Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 657,177 | C→T | 20.9% | A186A (GCG→GCA) | lipB ← | octanoyltransferase; octanoyl‑[ACP]:protein N‑octanoyltransferase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 657,177 | 0 | C | T | 20.9% | 398.9 / 97.5 | 172 | A186A (GCG→GCA) | lipB | octanoyltransferase; octanoyl‑[ACP]:protein N‑octanoyltransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (68/68); new base T (27/9); total (95/77) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.27e-03 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 180 total aligned reads displayed.
ATGTAAAGCATTAGCAGATATTATGAGTAATGACCCAGTGTAAATTGGGCCATTGATGTATGGAATTAAGCGGTAATATATTCGAAGTCCGGATTGTTTAGTAGCGCTAAAATATTTTCCAGTAAACGTGGAGCAATATTATTAGTCGTCGCTTCGGGTTTCCATTGTGATATTTTAGCCATTTCCATTCCGGCATACCCACAAGGATTAATACGTAAAAATGGTGAAAGATCCATATTGACGTTTAATGCCAGACCGTGGAATGAACAACCGCGTCGAATACGTAAACCCAGTGAGC > CP009273/657028‑657325 | aTGTAAAGCATTAGCAGATATTATGAGTAATGACCCAGTGTAAATTGGGCCATTGATGTATGGAATTAAGCGGTAATATATTCGAAGTCCGGATTGTTTAGTAGCGCTAAAATATTTTCCAGTAAACGTGGAGCAATATTATTAgtcgtc < 1:4098012/150‑1 (MQ=255) aTGTAAAGCATTAGCAGATATTATGAGTAATGACCCAGTGTAAATTGGGCCATTGATGTATGGAATTAAGCGGTAATATATTCGAAGTCCGGATTGTTTAGTAGCGCTAAAATATTTTCCAGTAAACGTGGAGCAATATTATTAgtcgtc < 1:902175/150‑1 (MQ=255) tAAAGCATTAGCAGATATTATGAGTAATGACCCAGTGTAAATTGGGCCATTGATGTATGGAATTAAGCGGTAATATATTCGAAGTCCGGATTGTTTAGTAGCGCTAAAATATTTTCCAGTAAACGTGGAGCAATATTATTAGTCGTCGCt < 2:4568519/150‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |