| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 1,368,566 | T→G | 25.6% | F74V (TTC→GTC) | ycjP → | inner membrane putative ABC superfamily sugar transporter permease |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 1,368,566 | 0 | T | G | 25.6% | 491.5 / 268.0 | 302 | F74V (TTC→GTC) | ycjP | inner membrane putative ABC superfamily sugar transporter permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (115/110); new base G (39/38); total (154/148) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.13e-01 | |||||||||||
Only 100 of 316 total aligned reads displayed.
GCTGTTTCCATTTTTTGTGATGCTGATGACCTCGTTCAAGGGCGCGAAAGAGGCGATCTCACTGCATCCTACGCTGCTGCCGCAGCAGTGGACGCTGGAGCATTACGTCGACATTTTTAACCCGATGATTTTCCCGTTTGTCGACTACTTCCGTAACAGTCTGGTGGTGTCTGTGGTTTCATCCGTGGTGGCGGTATTCCTCGGCATTCTTGGGGCTTACGCGCTTTCCCGCCTGCGCTTTAAAGGTCGGATGACCATCAACGCCAGCTTTTACACGGTGTATATGTTCTCTGGCATT > CP009273/1368418‑1368715 | ttCCATTTTTTGTGATGCTGATGACCTCGTTCAAGGGCGCGAAAGAGGCGATCTCACTGCATCCTACGCTGCTGCCGCAGCAGTGGACGCTGGAGCATTACGTCGACATTTTTAACCCGATGATTTTCCCGTTTGTCGACTACTTCCGTa < 1:4820273/150‑1 (MQ=255) tCCATTTTTTGTGATGCTGATGACCTCGTTCAAGGGCGCGAAAGAGGCGATCTCACTGCATCCTACGCTGCTGCCGCAGCAGTGGACGCTGGAGCATTACGTCGACATTTTTAACCCGATGATTTTCCCGTTTGTCGACTACTTCCGTaa < 1:2707380/150‑1 (MQ=255) ttttGTGATGCTGATGACCTCGTTCAAGGGCGCGAAAGAGGCGATCTCACTGCATCCTACGCTGCTGCCGCAGCAGTGGACGCTGGAGCATTACGTCGACATTTTTAACCCGATGATTTTCCCGTTTGTCGACTACTTCCGTAACAGTCt > 1:4515710/1‑150 (MQ=255) ttttGTGATGCTGATGACCTCGTTCAAGGGCGCGAAAGAGGCGATCTCACTGCATCCTACGCTGCTGCCGCAGCAGTGGACGCTGGAGCATTACGTCGACATTTTTAACCCGAGGATTTTCCCGTTTGTCGACTACTTCCGTAACAGTCt > 2:4084470/1‑150 (MQ=255) tttGTGCTGCTGATGACCTCGTTCTAGGGCGCGAAAGAGGCGATCTCACTGCATCCTACGCTGCTGCCGCAGCAGTGGACGCTGGAGCATTACGTCGACATTTTTAACCCGATGATTTTCCCGTTTGTCGACTACTTCCGTAACAGTCtg < 1:2114552/150‑1 (MQ=255) ttGTGATGCTGATGACCTCGTTCAAGGGCGCGAAAGAGGCGATCTCACTGCATCCTACGCTGCTGCCGCAGCAGTGGACGCTGGAGCATTACGTCGACATTTTTAACCCGATGATTTTCCCGTTTGTCGACTACGTCCGTAACAGTCtgg < 1:4560020/150‑1 (MQ=255) tgtgATGCTGATGACCTCGTTCAAGGGCGCGAAAGAGGCGATCTCACTGCATCCTACGCTGCTGCCGCAGCAGTGGACGCTGGAGCATTACGTCGACATTTTTAACCCGATGATTTTCCCGTTTGTCGACTACTTCCGTAACAGTCtggt > 2:3085886/1‑150 (MQ=255) tgtgATGCTGATGACCTCGTTCAAGGGCGCGAAAGAGGCGATCTCACTGCATCCTACGCTGCTGCCGCAGCAGTGGACGCTGGAGCATTACGTCGACATTTTTAACCCGATGATTTTCCCGTTTGTCGACTACTTCCGTAACAGTCtggt > 2:1162639/1‑150 (MQ=255) gtgATGCTGATGACCTCGTTCAAGGGCGCGAAAGAGGCGATCTCACTGCATCCTACGCTGCTGCCGCAGCAGTGGACGCTGGAGCATTACGTCGACATTTTTAACCCGATGATTTTCCCGTTTGTCGACTACTTCCGTAACAGTCtggtg < 2:1550917/150‑1 (MQ=255) gtgATGCTGATGACCTCGTTCAAGGGCGCGAAAGAGGCGATCTCACTGCATCCTACGCTGCTGCCGCAGCAGTGGACGCTGGAGCATTACGTCGACATTTTTAACCCGATGATTTTCCCGTTTGTCGACTACTTCCGTAACAGTCtggtg > 1:2396101/1‑150 (MQ=255) gATGCTGATGACCTCGTTCAAGGGCGCGAAAGAGGCGATCTCACTGCATCCTACGCTGCTGCCGCAGCAGTGGACGCTGGAGCATTACGTCGACATTTTTAACCCGATGATTTTCCCGTTTGTCGACTACTTCCGTAACAGTCTggtggt < 2:398196/150‑1 (MQ=255) aTGCTGATGACCTCGTTCAAGGGCGCGAAAGAGGCGATCTCACTGCATCCTACGCTGCTGCCGCAGCAGTGGACGCTGGAGCATTACGTCGACATTTTTAACCCGATGATTTTCCCGTTTGTCGACTACTTCCGTAACAGTCTGgtggtg < 1:4015175/150‑1 (MQ=255) cTGATGACCTCGTTCAAGGGCGCGAAAGAGGCGATCTCACTGCATCCTACGCTGCTGCCGCAGCAGTGGACGCTGGAGCATTACGTCGACATTTTTAACCCGATGATTTTCCCGTTTGTCGACTACTTCCGTAACAGTCTGGTGGTGTCt < 2:1389271/150‑1 (MQ=255) cTGATGACCTCGTTCAAGGGCGCGAAAGAGGCGATCTCACTGCATCCTACGCTGCTGCCGCAGCAGTGGACGCTGGAGCATTACGTCGACATTTTTAACCCGATGATTTTCCCGTTTGTCGACTACTTCCGTAACAGTCTGGTGGTGTCt > 2:1700424/1‑150 (MQ=255) tgatgaCCTCGTTCAAGGGCGCGAAAGAGGCGATCTCACTGCATCCTACGCTGCTGCCGCAGCAGTGGACGCTGGAGCATTACGTCGACATTTTTAACCCGATGATTTTCCCGTTTGTCGACTACTTCCGTAACAGTCTGGTGGTGTCtg > 2:3321487/1‑150 (MQ=255) cTCGTTCAAGGGCGCGAAAGAGGCGATCTCACTGCATCCTACGCTGCTGCCGCAGCAGTGGACGCTGGAGCATTACGTCGACATTTTTAACCCGATGATTTTCCCGTTTGTCGACTACTTCCGTAACAGTCTGGTGGTGTCTGTGGTTTc > 1:466419/1‑150 (MQ=255) aaGGGCGCGAAAGAGGCGATCTCACTGCAGCCTACGCTGCTGCCGCAGCAGTGGACGCTGGAGCATTACGTCGACATTTTTAACCCGATGATTTTCCCGTTTGTCGACTACTTCCGTAACAGTCTGGTGGTGTCTGTGGTTTCATCCgtg > 1:294981/1‑150 (MQ=255) aGGGCGCGAAAGAGGCGATCTCACTGCATCCTACGCTGCTGCCGCAGCAGTGGACGCTGGAGCATTACGTCGACATTTTTAACCCGATGATTTTCCCGTTTGTCGACTACTTCCGTAACAGTCTGGTGGTGTCTGTGGTTTCATCCgtgg > 2:1746652/1‑150 (MQ=255) 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ggCGATCTCACTGCATCCTACGCTGCTGCCGCAGCAGTGGACGCTGGAGCATTACGTCGACATTTTTAACCCGATGATTTTCCCGTTTGTCGACTACGTCCGTAACAGTCTGGTGGTGTCTGTGGTTTCATCCGTGGTGGCGGTATTCCt > 1:1000264/1‑150 (MQ=255) gCGATCTCACTGCATCCTACGCTGCTGCCGCAGCAGTGGACGCTGGAGCATTACGTCGACATTTTTAACCCGATGATTTTCCCGTTTGTCGACTACTTCCGTAACAGTCTGGTGGTGTCTGTGGTTTCATCCGTGGTGGCGGTATTCCTc < 1:421280/150‑1 (MQ=255) tctcACTGCATCCTACGCTGCTGCCGCAGCAGTGGACGCTGGAGCATTACGTCGACATTTTTAACCCGATGATTTTCCCGTTTGTCGACTACTTCCGTAACAGTCTGGTGGTGTCTGTGGTTTCATCCGTGGTGGCGGTATTCCTCGGCa < 2:356306/150‑1 (MQ=255) ctcACTGCATCCTACGCTGCTGCCGCAGCAGTGGACGCTGGAGCATTACGTCGACATTTTTAACCCGATGATTTTCCCGTTTGTCGACTACTTCCGTAACAGTCTGGTGGTGTCTGTGGTTTCATCCGTGGTGGCGGTATTCCTCGGCAt > 2:2334462/1‑150 (MQ=255) tcACTGCATCCTACGCTGCTGCCGCAGCAGTGGACGCTGGAGCATTACGTCGACATTTTTAACCCGATGATTTTCCCGTTTGTCGACTACGTCCGTAACAGTCTGGTGGTGTCTGTGGTTTCATCCGTGGTGGCGGTATTCCTCGGCAtt > 2:4557649/1‑150 (MQ=255) tcACTGCATCCTACGCTGCTGCCGCAGCAGTGGACGCTGGAGCATTACGTCGACATTTTTAACCCGATGATTTTCCCGTTTGTCGACTACGTCCGTAACAGTCTGGTGGTGTCTGTGGTTTCATCCGTGGTGGCGGTATTCCTCGGCAtt > 2:2105945/1‑150 (MQ=255) cACTGCATCCTACGCTGCTGCCGCAGCAGTGGACGCTGGAGCATTACGTCGACATTTTTAACCCGATGATTTTCCCGTTTGTCGACTACTTCCGTAACAGTCTGGTGGTGTCTGTGGTTTCATCCGTGGTGGCGGTATTCCTCGGCATTc > 2:3883451/1‑150 (MQ=255) cACTGCATCCTACGCTGCTGCCGCAGCAGTGGACGCTGGAGCATTACGTCGACATTTTTAACCCGATGATTTTCCCGTTTGTCGACTACTTCCGTAACAGTCTGGTGGTGTCTGTGGTTTCATCCGTGGTGGCGGTATTCCTCGGCATTc > 2:4262744/1‑150 (MQ=255) aCTGCATCCTACGCTGCTGCCGCAGCAGTGGACGCTGGAGCATTACGTCGACATTTTTAACCCGATGATTTTCCCGTTTGTCGACTACTTCCGTAACAGTCTGGTGGTGTCTGTGGTTTCATCCGTGGTGGCGGTATTCCTCGGCATTCt < 1:2343173/150‑1 (MQ=255) cTGCATCCTACGCTGCTGCCGCAGCAGTGGACGCTGGAGCATTACGTCGACATTTTTAACCCGATGATTTTCCCGTTTGTCGACTACTTCCGTAACAGTCTGGTGGTGTCTGTGGTTTCATCCGTGGTGGCGGTATTCCTCGGCATTCtt < 1:2727540/150‑1 (MQ=255) ccTACGCTGCTTCCTCAGCAGTTGTCGCTGTATCATTACGTCTACATTTTTAAACAGATGATTTTCCCTTTTGTCGACTACTTCCGTATCAGTCTGTTGTTGTCTGTTGTTTCATACGTGGTGGCGGTATTCCTCGGCTTTCTTGGGGCt < 1:3274758/150‑1 (MQ=255) cTACGCTGCTGCCGCAGCAGTGGACGCTGGAGCATTACGTCGACATTTTTAACCCGATGATTTTCCCGTTTGTCGACTACTTCCGTAACAGTCTGGTGGTGTCTGTGGTTTCATCCGTGGTGGCGGTATTCCTCGGCATTCTTGGGGCtt > 1:2333459/1‑150 (MQ=255) cTACGCTGCTGCCGCAGCAGTGGACGCTGGAGCATTACGTCGACATTTTTAACCCGATGATTTTCCCGTTTGTCGACTACTTCCGTAACAGTCTGGTGGTGTCTGTGGTTTCATCCGTGGTGGCGGTATTCCTCGGCATTCTTGGGGCtt < 1:2851438/150‑1 (MQ=255) cTACGCTGCTGCCGCAGCAGTGGACGCTGGAGCATTACGTCGACATTTTTAACCCGATGATTTTCCCGTGTGTCGACTACTTCCGTAACAGTCTGGTGGTGTCTGTGGTTTCATCCGTGGTGGCGGTATTCCTCGGCATTCTTGGGGCtt < 1:4108417/150‑1 (MQ=255) aCGCTGCTGCCGCAGCAGTGGACGCTGGAGCATTACGTCGACATTTTTAACCCGATGATTTTCCCGTTTGTCGACTACTTCCGTAACAGTCTGGTGGTGTCTGTGGTTTCATCCGTGGTGGCGGTATTCCTCGGCATTCTTGGGGCTTAc < 1:1103779/150‑1 (MQ=255) aCGCTGCTGCCGCAGCAGTGGACGCTGGAGCATTACGTCGACATTTTTAACCCGATGATTTTCCCGTTTGTCGACTACTTCCGTAACAGTCTGGTGGTGTCTGTGGTTTCATCCGTGGTGGCGGTATTCCTCGGCATTCTTGGGGCTTAc < 2:2999921/150‑1 (MQ=255) cGCTGCTGCCGCAGCAGTGGACGCTGGAGCATTACGTCGACATTTTTAACCCGATGATTTTCCCGTTTGTCGACTACTTCCGTAACAGTCTGGTGGTGTCTGTGGTTTCATCCGTGGTGGCGGTATTCCTCGGCATTCTTGGGGCTTAcg < 1:3314498/150‑1 (MQ=255) tgcCGCAGCAGTGGACGCTGGAGCATTACGTCGACATTTTTAACCCGATGATTTTCCCGTTTGTCGACTACTTCCGTAACAGTCTGGTGGTGTCTGTGGTTTCATCCGTGGTGGCGGTATTCCTCGGCATTCTTGGGGCTTACGCGCttt < 2:1954517/150‑1 (MQ=255) tgcCGCAGCAGTGGACGCTGGAGCATTACGTCGACATTTTTAACCCGATGATTTTCCCGTTTGTCGACTACGTCCGTAACAGTCTGGTGGTGTCTGTGGTTTCATCCGTGGTGGCGGTCTTCCTCGGCAGTCTTGGGGCTTACGCGCtgt > 1:4298779/1‑148 (MQ=255) tgcCGCAGCAGTGGACGCTGGAGCATTACGTCGACATTTTTAACCCGATGATTTTCCCGTTTGTCGACTACGTCCGTAACAGTCTGGTGGTGTCTGTGGTTTCATCCGTGGTGGCGGTATTCCTCGGCATTCTTGGGGCTTACGCGCttt > 1:1954452/1‑150 (MQ=255) 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agcagTGGACGCTGGAGCATTACGTCGACATTTTTAACCCGATGATTTTCCCGTTTGTCGACTACTTCCGTAACAGTCTGGTGGTGTCTGTGGTTTCATCCGTGGTGGCGGTATTCCTCGGCATTCTTGGGGCTTACGCGCTTTCCCGcc > 2:3604683/1‑150 (MQ=255) agcagTGGACGCTGGAGCATTACGTCGACATTTTTAACCCGATGATTTTCCCGTTTGTCGACTACTTCCGTAACAGTCTGGTGGTGTCTGTGGTTTCATCCGTGGTGGCGGTATTCCTCGGCATTCTTGGGGCTTACGCGCTTTCCCGcc > 1:2483378/1‑150 (MQ=255) ggACGCTGGAGCATTACGTCGACATTTTTAACCCGATGATTTTCCCGTTTGTCGACTACTTCCGTAACAGTCTGGTGGTGTCTGTGGTTTCATCCGTGGTGGCGGTATTCCTCGGCATTCTTGGGGCTTACGCGCTTTCCCGCCTGCGCt > 2:4826398/1‑150 (MQ=255) ggACGCTGGAGCATTACGTCGACATTTTTAACCCGATGATTTTCCCGTTTGTCGACTACTTCCGTAACAGTCTGGTGGTGTCTGTGGTTTCATCCGTGGTGGCGGTATTCCTCGGCATTCTTGGGGCTTACGCGCTTTCCCGCCTGCGCt < 1:519426/150‑1 (MQ=255) aCGCTGGAGCATTACGTCGACATTTTTAACCCGATGATTTTCCCGTTTGTCGACTACTTCCGTAACAGTCTGGTGGTGTCTGTGGTTTCATCCGTGGTGGCGGTATTCCTCGGCATTCTTGGGGCTTACGCGCTTTCCCGCCTGCGCttt < 1:1134978/150‑1 (MQ=255) 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ccGTTTGTCGACTACGTCCGTAACAGTCTGGTGGTGTCTGTGGTTTCATCCGTGGTGGCGGTATTCCTCGGCATTCTTGGGGCTTACGCGCTTTCCCGCCTGCGCTTTAAAGGTCGGATGACCATCAACGCCAGCTTTTACACGGTGtat > 1:2672014/1‑150 (MQ=255) cGTTTGTCGACTACTTCCGTAACAGTCTGGTGGTGTCTGTGGTTTCATCCGTGGTGGCGGTATTCCTCGGCATTCTTGGGGCTTACGCGCTTTCCCGCCTGCGCTTTAAAGGTCGGATGACCATCAACGCCAGCTTTTACACGGTGtata < 1:2066808/150‑1 (MQ=255) gTTTGTCGACTACTTCCGTAACAGTCTGGTGGTGTCTGTGGTTTCATCCGTGGTGGCGGTATTCCTCGGCATTCTTGGGGCTTACGCGCTTTCCCGCCTGCGCTTTAAAGGTCGGATGACCATCAACGCCAGCTTTTACACGGTGTatat < 2:2537102/150‑1 (MQ=255) tGTCGACTACTTCCGTAACAGTCTGGTGGTGTCTGTGGTTTCATCCGTGGTGGCGGTATTCCTCGGCATTCTTGGGGCTTACGCGCTTTCCCGCCTGCGCTTTAAAGGTCGGATGACCATCAACGCCAGCTTTTACACGGTGTATATGtt < 1:2021540/150‑1 (MQ=255) tGTCGACTACGTCCGTAACAGTCTGGTGGTGTCTGTGGTTTCATCCGTGGTGGCGGTATTCCTCGGCATTCTTGGGGCTTACGCGCTTTCCCGCCTGCGCTTTAAAGGTCGGATGACCATCAACGCCAGCTTTTACACGGTGTATATGtt > 1:1761795/1‑150 (MQ=255) 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ctacgTCCGTAACAGTCTGGTGGTGTCTGTGGTTTCATCCGTGGTGGCGGTATTCCTCGGCATTCTTGGGGCTTACGCGCTTTCCCGCCTGCGCTTTAAAGGTCGGATGACCATCAACGCCAGCTTTTACACGGTGTATATGTTCTCTgg < 1:1357103/150‑1 (MQ=255) ttCCGTAACAGTCTGGTGGTGTCTGTGGTTTCATCCGTGGTGGCGGTATTCCTCGGCATTCTTGGGGCTTACGCGCTTTCCCGCCTGCGCTTTAAAGGTCGGATGACCATCAACGCCAGCTTTTACACGGTGTATATGTTCTCTGGCAtt < 2:3215488/150‑1 (MQ=255) | GCTGTTTCCATTTTTTGTGATGCTGATGACCTCGTTCAAGGGCGCGAAAGAGGCGATCTCACTGCATCCTACGCTGCTGCCGCAGCAGTGGACGCTGGAGCATTACGTCGACATTTTTAACCCGATGATTTTCCCGTTTGTCGACTACTTCCGTAACAGTCTGGTGGTGTCTGTGGTTTCATCCGTGGTGGCGGTATTCCTCGGCATTCTTGGGGCTTACGCGCTTTCCCGCCTGCGCTTTAAAGGTCGGATGACCATCAACGCCAGCTTTTACACGGTGTATATGTTCTCTGGCATT > CP009273/1368418‑1368715 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |