| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 1,283,978 | C→T | 21.8% | V35I (GTA→ATA) | purU ← | formyltetrahydrofolate hydrolase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP009273 | 1,283,978 | 0 | C | T | 21.8% | 382.8 / 102.0 | 170 | V35I (GTA→ATA) | purU | formyltetrahydrofolate hydrolase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (47/86); new base T (19/18); total (66/104) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.81e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.81e-01 | |||||||||||
Only 100 of 172 total aligned reads displayed.
ACGACCGGCAGGATTCAGCTCACGCACGGAGCCTTCTGGCAATGCGCTATCGAGATCCGCCAGCAGGGTGGAATCATTAAAAATCCCTTCCAGTTCCGTGCGCATAAAAAAGCGCCCGGTACGGTGATCAACAAATTCATTGTTCTGTACGATATTTAACTCGTGCTTGTAGCAAATATTGGTAATACGTGCGATCAGACCTTTTTGGTCCGGACAAATAGTACGCAGAACTTTACGTTGGAGTGAATGCATTGCTGGAAAAACCTTGTTGAGAGTGTTTGCTAAACCGTACCGT > CP009273/1283829‑1284123 | acgacCGGCAGGATTCAGCTCACGCACGGAGCCTTCTGGCAATGCGCTATCGAGATCCGCCAGCAGGGTGGAATCATTAAAAATCCCTTCCAGTTCCGTGCGCATAAAAAAGCGCCCGGTACGGTGATCAACAAATTCATTGTTCTGTAc > 1:3813131/1‑150 (MQ=255) gggCAGTTTTCCGCTCACGCAGGGAGCCTTGTGTCATGGCGATATCGAGACCCGCCAGCCGGTTGTAAAAATAAAAAAGCCCTTCCATTTCGGTGCGAATAAAAAAGCGCCCGGTACGGTGATCAACAAATTCATTGTTCTGTATGatat < 1:1029135/149‑1 (MQ=255) cGGCAGGATTCAGCTCACGCACGGAGCCTTCTGGCAATGCGCTATCGAGATCCGCCAGCCGGGTGTAATCATAAAAAATCCCTTCCAGTTCCGTGCGCATAAAAAAGCGCCCGGTACGGTGATCAACAAATTCATTGTTCTGTACGatat < 2:3857477/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |