggTTTTCGCTATTTATGAAAATTTTCCGGTTTAAGGTGTTTCCGTTCTTCTTCGTCGTAACTTAATGTATTTATTTAAAATACCCCCTGAAAAGAAAGGAAACGACAGGTGCTGAAAGCGAGCTTTTTGGCCTCTGTCGTTTCCTTtct > 2:678863/1‑150 (MQ=255) tttctttatttattAAATTTTTCTGTTTTCTGGTTTTTCGTTTCTCATTCTTCTAAACTAATTTTATTTATTAAAAACCCCCCCACAAAAGAACCCAAACGACAGGTGCTGAAAGCGAGCTTTTTGGCCTCTGTCGTTTCCTTTCTCTGt < 1:3106984/144‑1 (MQ=9) ttCGCTATTTATGAAAATTTTCCGGTTTAAGGTGTTTCCGTTCTTCTTCGTCGTAACTTAATGTATTTATTTAAAATACCCCCTGAAAAGAAAGGAAACGACAGGTGCTGAAAGCGAGCTTTTTGGCCTCTGTCGTTTCCTTTCTCTGtt > 2:3960406/1‑150 (MQ=255) ttCGCTATTTATGAAAATTTTCCGGTTTAAGGTGTTTCCGTTCTTCTTCGTCGTAACTTAATGTATTTATTTAAAATACCCCCTGAAAAGAAAGGAAACGACAGGTGCTGAAAGCGAGCTTTTTGGCCTCTGTCGTTTCCTTTCTCTGtt > 2:1501462/1‑150 (MQ=255) cGCTATTTATGAAAATTTTCCGGTTTAAGGTGTTTCCGTTCTTCTTCGTCGTAACTTAATGTATTTATTTAAAATACCCCCTGAAAAGAAAGGAAACGACAGGTGCTGAAAGCGAGCTTTTTGGCCTCTGTCGTTTCCTTTCTCTGtttt > 2:1894647/1‑150 (MQ=255) gCTATTTATGAAAATTTTCCGGTTTAAGGTGTTTCCGTTCTTCTTCGTCGTAACTTAATGTATTTATTTAAAATACCCCCTGAAAAGAAAGGAAACGACAGGTGCTGAAAGCGAGCTTTTTGGCCTCTGTCGTTTCCTTTCTCTGttttt > 2:2690059/1‑150 (MQ=255) aTTTATGAAAATTTTCCGGTTTAAGGTGTTTCCGTTCTTCTTCGTCGTAACTTAATGTATTTATTTAAAATACCCCCTGAAAAGAAAGGAAACGACAGGTGCTGAAAGCGAGCTTTTTGGCCTCTGTCGTTTACTTTCTCTGTTTTTGTc > 1:2814775/1‑150 (MQ=255) tttATGAAAATTTTCCGGTTTAAGGTGTTTCCGTTCTTCTTCGTCGTAACTTAATGTATTTATTTAAAATACCCCCTGAAAAGAAAGGAAACGACAGGTGCTGAAAGCGAGCTTTTTGGCCTCTGTCGTTTCCTTTCTCTGTTTTTGTcc > 2:4328777/1‑150 (MQ=255) aTGAAAATTTTCCGGTTTAAGGTGTTTCCGTTCTTCTTCGTCGTAACTTAATGTATTTATTTAAAATACCCCCTGAAAAGAAAGGAAACGACAGGTGCTGAAAGCGAGCTTTTTGGCCTCTGTCGTTTCCTTTCTCTGTTTTTGTCCGTg > 1:4757668/1‑150 (MQ=255) aTGAAAATTTTCCGGTTTAAGGTGTTTCCGTTCTTCTTCGTCGTAACTTAATGTATTTATTTAAAATACCCCCTGAAAAGAAAGGAAACGACAGGTGCTGAAAGCGAGCTTTTTGGCCTCTGTCGTTTCCTTGCTCTGTTTTTGTCCGTg > 2:2825129/1‑150 (MQ=255) tGAAAATTTTCCGGTTTAAGGTGTTTCCGTTCTTCTTCGTCGTAACTTAATGTATTTATTTAAAATACCCCCTGAAAAGAAAGGAAACGACAGGTGCTGAAAGCGAGCTTTTTGGCCTCTGTCGTTTCCTTTCTCTGTTTTTGTCCGTgg > 1:3918275/1‑150 (MQ=255) aaTTTTCCGGTTTAAGGTGTTTCCGTTCTTCTTCGTCGTAACTTAATGTATTTATTTAAAATACCCCCTGAAAAGAAAGGAAACGACAGGTGCTGAAAGCGAGCTTTTTGGCCTCTGTCGTTTCCTTTCTCTGTTTTTGTCCGTGGAAtg > 2:2823015/1‑150 (MQ=255) gggTTTATGGTGTTGCGGTTCTCCTTCGTCGTAACTTCCTGTATTTATTTAAAATACCCCCTGAAAATAAAGGACACGACAGGTGCTGAAAGCGAGCTTTTTGGCCTCTGTCGTTTCCTTTCTCTGTTTTTGTCCGTGGAATGTGCAATg < 2:3931920/149‑1 (MQ=17) gggTTTACGGTGTTTCGGTTCTTCTTCGTCGTAACTTATTTTATTTATTTAAAATACCCCCTCAAAAGAAAGGAAACGACAGGTGCTGAAAGCGAGCTTTTTGGCCTCTGTCGTTTCCTTTCTCTGTTTTTGTCCGTGGAATGTGCAATg < 2:3931931/149‑1 (MQ=17) ggTTTAAGGTGTTTCCGTTCTTCTTCGTCGTAACTTAATGTATTTATTTAAAATACCCCCTGAAAAGAAAGGAAACGACAGGTGCTGAAAGCGAGCTTTTTGGCCTCTGTCGTTTCCTTTCTCTGTTTTTGTCCGTGGACTGTGCAATgg > 2:3856252/1‑150 (MQ=255) ggTTTAAGGTGTTTCCGTTCTTCTTCGTCGTAACTTAATGTATTTATTTAAAATACCCCCTGAAAAGAAAGGAAACGACAGGTGCTGAAAGCGAGCTTTTTGGCCTCTGTCGTTTCCTTTCTCTGTTTTTGTCCGTGGAATGTGCAATgg > 2:1396565/1‑150 (MQ=255) ggTTTAAGGTGTTTCCGTTCTTCTTCGTCGTAACTTAATGTATTTATTTAAAATACCCCCTGAAAAGAAAGGAAACGACAGGTGCTGAAAGCGAGCTTTTTGGCCTCTGTCGTTTACTTTCTCTGTTTTTTTCCGTGGAATGTGCAATgg > 2:18096/1‑150 (MQ=255) ggTTTAAGGTGTTTCCGTTCTTCTTCGTCGTAACTTAATGTATTTATTTAAAATACCCCCTGAAAAGAAAGGAAACGACAGGTGCTGAAAGCGAGCTTTTTGGCCTCTGTCGTTTACTTTCTCTGTTTTTGTACGTGGAATGTGCAATgg > 2:1396517/1‑150 (MQ=255) tttATGGTGTTTCCGTTCTTCTTCGTCGTAACTTAATGTATTTATTTAAAATACCCCCTGAAAATAAAGTAAACGACAGGTGCTGAAAGCGAGCTTTTTGGCCTCTGTCGTTTCCTTTCTCTGTTTTTGTCCGTGGAATGTGCAATGGaa < 2:4046075/150‑1 (MQ=255) ttAAGGTGTTTCCGTTCTTCTTCGTCGTAACTTAATGTATTTATTTAAAATACCCCCTGAAAAGAAAGGAAACGACAGGTGCTGAAAGCGAGCTTTTTGGCCTCTGTCGTTTCAGTTCTCTGTTTTTGTACGTGGTATTTGCAAttgtat > 1:3822059/1‑145 (MQ=14) tAAGGTGTTTCCGTTCTTCTTCGTCGTAACTTAATGTATTTATTTAAAATACCCCCTGAAAAGAAAGGAAACGACAGGTGCTGAAAGCGAGCTTTTTGGCCTCTGTCGTGTTCTTTGTATGTTTTTTTGCGTGGTAGTTGGAATGGTAGt > 1:4109808/1‑150 (MQ=14) aaGGTGTTTCCGTTCTTCTTCGTCGTAACTTAATGTATTTATTTAAAATACCCCCTGAAAAGAAAGGAAACGACAGGTGCTGAAAGCGAGCTTTTTGGCCTCTGTCGTTTCCTTTATCTGTTTTTGTCCGTGGCATGTGCAATGGAAGTc > 1:1899697/1‑150 (MQ=255) gtTTCCGTTCTTCTTCGTCGTAACTTAATGTATTTATTTAAAATACCCCCTGAAAAGAAAGGAAACGACAGGTGCTGAAAGCGAGCTTTTTGGCCTCTGTCGTTTCCTTTCTCTGTTTTTGTCCGTGGAATGTGCAATGGAAGTcaacaa > 2:216705/1‑150 (MQ=255) gtTTCCGTTATTCGTCTTGTTAATTTAATTTATTTATTAAAAATACCCCCTGAAAAGAAAGGACACGACAGGTGCTGAAAGCGAGCTTTTTGGCCTCTGTCGTTTCCTTTCTCTGTTTTTGTCCGTGGAATGTGCAATGGAAGTcaacaa < 2:3451658/150‑1 (MQ=14) ttCCGTTCTTCTTCGTCGTAACTTAATGTATTTATTTAAAATACCCCCTGAAAAGAAAGGAAACGACAGGTGCTGAAAGCGAGCTTTTTGGCCTCTGTCGTTTCCTTTCTCTGTTTTTTTGCGTGGCATTTGCAATGGAAGTCCACaaaa > 1:163398/1‑150 (MQ=14) ttCCGTTCTTCTTCGTCGTAACTTAATGTATTTATTTAAAATACCCCCTGAAAAGAAAGGAAACGACAGGTGCTGAAAGCGAGCTTTTTGGCCTCTGTCGTTTCCTTTCTCTGTTTTTGTCCGTGGAATGTGCAATGGAAGTCAACaaaa > 2:4643830/1‑150 (MQ=255) tCCGTTCTTCTTCGTCGTAACTTAATGTATTTATTTAAAATACCCCCTGAAAAGAAAGGAAACGACAGGTGCTGAAAGCGAGCTTTTTGGCCTCTGTCGTTTGCTTTCTCTGTTTTTTTGCGTGGAATGTGCAATGGAAGTCaaaaaaaa > 1:44132/1‑150 (MQ=255) ttcttcttcGTCGTAACTTAATGTATTTATTTAAAATACCCCCTGAAAAGAAAGGAAACGACAGGTGCTGAAAGCGAGCTTTTTGGCCTCTGTCGTTTCCTTTCTCTGTTTTTGTCCGTGGAATGTGCAATGGAAGTCAACAAAAagcag > 2:2720581/1‑150 (MQ=255) tcttcGTCGTAACTTAATGTATTTATTTAAAATACCCCCTGAAAAGAAAGGAAACGACAGGTGCTGAAAGCGAGCTTTTTGGCCTCTGTCGTTTCCTTTCTCTGTTTTTGTCCGTGGAATGTGCAATGGAAGTCAACAAAAAGCAgctgg > 1:756534/1‑150 (MQ=255) cttcGTCTTAAAATATTTTTTTTATAAAAAACACCCCCCCAAACCAACCCACACGACTGGTGCTGAAAGCGAGCTTTTTGGCCTCTGTCGTTTCCTTTCTCTGTTTTTGTCCGTGGAATGTGCAATGGAAGTCAACAAAAAGCAgctggc < 1:3063323/150‑1 (MQ=14) cttcGTCGTAACTTAATGTATTTATTTAAAATACCCCCTGAAAAGAAAGGAAACGACAGGTGCTGAAAGCGAGCTTTTTGGCCTCTGTCGTTTCCTTTCTCTGTTTTTGTCCGTGGAATGTGCAATGGAAGTCAACAAAAAGCAgctggc > 2:2688635/1‑150 (MQ=255) ttcGTCGTAACTTAATGTATTTATTTAAAATACCCCCTGAAAAGAAAGGAAACGACAGGTGCTGAAAGCGAGCTTTTTGGCCTCTGTCGTTTGCGTTGTGTGTTTTTTTGCGGGGTATGTGCCATTGTAGTAAACAAAAAGCAccgggct > 1:1262914/1‑150 (MQ=14) gtAACTTAATGTATTTATTTAAAATACCCCCTGAAAAGAAAGGAAACGACAGGTGCTGAAAGCGAGCTTTTTGGCCTCTGTCGTTTCCTTTCTCTGTTTTTGTCCGTGGAATGTGCAATGGAAGTCAACAAAAAGCAGCTGGCTGACAtt > 1:3217669/1‑150 (MQ=255) gtAACTTAATGTATTTATTTAAAATACCCCCTGAAAAGAAAGGAAACGACAGGTGCTGAAAGCGAGCTTTTTGGCCTCTGTCGTGTCCTTTCTCTGTTTTTGTCCGTGGTATGTGCAATGGAAGTCAACAAAAAGCAGCTGGCTGACAtt > 2:860162/1‑150 (MQ=255) tAACTTAATGTATTTATTTAAAATACCCCCTGAAAAGAAAGGAAACGACAGGTGCTGAAAGCGAGCTTTTTGGCCTCTGTCGTTTCCTTTCTCTGTTTTTGTCCGTGGAATGTGCAATGGAAGTCAACAAAAAGCAGCTGGCTGACAttt > 2:3138679/1‑150 (MQ=255) aaCTTAATTTATTTTTTTAAAATCCCCCCTTAAAAGAATGTACACGACAGGTGCTGAAAGCGAGCTTTTTGGCCTCTGTCGTTTCCTTTCTCTGTTTTTGTCCGTGGAATGTGCAATGGAAGTCAACAAAAAGCAGCTGGCTGACAtttc < 2:3751132/150‑2 (MQ=14) aaCTTAATTTATTTATTTAAAATACCCCCTGAAAAGAAAGGAAACGACAGGTGCTGAAAGCGAGCTTTTTGGCCTCTGTCGTTTCCTTTCTCTGTTTTTGTCCGTGGAATGTGCAATGGAAGTCAACAAAAAGCAGCTGGCTGACAtttt < 2:3541727/150‑1 (MQ=255) aaCTTAATGTATTTATTTAAAATACCCCCTGAAAAGAAAGGAAACGACAGGTGCTGAAAGCGAGCTTTTTGGCCTCTGTCGTTTCCTTTCTCTGTTTTTGTCCGTGGAATGTGCAATGGAAGTCAACAAAAAGCAGCTGGCTGACAtttt > 2:2185786/1‑150 (MQ=255) aCTTAATGTATTTATTTAAAATACCCCCTTAAAAGAATGCAAACGACAGGTGCTGAAAGCGAGCTTTTTGGCCTCTGTCGTTTCCTTTCTCTGTTTTTGTCCGTGGAATGTGCAATGGAAGTCAACAAAAAGCAGCTGGCTGACATTTTc < 2:2427896/150‑1 (MQ=255) aCTTAATGTATTTATTTAAAATACCCCCTTAAAAGAAAGGAAACGACAGGTGCTGAAAGCGAGCTTTTTGGCCTCTGTCGTTTCCTTTCTCTGTTTTTGTCCGTGGAATGTGCAATGGAAGTCAACAAAAAGCAGCTGGCTGACATTTTc < 2:2312281/150‑1 (MQ=255) cTTAATGTATTTATTTAAAATACCCCCTGAAAAGAAAGGAAACGACAGGTGCTGAAAGCGAGCTTTTTGGCCTCTGTCGTTTCCTTTCTCTGTTTTTGTCCGTGGAATGTGCAATGGAAGTCAACAAAAAGCAGCTGGCTGACATTTTCg > 2:1469865/1‑150 (MQ=255) | GTTGTGACATGTAGATGATAATTATTATCATTTTGTGGGTCCTTTCCGGCGATCCGACAGGTTACGGGGCGGCGACCTCGCGGGTTTTCGCTATTTATGAAAATTTTCCGGTTTAAGGTGTTTCCGTTCTTCTTCGTCGTAACTTAATGTATTTATTTAAAATACCCCCTGAAAAGAAAGGAAACGACAGGTGCTGAAAGCGAGCTTTTTGGCCTCTGTCGTTTCCTTTCTCTGTTTTTGTCCGTGGAATGTGCAATGGAAGTCAACAAAAAGCAGCTGGCTGACATTTTCG > CP009273/576035‑576326 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |