| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 1,048,928 | C→A | 64.2% | E903* (GAA→TAA) | torS ← | hybrid sensory histidine kinase in two‑component regulatory system with TorR |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 1,048,928 | 0 | C | A | 64.2% | 243.3 / inf | 265 | E903* (GAA→TAA) | torS | hybrid sensory histidine kinase in two‑component regulatory system with TorR |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (49/46); new base A (79/91); total (128/137) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.44e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 270 total aligned reads displayed.
TGGCCGCCGCTGCCAGCGGGTTCTTTTATTCTCTGCCATGATTTTGCCAGTCCGTTAAGTTGTATACCAAATGCCACTATTCTAGTTGTTCTTAACTGGCTGATATTGATTCAAATCGCGTTCAGGTCTTTCTTATGCAACCATGCTTCCAGAGCGGCAACACTGCGTGTAATTTCTTCGTGTGGAAGGGGGGCAGATAATGGCTGCTGCTCCAGTTGTGCGCATAGCTGGCTGGCGATATGCATTCCCAGACTCGAGCAACTGCTTTTTAGCTGATGCGCGGCACGCTTTATTTTCT > CP009273/1048780‑1049077 | tGGCCGCCGCTGCCAGCGGGTTCTTTTATTCTCTGCCATGATTTTGCCAGTCCGTTAAGTTGTATACCAAATGCCACTATTCTAGTTGTTCTTAACTGGCTGATATTGATTCAAATCGCGTTCAGGTCTTTCTTATGCAACCATGCTTcc > 1:3979587/1‑150 (MQ=255) gccgccGCTGCCAGCGGGTTCTTTTATTCTCTGCCATGATTTTGCCAGTCCGTTAAGTTGTATACCAAATGCCACTATTCTAGTTGTTCTTAACTGGCTGATATTGATTCAAATCGCGTTCAGGTCTTTCTTATGCAACCATGCTTCCag < 1:647634/150‑1 (MQ=255) gccgccGCTGCCAGCGGGTTCTTTTATTCTCTGCCATGATTTTGCCAGTCCGTTAAGTTGTATACCAAATGCCACTATTCTAGTTGTTCTTAACTGGCTGATATTGATTCAAATCGCGTTCAGGTCTTTCTTATGCAACCATGCTTCCag < 1:646295/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |