| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 731,316 | A→T | 29.2% | T71S (ACA→TCA) | ybfC → | putative periplasmic protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP009273 | 731,316 | 0 | A | T | 29.2% | 263.2 / 156.0 | 161 | T71S (ACA→TCA) | ybfC | putative periplasmic protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (68/46); new base T (28/19); total (96/65) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.31e-01 | |||||||||||
Only 100 of 162 total aligned reads displayed.
GCGAAATACAAGCTAAAGATCATGATTGTTTTACTATTTTCGCTAAGGGTACTATTTTTTCCGCGTTTCCTGTCTTAAATAATAAAGCCATGTGGAGATGGTATCAGAATGAGGACATCGGTGAGTATTATTGGCAAACAGAACTGGGTACATGTAAAAATAATAAATTCACACCAAGCGGGGCGAGACTCTTAATTCGCGTCGGGTCACTACGCCTTAATGAAAATCATGCCATCAAAGGAACGTTGCAGGAGTTGATAAATACAGCAGAAAAAACGGCGTTTCTCGGCGATCGGT > CP009273/731167‑731463 | aaaTACAAGCTAAAGATCATGATTGTTTTACTATTTTCGCTAAGGGTACTATTTTTTCCGCGTTTCCTGTCTTAAATAATAAAGCCATGTGGAGATGGTATCAGAATGAGGACATCGGTGAGTATTATTGGCAAACAGAACTGGGTTCAt > 2:2453120/1‑150 (MQ=255) aaaTACAAGCTAAAGATCATGATTGTTTTACTATTTTCGCTAAGGGTACTATTTTTTCCGCGTTTCCTGTCTTAAATAATAAAGCCATGTGGAGATGGTATCAGAATGAGGACATCGGTGAGTATTATTGGCAAACAGAACTGGGTTCAt > 2:2452516/1‑150 (MQ=255) taaaaGCTAAAGATCATTATTGTTTTACTATTATCGCTAAGGGTACTATTTTTTCAGCGTTTACTGTCTTAAATAATAAAGCCATGTGCAGATGGTATCAGAATGAGGACAACGGTGAGTATTATTGGCAAACAGAACTGGGTTCATGTa > 2:4082602/4‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |