| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 1,459,405 | G→A | 20.2% | intergenic (+87/+17) | paaY → / ← ynbG | putative hexapeptide repeat acetyltransferase/uncharacterized protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 1,459,405 | 0 | G | A | 20.2% | 241.2 / 55.0 | 104 | intergenic (+87/+17) | paaY/ynbG | putative hexapeptide repeat acetyltransferase/uncharacterized protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (38/45); new base A (8/13); total (46/58) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.26e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.88e-01 | |||||||||||
Only 100 of 104 total aligned reads displayed.
GGGAAATTGAACCTGGCAGGAAACGCCTGGTATTTGATGAGAATCTGCGACCGAAACAGTAACAGATGTAAAATTATTTTGTCCCTTTAATTATAAAGCAGAGTTATGTTTAAGCTCTGCTTTATTTATTTGAGTATTAATTCATACCGTTTTTTCATCATATAATTATTTATAATGAGAATGTGGTTTTAATTTGTAATTTATATTATATACACAATTTATATATTTCATGGTCTTTTTTTATTCACCTGAATTATAATTGTGAATTATAGGAAAGTATGTTTGATTAGATAATAA > CP009273/1459257‑1459553 | gggAAATTGAACCTGGCAGGAAACGCCTGGTATTTGATGAGAATCTGCGACCGAAACAGTAACAGATGTAAAATTATTTTGTCCCTTTAATTATAAAGCAGAGTTATGTTTAAGCTCTGCTTTATTTATTTGAGTATTAATTCATACCGt > 1:1928966/1‑150 (MQ=255)gggAAATTGAACCTGGCAGGAAACGCCTGGTATTTGATGAGAATCTGCGACCGAAACAGTAACAGATGTAAAATTATTTTGTCCCTTTAATTATAAAGCAGAGTTATGTTTAAGCTCTGCTTTATTTATTTGAGTATTAATTCATACCGt > 1:1928112/1‑150 (MQ=255) tGAACCTGGCAGGAATCGCCTGGTATTTGATGAGAATCTGCGACCGAAACAGTAACAGATGTAAAATTATTTTGTCCCTTTAATTATAAAGCAGAGTTATGTTTAAGCTCTGCTTTATTTATTTGAGTATTAATTCATACCGTTTTTtca < 2:3431206/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |