| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 734,414 | C→A | 22.9% | intergenic (+105/‑43) | ybfD → / → ybgA | H repeat‑associated putative transposase/DUF1722 family protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP009273 | 734,414 | 0 | C | A | 22.9% | 526.4 / 134.2 | 208 | intergenic (+105/‑43) | ybfD/ybgA | H repeat‑associated putative transposase/DUF1722 family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (83/77); new base A (23/25); total (106/102) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.42e-01 | |||||||||||
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Only 100 of 211 total aligned reads displayed.
TGCGATGTCCCTGATGAGCTTATTGATTTCACGTTTGAATAGAAAGGGCAGCTATGGTTAGAAACTACCTGACGTCAGTCCTTGCGGGGAGCAGGCTTTCGTAAATTTGTCCTGCTACAACAGGATTAACTTCACAAATATCATTTCTCAACGTCTACACTTACTCCTGTAAACCGCTCAGGAGCAGTAATGAATCTACAACGATTTGATGACAGCACCCTAATCCGTATCTTTGCCCTTCATGAGTTACATCGACTGAAAGAACATGGCTTAACGCGCGGGGCGCTTCTCGATTA > CP009273/734268‑734563 | tGCGATGTCCCTGATGAGCTTATTGATTTCACGTTTGAATAGAAAGGGCAGCTATGGTTAGAAACTACCTGACGTCAGTCCTTGCGGGGAGCAGGCTTTCGTAAATTTGTCCTGCTACAACAGGATTAACTTCACAAATATCATTTCTCa > 1:2325124/1‑150 (MQ=255) cGATGTCCCTGATGAGCTTATTGATTTCACGTTTGAATAGAAAGGGCAGCTATGGTTAGAAACTACCTGACGTCAGTCCTTGCGGGGAGCAGGCTTTCGTAAATTTGTCCTGCTACAACAGGATTAACTTCACAAATATCATTTCTCAAc < 1:3864776/150‑1 (MQ=255) cGATGTCCCTGATGAGCTTATTGATTTCACGTTTGAATAGAAAGGGCAGCTATGGTTAGAAACTACCTGACGTCAGTCCTTGCGGGGAGCAGGCTTTCGTAAATTTGTCCTGCTACAACAGGATTAACTTCACAAATATCATTTCTCAAc > 2:4826198/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |