| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 833,118 | G→T | 22.2% | intergenic (+226/+3) | ybiC → / ← ybiJ | putative dehydrogenase/DUF1471 family putative periplasmic protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 833,118 | 0 | G | T | 22.2% | 840.3 / 200.1 | 323 | intergenic (+226/+3) | ybiC/ybiJ | putative dehydrogenase/DUF1471 family putative periplasmic protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (120/131); new base T (35/37); total (155/168) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 331 total aligned reads displayed.
CGGCAAACAGACAGGGAAATACTTGTGCTGGACGTAGCGTAAACGCCTGATCCGTCCAACGGTTCGGATTTTGTAGGCCTGATAAGACGCGGTAGCGTCGCATCAGGCATCTGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGTCCTACGAATTACTTATAAATTACCGCAGTACCGCTTAATTTATTGTTGTTGGTGGCGGAAGTGATGCTGTATCCACTGGCACCGGCTGCCGCGGCTTTCTCAGCCAGTTTCGCTTCCAGGGCATCGAGGGTGGATGCGCCATCGGCAGAAACCAC > CP009273/832969‑833267 | ggCAAACAGACAGGGAAATACTTGTGCTGGACGTAGCGTAAACGCCTGATCCGTCCAACGGTTCGGATTTTGTAGGCCTGATAAGACGCGGTAGCGTCGCATCAGGCATCTGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGTCCTACGa > 2:2239141/1‑150 (MQ=255) aaaCAGACAGGGAAATACTTGTGCTGGACGTAGCGTAAACGCCTGATCCGTCCAACGGTTCGGATTTTGTAGGCCTGATAAGACGCGGTAGCGTCGCATCAGGCATCTGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGTCCTACTAAtt > 1:4532824/1‑150 (MQ=255) aaaCAGACAGGGAAATACTTGTGCTGGACGTAGCGTAAACGCCTGATCCGTCCAACGGTTCGGATTTTGTAGGCCTGATAAGACGCGGTAGCGTCGCATCAGGCATCTGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGTCCTACGAAtt > 1:1103703/1‑150 (MQ=255) aaaCAGACAGGGAAATACTTGTGCTGGACGTAGCGTAAACGCCTGATCCGTCCAACGGTTCGGATTTTGTAGGCCTGATAAGACGCGGTAGCGTCGCATCAGGCATCTGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGTCCTACGAAtt > 2:4418785/1‑150 (MQ=255) aaaCAGACAGGGAAATACTTGTGCTGGACGTAGCGTAAACGCCTGATCCGTCCAACGGTTCGGATTTTGTAGGCCTGATAAGACGCGGTAGCGTCGCATCAGGCATCTGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGTCCTACGAAtt > 2:3749341/1‑150 (MQ=255) acagacagGGAAATACTTGTGCTGGACGTAGCGTAAACGCCTGATCCGTCCAACGGTTCGGATTTTGTAGGCCTGATAAGACGCGGTAGCGTCGCATCAGGCATCTGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGTCCTACGAATTAc < 1:2355676/150‑1 (MQ=255) agacagGGAAATACTTGTGCTGGACGTAGCGTAAACGCCTGATCCGTCCAACGGTTCGGATTTTGTAGGCCTGATAAGACGCGGTAGCGTCGCATCAGGCATCTGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGTCCTACGAATTACtt > 1:1957270/1‑150 (MQ=255) gacagGGAAATACTTGTGCTGGACGTAGCGTAAACGCCTGATCCGTCCAACGGTTCGGATTTTGTAGGCCTGATAAGACGCGGTAGCGTCGCATCAGGCATCTGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGTCCTACGAATTACTta < 2:335148/150‑1 (MQ=255) gacagGGAAATACTTGTGCGGGACGTAGCGTAAACGCCTGATCCGTCCAACGGTTCGGATTTTGTAGGCCTGATAAGACGCGGTAGCGTCGCATCAGGCATCTGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGTCCTACGAATTACTta < 2:612422/150‑1 (MQ=255) cagGGAAATACTTGTGCTGGACGTAGCGTAAACGCCTGATCCGTCCAACGGTTCGGATTTTGTAGGCCTGATAAGACGCGGTAGCGTCGCATCAGGCATCTGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGTCCTACTAATTACTtata < 2:2811911/150‑1 (MQ=255) cagGGAAATACTTGTGCTGGACGTAGCGTAAACGCCTGATCCGTCCAACGATTCGGATTTTGTAGGCCTGATAAGACGCGGTAGCGTCGCATCAGGCATCTGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGTCCTACGAATTACTtata > 2:4643485/1‑150 (MQ=255) agGGAAATACTTGTGCTGGACGTAGCGTAAACGCCTGATCCGTCCAACGGTTCGGATTTTGTAGGCCTGATAAGACGCGGTAGCGTCGCATCAGGCATCTGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGTCCTACGAATTACTTATaa > 1:3414411/1‑150 (MQ=255) agGGAAATACTTGTGCTGGACGTAGCGTAAACGCCTGATCCGTCCAACGGTTCGGATTTTGTAGGCCTGATAAGACGCGGTAGCGTCGCATCAGGCATCTGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGTCCTACGAATTACTTATaa > 2:922823/1‑150 (MQ=255) gggAAATACTTGTGCTGGACGTAGCGTAAACGCCTGATCCGTCCAACGGTTCGGATTTTGTAGGCCTGATAAGACGCGGTAGCGTCGCATCAGGCATCTGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGTCCTACGAATTACTTATaaa < 1:1858077/150‑1 (MQ=255) ggAAATACTTGTGCTGGACGTAGCGTAAACGCCTGATCCGTCCAACGGTTCGGATTTTGTAGGCCTGATAAGACGCGGTAGCGTCGCATCAGGCATCTGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGTCCTACGAATTACTTATAAAt > 2:2514918/1‑150 (MQ=255) gAAATACTTGTGCTGGACGTAGCGTAAACGCCTGATCCGTCCAACGGTTCGGATTTTGTAGGCCTGATAAGACGCGGTAGCGTCGCATCAGGCATCTGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGTCCTACGAATTACTTATAAAtt < 1:4044103/150‑1 (MQ=255) aaaTACTTGTGCTGGACGTAGCGTAAACGCCTGATCCGTCCAACGGTTCGGATTTTGTAGGCCTGATAAGACGCGGTAGCGTCGCATCAGGCATCTGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGTCCTACGAATTACTTATAAATTa > 2:2078853/1‑150 (MQ=255) aaaTACTTGTGCTGGACGTAGCGTAAACGCCTGATCCGTCCAACGGTTCGGATTTTGTAGGCCTGATAAGACGCGGTAGCGTCGCATCAGGCATCTGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGTCCTACGAATTACTTATAAATTa > 1:3671199/1‑150 (MQ=255) 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ccTACGAATTACTTATAAATTACCGCAGTACCGCTTAATTTATTGTTGTTGGTGGCGGAAGTGATGCTGTATCCACTGGCACCGGCTGCCGCGGCTTTCTCAGCCAGTTTCGCTTCCAGGGCATCGAGGGTGGATGCGCCATCGGCAGaa < 1:625/150‑1 (MQ=255) cTACGAATTACTTATAAATTACCGCAGTACCGCTTAATTTATTGTTGTTGGTGGCGGAAGTGATGCTGTATCCACTGGCACCGGCTGCCGCGGCTTTCTCAGCCAGTTTCGCTTCCAGGGCATCGAGGGTGGATGCGCCATCGGCAGaaa < 1:1500458/150‑1 (MQ=255) | CGGCAAACAGACAGGGAAATACTTGTGCTGGACGTAGCGTAAACGCCTGATCCGTCCAACGGTTCGGATTTTGTAGGCCTGATAAGACGCGGTAGCGTCGCATCAGGCATCTGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGTCCTACGAATTACTTATAAATTACCGCAGTACCGCTTAATTTATTGTTGTTGGTGGCGGAAGTGATGCTGTATCCACTGGCACCGGCTGCCGCGGCTTTCTCAGCCAGTTTCGCTTCCAGGGCATCGAGGGTGGATGCGCCATCGGCAGAAACCAC > CP009273/832969‑833267 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |