Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 85,890 | G→T | 33.9% | intergenic (+371/‑231) | cra → / → mraZ | transcriptional repressor‑activator for carbon metabolism/RsmH methytransferase inhibitor |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 85,890 | 0 | G | T | 33.9% | 289.1 / 194.3 | 189 | intergenic (+371/‑231) | cra/mraZ | transcriptional repressor‑activator for carbon metabolism/RsmH methytransferase inhibitor |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (88/37); new base T (36/28); total (124/65) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.46e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.69e-01 |
Only 100 of 194 total aligned reads displayed.
ATTTAACAAACACTTTTCTTTGCTTTTGCGCAAACCCGCTGGCATCAAGCGCCACACAGACGTAACAAGGACTGTTAACCGGGGAAGATATGTCCTAAAATGCCGCTCGCGTCGCAAACTGACACTTTATATTTGCTGTGGAAAATAGTGAGTCATTTTAAAACGGTGATGACGATGAGGGATTTTTTCTTACAGCTATTCATAACGTTAATTTGCTTCGCACGTTGGACGTAAAATAAACAACGCTGATATTAGCCGTAAACATCGGGTTTTTTACCTCGGTATGCCTTGTGACTGGC > CP009273/85741‑86039 | tttAACAAACACTTTTCTTTGCTTTTGCGCAAACCCGCTGGCATCAAGCGCCACACAGACGTAACAAGGACTGTTAACCGGGGAAGATATGTCCTAAAATGCCGCTCGCGTCGCAAACTGACACTTTATATTTGCTGTGGAAAATAGTGa > 2:41186/1‑150 (MQ=255) ttAACAAACACTTTTCTTTGCTTTTGCGCAAACCCGCTGGCATCAAGCGCCACACAGACGTAACAAGGACTGTTAACCGGGGAAGATATGTCCTAAAATGCCGCTCGCGTCGCAAACTGACACTTTATATTTGCTGTGGAAAATAGTTAg > 2:4807175/1‑150 (MQ=255) ttAACAAACACTTTTCTTTGCTTTTGCGCAAACCCGCTGGCATCAAGCGCCACACAGACGTAACAAGGACTGTTAACCGGGGAAGATATGTCCTAAAATGCCGCTCGCGTCGCAAACTGACACTTTATATTTGCTGTGGAAAATAGTGAg > 1:2871161/1‑150 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |