| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 631,333 | G→A | 21.6% | N231N (AAC→AAT) | ybdN ← | PAPS reductase‑like domain protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 631,333 | 0 | G | A | 21.6% | 609.7 / 163.9 | 268 | N231N (AAC→AAT) | ybdN | PAPS reductase‑like domain protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (97/113); new base A (29/29); total (126/142) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.57e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.76e-01 | |||||||||||
Only 100 of 272 total aligned reads displayed.
CCACTTTTTACCCCGCTGACTCGTGCGCACATAGCAGCCCAGCGATCCGGTTCGATAACGTGATAGAGCCATAATCCTTGTCGTTGCTCCGGGCCAAAAGGTTCGCAAATTCGCATATGACGCAGAGGAACGCCTGCCTGATACATTAGGTTATACAGTGGGTTGCAGAGACTTTGATGATTTGCATACCAGGTCCAGATATCAGCCACTTTCCAGTCGTAAATGGGGTAAATGTACCAGCTATGACCGCCTGGTGCGGCCGTAGTCCAGGGTTTATCGTCGGCAAAACGTTGTTTATT > CP009273/631184‑631482 | ccACTTTTTACCCCGCTGACTCGTGCGCACATAGCAGCCCAGCGATCCGGTTCGATAACGTGATAGAGCCATAATCCTTGTCGTTGCTCCGGGCCAAAAGGTTCGCAAATTCGCATATGACGCAGAGGAACGCCTGCCTGATACATTAgg > 2:3623185/1‑150 (MQ=255) cACTTTTTACCCCGCTGACTCGTGCGCACATAGCAGCCCAGCGATCCGGTTCGATAACGTGATAGAGCCATAATCCTTGTCGTTGCTCCGGGCCAAAAGGTTCGCAAATTCGCATATGACGCAGAGGAACGCCTGCCTGATACATTAGGt > 2:3083072/1‑150 (MQ=255) cTTTTTACCCCGCTGACTCGTGCGCACATAGCAGCCCAGCGATCCGGTTCGATAACGTGATAGAGCCATAATCCTTGTCGTTGCTCCGGGCCAAAAGGTTCGCAAATTCGCATATGACGCAGAGGAACGCCTGCCTGATACATTAGGTta > 1:2501949/1‑150 (MQ=255) ttttACCCCGCTGACTCGTGCGCACATAGCAGCCCAGCGATCCGGTTCGATAACGTGATAGAGCCATAATCCTTGTCGTTGCTCCGGGCCAAAAGGTTCGCAAATTCGCATATGACGCAGAGGAACGCCTGCCTGATACATTAGGTtata < 1:2827644/150‑1 (MQ=255) ttttACCCCGCTGACTCGTGCGCACATAGCAGCCCAGCGATCCGGTTCGATAACGTGATAGAGCCATAATCCTTGTCGTTGCTCCGGGCCAAAAGGTTCGCAAATTCGCATATGACGCAGAGGAACGCCTGCCTGATACATTAGATtata < 1:3946325/150‑1 (MQ=255) ttttACCCCGCTGACTCGTGCGCACATAGCAGCCCAGCGATCCGGTTCGATAACGTGATAGAGCCATAATCCTTGTCGTTGCTCCGGGCCAAAAGGTTCGCAAATTCGCATATGACGCAGAGGAACGCCTGCCTGATACATTAGATtata < 1:1488069/150‑1 (MQ=255) ttACCCCGCTGACTCGTGCGCACATAGCAGCCCAGCGATCCGGTTCGATAACGTGATAGAGCCATAATCCTTGTCGTTGCTCCGGGCCAAAAGGTTCGCAAATTCGCATATGACGCAGAGGAACGCCTGCCTGATACATTAGGTTATACa < 1:404089/150‑1 (MQ=255) ttACCCCGCTGACTCGTGCGCACATAGCAGCCCAGCGATCCGGTTCGATAACGTGATAGAGCCATAATCCTTGTCGTTGCTCCGGGCCAAAAGGTTCGCAAATTCGCATATGACGCAGAGGAACGCCTGCCTGATACATTAGATTATACa < 2:449801/150‑1 (MQ=255) aCCCCGCTGACTCGTGCGCACATAGCAGCCCAGCGATCCGGTTCGATAACGTGATAGAGCCATAATCCTTGTCGTTGCTCCGGGCCAAAAGGTTCGCAAATTCGCATATGACGCAGAGGAACGCCTGCCTGATACATTAGGTTATACAGt > 1:2129777/1‑150 (MQ=255) aCCCCGCTGACTCGTGCGCACAGAGCAGCCCAGCGATCCGGTTCGATAACGTGATAGAGCCATAATCCTTGTCGTTGCTCCGGGCCAAAAGGTTCGCAAATTCGCATATGACGCAGAGGAACGCCTGCCTGATACATTAGATTATACAGt < 1:665039/150‑1 (MQ=255) ccGCTGACTCGTGCGCACATAGCAGCCCAGCGATCCGGTTCGATAACGTGATAGAGCCATAATCCTTGTCGTTGCTCCGGGCCAAAAGGTTCGCAAATTCGCATATGACGCAGAGGAACGCCTGCCTGATACATTAGGTTATACAGTggg < 2:1908325/150‑1 (MQ=255) cTGACTCGTGCGCACATAGCAGCCCAGCGATCCGGTTCGATAACGTGATAGAGCCATAATCCTTGTCGTTGCTCCGGGCCAAAAGGTTCGCAAATTCGCATATGACGCAGAGGAACGCCTGCCTGATACATTAGGTTATACAGTGGGTTg > 1:3079692/1‑150 (MQ=255) tGACTCGTGCGCACATAGCAGCCCAGCGATCCGGTTCGATAACGTGATAGAGCCATAATCCTTGTCGTTGCTCCGGGCCAAAAGGTTCGCAAATTCGCATATGACGCAGAGGAACGCCTGCCTGATACATTAGGTTATACAGTGGGTTGc > 1:1921432/1‑150 (MQ=255) tGACTCGTGCGCACATAGCAGCCCAGCGATCCGGTTCGATAACGTGATAGAGCCATAATCCTTGTCGTTGCTCCGGGCCAAAAGGTTCGCAAATTCGCATATGACGCAGAGGAACGCCTGCCTGATACATTAGGTTATACAGTGGGTTGc > 2:4108698/1‑150 (MQ=255) tGACTCGTGCGCACATAGCAGCCCAGCGATCCGGTTCGATAACGTGATAGAGCCATAATCCTTGTCGTTGCTCCGGGCCAAAAGGTTCGCAAATTCGCATATGACGCAGAGGAACGCCTGCCTGATACATTAGATTATACAGTGGGTTGc > 1:3319238/1‑150 (MQ=255) cTCGTGCGCACATAGCAGCCCAGCGATCCGGTTCGATAACGTGATAGAGCCATAATCCTTGTCGTTGCTCCGGGCCAAAAGGTTCGCAAATTCGCATATGACGCAGAGGAACGCCTGCCTGATACATTAGGTTATACAGTGGGTTGCaga > 2:928078/1‑150 (MQ=255) cGTGCGCACATAGCAGCCCAGCGATCCGGTTCGATAACGTGATAGAGCCATAATCCTTGTCGTTGCTCCGGGCCAAAAGGTTCGCAAATTCGCATATGACGCAGAGGAACGCCTGCCTGATACATTAGGTTATACAGTGGGTTGCAgaga < 2:4410228/150‑1 (MQ=255) cGTGCGCACATAGCAGCCCAGCGATCCGGTTCGATAACGTGATAGAGCCATAATCCTTGTCGTTGCTCCGGGCCAAAAGGTTCGCAAATTCGCATATGACGCAGAGGAACGCCTGCCTGATACATTAGATTATACAGTGGGTTGCAgaga > 2:4180473/1‑150 (MQ=255) gcgcACATAGCAGCCCAGCGATCCGGTTCGATAACGTGATAGAGCCATAATCCTTGTCGTTGCTCCGGGCCAAAAGGTTCGCAAATTCGCATATGACGCAGAGGAACGCCTGCCTGATACATTAGGTTATACAGTGGGTTGCAGAGACtt < 1:4630664/150‑1 (MQ=255) caTAGCAGCCCAGCGATCCGGTTCGATAACGTGATAGAGCCATAATCCTTGTCGTTGCTCCGGGCCAAAAGGTTCGCAAATTCGCATATGACGCAGAGGAACGCCTGCCTGATACATTAGGTTATACAGTGGGTTGCAGAGACTTtgatg < 1:2256431/150‑1 (MQ=255) aTAGCAGCCCAGCGATCCGGTTCGATAACGTGATAGAGCCATAATCCTTGTCGTTGCTCCGGGCCAAAAGGTTCGCAAATTCGCATATGACGCAGAGGAACGCCTGCCTGATACATTAGATTATACAGTGGGTTGCAGAGACTTtgatga > 2:3363253/1‑150 (MQ=255) agcagcCCAGCGATCCGGTTCGATAACGTGATAGAGCCATAATCCTTGTCGTTGCTCCGGGCCAAAAGGTTCGCAAATTCGCATATGACGCAGAGGAACGCCTGCCTGATACATTAGGTTATACAGTGGGTTGCAGAGACTTTGATGAtt > 1:2010584/1‑150 (MQ=255) gcagcCCAGCGATCCGGTTCGATAACGTGATAGAGCCATAATCCTTGTCGTTGCTCCGGGCCAAAAGGTTCGCAAATTCGCATATGACGCAGAGGAACGCCTGCCTGATACATTAGGTTATACAGTGGGTTGCAGAGACTTTGATGAttt < 1:600215/150‑1 (MQ=255) cagcCCAGCGATCCGGTTCGATAACGTGATAGAGCCATAATCCTTGTCGTTGCTCCGGGCCAAAAGGTTCGCAAATTCGCATATGACGCAGAGGAACGCCTGCCTGATACATTAGGTTATACAGTGGGTTGCAGAGACTTTGATGATTTg < 1:3926152/150‑1 (MQ=255) cAGCGATCCGGTTCGATAACGTGATAGAGCCATAATCCTTGTCGTTGCTCCGGGCCAAAAGGTTCGCAAATTCGCATATGACGCAGAGGAACGCCTGCCTGATACATTAGGTTATACAGTGGGTTGCAGAGACTTTGATGATTTGCATAc > 1:1073476/1‑150 (MQ=255) aGCGATCCGGTTCGATAACGTGATAGAGCCATAATCCTTGTCGTTGCTCCGGGCCAAAAGGTTCGCAAATTCGCATATGACGCAGAGGAACGCCTGCCTGATACATTAGGTTATACAGTGGGTTGCAGAGACTTTGATGATTTGCATAcc < 2:4370979/150‑1 (MQ=255) gCGATCCGGTTCGATAACGTGATAGAGCCATAATCCTTGTCGTTGCTCCGGGCCAAAAGGTTCGCAAATTCGCATATGACGCAGAGGAACGCCTGCCTGATACATTAGGTTATACAGTGGGTTGCAGAGACTTTGATGATTTGCATACCa < 1:776208/150‑1 (MQ=255) ccGGTTCGATAACGTGATAGAGCCATAATCCTTGTCGTTGCTCCGGGCCAAAAGGTTCGCAAATTCGCATATGACGCAGAGGAACGCCTGCCTGATACATTAGATTATACAGTGGGTTGCAGAGACTTTGATGATTTGCATACCAGGTcc < 1:4179543/150‑1 (MQ=255) cGGTTCGATAACGTGATAGAGCCATAATCCTTGTCGTTGCTCCGGGCCAAAAGGTTCGCAAATTCGCATATGACGCAGAGGAACGCCTGCCTGATACATTAGGTTATACAGTGGGTTGCAGAGACTTTGATGATTTGCATACCAGGTCCa > 2:4711083/1‑150 (MQ=255) ggTTCGATAACGTGATAGAGCCATAATCCTTGTCGTTGCTCCGGGCCAAAAGGTTCGCAAATTCGCATATGACGCAGAGGAACGCCTGCCTGATACATTAGGTTATACAGTGGGTTGCAGAGACTTTGATGATTTGCATACCAGGTCCAg > 1:1841948/1‑150 (MQ=255) gTTCGATAACGTGATAGAGCCATAATCCTTGTCGTTGCTCCGGGCCAAAAGGTTCGCAAATTCGCATATGACGCAGAGGAACGCCTGCCTGATACATTAGATTATACAGTGGGTTGCAGAGACTTTGATGATTTGCATACCAGGTCCAGa > 1:4064393/1‑150 (MQ=255) cGATAACGTGATAGAGCCATAATCCTTGTCGTTGCTCCGGGCCAAAAGGTTCGCAAATTCGCATATGACGCAGAGGAACGCCTGCCTGATACATTAGATTATACAGTGGGTTGCAGAGACTTTGATGATTTGCATACCAGGTCCAGatat > 1:1340660/1‑150 (MQ=255) gATAACGTGATAGAGCCATAATCCTTGTCGTTGCTCCGGGCCAAAAGGTTCGCAAATTCGCATATGACGCAGAGGAACGCCTGCCTGATACATTAGGTTATACAGTGGGTTGCAGAGACTTTGATGATTTGCATACCAGGTCCAGATATc < 2:777907/150‑1 (MQ=255) 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gagCCATAATCCTTGTCGTTGCTCCGGGCCAAAAGGTTCGCAAATTCGCATATGACGCAGAGGAACGCCTGCCTGATACATTAGGTTATACAGTGGGTTGCAGAGACTTTGATGATTTGCATACCAGGTCCAGATATCAGCCACTTTCCa > 2:2418061/1‑150 (MQ=255) gCCATAATCCTTGTCGTTGCTCCGGGCCAAAAGGTTCGCAAATTCGCATATGACGCAGAGGAACGCCTGCCTGATACATTAGATTATACAGTGGGTTGCAGAGACTTTGATGATTTGCATACCAGGTCCAGATATCAGCCACTTTCCAGt < 2:1299160/150‑1 (MQ=255) ctaTAATCCTTGTCGTTGCTCCGGGCCAAAAGGTTCGCAAATTCGCATATGACGCAGAGGAACGCCTGCCTGATACATTAGGTTATACAGTGGGTTGCAGAGACTTTGATGATTTGCATACCAGGTCCAGATATCAGCCACTTTCCAGTc < 1:3160135/148‑1 (MQ=255) ccATAATCCTTGTCGTTGCTCCGGGCCAAAAGGTTCGCAAATTCGCATATGACGCAGAGGAACGCCTGCCTGATACATTAGGTTATACAGTGGGTTGCAGAGACTTTGATGATTTGCATACCAGGTCCAGATATCAGCCACTTTCCAGTc > 1:285477/1‑150 (MQ=255) ccATAATCCTTGTCGTTGCTCCGGGCCAAAAGGTTCGCAAATTCGCATATGACGCAGAGGAACGCCTGCCTGATACATTAGGTTATACAGTGGGTTGCAGAGACTTTGATGATTTGCATACCAGGTCCAGATATCAGCCACTTTCCAGTc > 1:285464/1‑150 (MQ=255) 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cGTTGCTCCGGGCCAAAAGGTTCGCAAATTCGCATATGACGCAGAGGAACGCCTGCCTGATACATTAGGTTATACAGTGGGTTGCAGAGACTTTGATGATTTGCATACCAGGTCCAGATATCAGCCACTTTCCAGTCGTAAATGGGGTaa > 2:205334/1‑150 (MQ=255) cGTTGCTCCGGGCCAAAAGGTTCGCAAATTCGCATATGACGCAGAGGAACGCCTGCCTGATACATTAGGTTATACAGTGGGTTGCAGAGACTTTGATGATTTGCATACCAGGTCCAGATATCAGCCACTTTCCAGTCGTAAATGGGGTaa > 2:203701/1‑150 (MQ=255) gTTGCTCCGGGCCAAAAGGTTCGCAAATTCGCATATGACGCAGAGGAACGCCTGCCTGATACATTAGGTTATACAGTGGGTTGCAGAGACTTTGATGATTTGCATACCAGGTCCAGATATCAGCCACTTTCCAGTCGTAAATGGGGTaaa < 1:1364255/150‑1 (MQ=255) ccGGGCCAAAAGGTTCGCAAATTCGCATATGACGCAGAGGAACGCCTGCCTGATACATTAGGTTATACAGTGGGTTGCAGAGACTTTGATGATTTGCATACCAGGTCCAGATATCAGCCACTTTCCAGTCGTAAATGGGGTAAATGTAcc < 2:1626571/150‑1 (MQ=255) ggCCAAAAGGTTCGCAAATTCGCATATGACGCAGAGGAACGCCTGCCTGATACATTAGGTTATACAGTGGGTTGCAGAGACTTTGATGATTTGCATACCAGGTCCAGATATCAGCCACTTTCCAGTCGTAAATGGGGTAAATGTACCAGc > 2:1842771/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |