| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 1,592,412 | T→C | 26.4% | intergenic (‑168/+462) | yneO ← / ← lsrK | pseudogene, AidA homolog/autoinducer‑2 (AI‑2) kinase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 1,592,412 | 0 | T | C | 26.4% | 332.5 / 149.0 | 190 | intergenic (‑168/+462) | yneO/lsrK | pseudogene, AidA homolog/autoinducer‑2 (AI‑2) kinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (54/85); new base C (22/28); total (76/114) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.14e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.10e-01 | |||||||||||
Only 100 of 197 total aligned reads displayed.
TGCCCTGCGAGTTAATTCCGAGCAGGCCTGAAATACCTGTAGAGTGCAATTCCATATCACGCGATAGATTCTATTCATATAAACGCTCCATATACAAACAATACAGCCACGAAAGAGATGAGTCGTCAGACATTAAAAATGAAACTTATTAAATTGTCAGAGGTCTGTATTGAGTGTTAGTTGGAGGTGGGAAGGTGTCAATTTGGCTAATTTGCTAATGCTTTCGAATTGATAGATTAAAAATTGCATAGTTCTTATTTTATTTAAATATGAACTATGAGTTATTGTTGCTTAAT > CP009273/1592266‑1592561 | tgccctgcGAGTTAATTCCGAGCAGGCCTGAAATACCTGTAGAGTGCAATTCCATATCACGCGATAGATTCTATTCATATAAACGCTCCATATACAAACAATACAGCCACGAAAGAGATGAGTCGTCAGACATTAAAAATGAAACttatt < 2:4765932/150‑1 (MQ=255) gccctgcGAGTTAATTCCGAGCAGGCCTGAAATACCTGTAGAGTGCAATTCCATATCACGCGATAGATTCTATTCATATAAACGCTCCATATACAAACAATACAGCCACGAAAGAGATGAGTCGTCAGACATTAAAAATGAAACttatta < 2:1207199/150‑1 (MQ=255) ctgcGAGTTAATTCCGAGCAGGCCTGAAATACCTGTAGAGTGCAATTCCATATCACGCGATAGATTCTATTCATATAAACGCTCCATATACAAACAATACAGCCACGAAAGAGATGAGTCGTCAGACATTAAAAATGAAACTCATTAAAt < 2:2300155/150‑1 (MQ=255) tgcGAGTTAATTCCGAGCAGGCCTGAAATACCTGTAGAGTGCAATTCCATATCACGCGATAGATTCTATTCATATAAACGCTCCATATACAAACAATACAGCCACGAAAGAGATGAGTCGTCAGACATTAAAAATGAAACTTATTAAAtt > 1:630224/1‑150 (MQ=255) aGTTAATTCCGAGCAGGCCTGAAATACCTGTAGAGTGCAATTCCATATCACGCGATAGATTCTATTCATATAAACGCTCCATATACAAACAATACAGCCACGAAAGAGATGAGTCGTCAGACATTAAAAATGAAACTTATTAAATTGTCa > 1:3185569/1‑150 (MQ=255) aGTTAATTCCGAGCAGGCCTGAAATACCTGTAGAGTGCAATTCCATATCACGCGATAGATTCTATTCATATAAACGCTCCATATACAAACAATACAGCCACGAAAGAGATGAGTCGTCAGACATTAAAAATGAAACTTATTAAATTGTCa > 1:1513166/1‑150 (MQ=255) gTTAATTCCGAGCAGGCCTGAAATACCTGTAGAGTGCAATTCCATATCACGCGATAGATTCTATTCATATAAACGCTCCATATACAAACAATACAGCCACGAAAGAGATGAGTCGTCAGACATTAAAAATGAAACTTATTAAATTGTCag < 2:4108199/150‑1 (MQ=255) gTTAATTCCGAGCAGGCCTGAAATACCTGTAGAGTGCAATTCCATATCACGCGATAGATTCTATTCATATAAACGCTCCATATACAAACAATACAGCCACGAAAGAGATGAGTCGTCAGACATTAAAAATGAAACTTATTAAATTGTCag < 2:18101/150‑1 (MQ=255) tAATTCCGAGCAGGCCTGAAATACCTGTAGAGTGCAATTCCATATCACGCGATAGATTCTATTCATATAAACGCTCCATATACAAACAATACAGCCACGAAAGAGATGAGTCGTCAGACATTAAAAATGAAACTCATTAAATTGTCagag < 2:1299546/150‑1 (MQ=255) aaTTCCGAGCAGGCCTGAAAGACCTGTAGAGTGCAATTCCATATCACGCGATAGATTCTATTCATATAAACGCTCCATATACAACCAATACAGCCACGAAAGAGATGAGTCGTCAGACATTAAAAATGAAACTTATTAAATTGTCAGAgg < 1:2336143/150‑1 (MQ=255) ttCCGAGCAGGCCTGAAATACCTGTAGAGTGCAATTCCATATCACGCGATAGATTCTATTCATATAAACGCTCCATATACAAACAATACAGCCACGAAAGAGATGAGTCGTCAGACATTAAAAATGAAACTTATTAAATTGTCAGAGGTc > 1:2483364/1‑150 (MQ=255) ttCCGAGCAGGCCTGAAATACCTGTAGAGTGCAATTCCATATCACGCGATAGATTCTATTCATATAAACGCTCCATATACAAACAATACAGCCACGAAAGAGATGAGTCGTCAGACATTAAAAATGAAACTTATTAAATTGTCAGAGGTc > 1:2569194/1‑150 (MQ=255) tCCGAGCAGGCCTGAAATACCTGTAGAGTGCAATTCCATATCACGCGATAGATTCTATTCATATAAACGCTCCATATACAAACAATACAGCCACGAAAGAGATGAGTCGTCAGACATTAAAAATGAAACTTATTAAATTGTCAGAGGTCt > 2:1156861/1‑150 (MQ=255) tCCGAGCAGGCCTGAAATACCTGTAGAGTGCAATTCCATATCACGCGATAGATTCTATTCATATAAACGCTCCATATACAAACAATACAGCCACGAAAGAGATGAGTCGTCAGACATTAAAAATGAAACTTATTAAATTGTCAGAGGTCt < 1:4199509/150‑1 (MQ=255) tCCGAGCAGGCCTGAAATACCTGTAGAGTGCAATTCCATATCACGCGATAGATTCTATTCATATAAACGCTCCATATACAAACAATACAGCCACGAAAGAGATGAGTCGTCAGACATTAAAAATGAAACTCATTAAATTGTCAGAGGTCt < 1:3822236/150‑1 (MQ=255) cGAGCAGGCCTGAAATACCTGTAGAGTGCAATTCCATATCACGCGATAGATTCTATTCATATAAACGCTCCATATACAAACAATACAGCCACGAAAGAGATGAGTCGTCAGACATTAAAAATGAAACTTATTAAATTGTCAGAGGTCTGt > 1:1318030/1‑150 (MQ=255) gAGCAGGCCTGAAATACCTGTAGAGTGCAATTCCATATCACGCGATAGATTCTATTCATATAAACGCTCCATATACAAACAATACAGCCACGAAAGAGATGAGTCGTCAGACATTAAAAATGAAACTCATTAAATTGTCAGAGGTCTGTa > 2:1539851/1‑150 (MQ=255) cAGGCCTGAAATACCTGTAGAGTGCAATTCCATATCACGCGATAGATTCTATTCATATAAACGCTCCATATACAAACAATACAGCCACGAAAGAGATGAGTCGTCAGACATTAAAAATGAAACTTATTAAATTGTCAGAGGTCTGTATTg > 2:567622/1‑150 (MQ=255) cAGGCCTGAAATACCTGTAGAGTGCAATTCCATATCACGCGATAGATTCTATTCATATAAACGCTCCATATACAAACAATACAGCCACGAAAGAGATGAGTCGTCAGACATTAAAAATGAAACTTATTAAATTGTCAGAGGTCTGTATTg < 2:151180/150‑1 (MQ=255) gCCTGAAATACCTGTAGAGTGCAATTCCATATCACGCGATAGATTCTATTCATATAAACGCTCCATAGACAAACAATACAGCCACGAAAGAGATGAGTCGTCAGACATTAAAAATGAAACTTATTAAATTGTCAGAGGTCTGTATTGAgt < 2:4504755/150‑1 (MQ=255) ccTGAAATACCTGTAGAGTGCAATTCCATATCACGCGATAGATTCTATTCATATAAACGCTCCATATACAAACAATACAGCCACGAAAGAGATGAGTCGTCAGACATTAAAAATGAAACTTATTAAATTGTCAGAGGTCTGTATTGAgtg > 1:2431222/1‑150 (MQ=255) ccTGAAATACCTGTAGAGTGCAATTCCATATCACGCGATAGATTCTATTCATATAAACGCTCCATATACAAACAATACAGCCACGAAAGAGATGAGTCGTCAGACATTAAAAATGAAACTTATTAAATTGTCAGAGGTCTGTATTGAgtg > 2:1860203/1‑150 (MQ=255) gAAATACCTGTAGAGTGCAATTCCATATCACGCGATAGATTCTATTCATATAAACGCTCCATATACAAACAATACAGCCACGAAAGAGATGAGTCGTCAGACATTAAAAATGAAACTTATTAAATTGTCAGAGGTCTGTATTGAGTGTTa < 1:3892316/150‑1 (MQ=255) aaaTACCTGTAGAGTGCAATTCCATATCACGCGATAGATTCTATTCATATAAACGCTCCATATACAAACAATACAGCCACGAAAGAGATGAGTCGTCAGACATTAAAAATGAAACTTATTAAATTGTCAGAGGTCTGTATTGAGTGTTAg > 1:3992220/1‑150 (MQ=255) aaaTACCTGTAGAGTGCAATTCCATATCACGCGATAGATTCTATTCATATAAACGCTCCATATACAAACAATACAGCCACGAAAGAGATGAGTCGTCAGACATTAAAAATGAAACTCATTAAATTGTCAGAGGTCTGTATTGAGTGTTAg < 2:4842873/150‑1 (MQ=255) aaTACCTGTAGAGTGCAATTCCATATCACGCGATAGATTCTATTCATATAAACGCTCCATATACAAACAATACAGCCACGAAAGAGATGAGTCGTCAGACATTAAAAATGAAACTTATTAAATTGTCAGAGGTCTGTATTGAGTGTTAGt > 1:2979369/1‑150 (MQ=255) aaTACCTGTAGAGTGCAATTCCATATCACGCGATAGATTCTATTCATATAAACGCTCCATATACAAACAATACAGCCACGAAAGAGATGAGTCGTCAGACATTAAAAATGAAACTCATTAAATTGTCAGAGGTCTGTATTGAGTGTTAGt < 1:794608/150‑1 (MQ=255) tACCTGTAGAGTGCAATTCCATATCACGCGATAGATTCTATTCATATAAACGCTCCATATACAAACAATACAGCCACGAAAGAGATGAGTCGTCAGACATTAAAAATGAAACTTATTAAATTGTCAGAGGTCTGTATTGAGTGTTAGTTg > 2:4174546/1‑150 (MQ=255) tACCTGTAGAGTGCAATTCCATATCACGCGATAGATTCTATTCATATAAACGCTCCATATACAAACAATACAGCCACGAAAGAGATGAGTCGTCAGACATTAAAAATGAAACTCATTAAATTGTCAGAGGTCTGTATTGAGTGTTAGTTg < 1:4537204/150‑1 (MQ=255) agTGCAATTCCATATCACGCGATAGATTCTATTCATATAAACGCTCCATATACAAACAATACAGCCACGAAAGAGATGAGTCGTCAGACATTAAAAATGAAACTTATTAAATTGTCAGAGGTCTGTATTGAGTGTTAGTTGGAGGTGGGa < 1:1236802/150‑1 (MQ=255) agTGCAATTCCATATCACGCGATAGATTCTATTCATATAAACGCTCCATATACAAACAATACAGCCACGAAAGAGATGAGTCGTCAGACATTAAAAATGAAACTTATTAAATTGTCAGAGGTCTGTATTGAGTGTTAGTTGGAGGTGGGa > 1:1479412/1‑150 (MQ=255) agTGCAATTCCATATCACGCGATAGATTCTATTCATATAAACGCTCCATATACAAACAATACAGCCACGAAAGAGATGAGTCGTCAGACATTAAAAATGAAACTCATTAAATTGTCAGAGGTCTGTATTGAGTGTTAGTTGGAGGTGGGa > 2:1264746/1‑150 (MQ=255) gTGCAATTCCATATCACGCGATAGGTTCTATTCATATAAACGCTCCATATACAAACAATACAGCCACGAAAGAGATGAGTCGTCAGACATTAAAAATGAAACTTATTAAATTGTCAGAGGTCTGTATTGAGTGTTAGTTGGAGGTGGGaa > 2:4176258/1‑150 (MQ=255) gCAATTCCATATCACGCGATAGATTCTATTCATATAAACGCTCCATATACAAACAATACAGCCACGAAAGAGATGAGTCGTCAGACATTAAAAATGAAACTTATTAAATTGTCAGAGGTCTGTATTGAGTGTTAGTTGGAGGTGGGAAgg < 2:876652/150‑1 (MQ=255) gCAATTCCATATCACGCGATAGATTCTATTCATATAAACGCTCCATATACAAACAATACAGCCACGAAAGAGATGAGTCGTCAGACATTAAAAATGAAACTCATTAAATTGTCAGAGGTCTGTATTGAGTGTTAGTTGGAGGTGGGAAgg < 1:472392/150‑1 (MQ=255) cAATTCCATATCACGCGATAGATTCTATTCATATAAACGCTCCATATACAAACAATACAGCCACGAAAGAGATGAGTCGTCAGACATTAAAAATGAAACTTATTAAATTGTCAGAGGTCTGTATTGAGTGTTAGTTGGAGGTGGGAAGgt < 1:3490280/150‑1 (MQ=255) aaTTCCATATCACGCGATAGATTCTATTCATATAAACGCTCCATCTACAAACAATCCAGCCACGAAAGAGATGAGTCGTCAGACATTAAAAATGAAACTTATTAAATTGTCAGAGGTCTGTATTGAGTGTTAGTTGGAGGTGGGAAGgtg < 2:359550/150‑1 (MQ=255) aaTTCCATATCACGCGATAGATTCTATTCATATAAACGCTCCATATACAAACAATACAGCCACGAAAGAGATGAGTCGTCAGACATTAAAAATGAAACTTATTAAATTGTCAGAGGTCTGTATTGAGTGTTAGTTGGAGGTGGGAAGgtg > 2:765305/1‑150 (MQ=255) tCCATATCACGCGATAGATTCTATTCATATAAACGCTCCATATACAAACAATACAGCCACGAAAGAGATGAGTCGTCAGACATTAAAAATGAAACTTATTAAATTGTCAGAGGTCTGTATTGAGTGTTAGTTGGAGGTGGGAAGGTGTCa < 1:475612/150‑1 (MQ=255) tCCATATCACGCGATAGATTCTATTCATATAAACGCTCCATATACAAACAATACAGCCACGAAAGAGATGAGTCGTCAGACATTAAAAATGAAACTCATTAAATTGTCAGAGGTCTGTATTGAGTGTTAGCTGGAGGTGGGAAGGTGTCa < 2:4603712/150‑1 (MQ=255) cATATCACGCGATAGATTCTATTCATATAAACGCTCCATATACAAACAATACAGCCACGAAAGAGATGAGTCGTCAGACATTAAAAATGAAACTCATTAAATTGTCAGAGGTCTGTATTGAGTGTTAGTTGGAGGTGGGACGGTGTCAAt > 1:4096621/1‑150 (MQ=255) tatCACGCGATAGATTCTATTCATATAAACGCTCCATATACAAACAATACAGCCACGAAAGAGATGAGTCGTCAGACATTAAAAATGAAACTTATTAAATTGTCAGAGGTCTGTATTGAGTGTTAGTTGGAGGTGGGAAGGTGTCAAttt < 1:496998/150‑1 (MQ=255) atCACGCGATAGATTCTATTCATATAAACGCTCCATATACAAACAATACAGCCACGAAAGAGATGAGTCGTCAGACATTAAAAATGAAACTTATTAAATTGTCAGAGGTCTGTATTGAGTGTTAGTTGGAGGTGGGAAGGTGTCAATTTg < 1:4206555/150‑1 (MQ=255) atCACGCGATAGATTCTATTCATATAAACGCTCCATATACAAACAATACAGCCACGAAAGAGATGAGTCGTCAGACATTAAAAATGAAACTTATTAAATTGTCAGAGGTCTGTATTGAGTGTTAGTTGGAGGTGGGAAGGTGTCAATTTg < 1:4206488/150‑1 (MQ=255) atCACGCGATAGATTCTATTCATATAAACGCTCCATATACAAACAATACAGCCACGAAAGAGATGAGTCGTCAGACATTAAAAATGAAACTTATTAAATTGTCAGAGGTCTGTATTGAGTGTTAGTTGGAGGTGGGAAGGTGTCAATTTg < 1:1041659/150‑1 (MQ=255) cACGCGATAGATTCTATTCATATAAACGCTCCATATACAAACAATACAGCCACGAAAGAGATGAGTCGTCAGACATTAAAAATGAAACTTATTAAATTGTCAGAGGTCTGTATTGAGTGTTAGTTGGAGGTGGGAAGGTGTCAATTTGGc > 1:4769880/1‑150 (MQ=255) cgcgATAGATTCTATTCATATAAACGCTCCATATACAAACAATACAGCCACGAAAGAGATGAGTCGTCAGACATTAAAAATGAAACTTATTAAATTGTCAGAGGTCTGTATTGAGTGTTAGTTGGAGGTGGGAAGGTGTCAATTTGGCTa < 2:3290101/150‑1 (MQ=255) gttAGATTCTATTCATATAAACGCTCCATATACAAACAATACAGCCACGAAAGAGATGAGTCTTCAGACATTAAAAATGAAACTGATTAATTTGTCAGAGGTCTGTATTGAGTGTTAGTTGGAGGTGGGAAGGTGTCAATTTGGCTAAtt < 1:1316496/148‑1 (MQ=255) gATAGATTCTATTCATATAAACGCTCCATATACAAACAATACAGCCACGAAAGAGATGAGTCGTCAGACATTAAAAATGAAACTTATTAAATTGTCAGAGGTCTGTATTGAGTGTTAGTTGGCGGTGGGAAGGTGTCAATTTGGCTAAtt > 2:4729297/1‑150 (MQ=255) gATAGATTCTATTCATATAAACGCTCCATATACAAACAATACAGCCACGAAAGAGATGAGTCGTCAGACATTAAAAATGAAACTTATTAAATTGTCAGAGGTCTGTATTGAGTGTTAGTTGGAGGTGGGAAGGTGTCAATTTGGCTAAtt > 2:2894153/1‑150 (MQ=255) gATAGATTCTATTCATATAAACGCTCCATATACAAACAATACAGCCACGAAAGAGATGAGTCGTCAGACATTAAAAATGAAACTCATTAAATTGTCAGAGGTCTGTATTGAGTGTTAGTTGGAGGTGGGAAGGTGTCAATTTGGCTAAtt < 2:3631768/150‑1 (MQ=255) aTAGATTCTATTCATATAAACGCTCCATATACAAACAATACAGCCACGAAAGAGATGAGTCGTCAGACATTAAAAATGAAACTTATTAAATTGTCAGAGGTCTGTATTGAGTGTTAGTTGGAGGTGGGAAGGTGTCAATTTGGCTAAttt < 1:866155/150‑1 (MQ=255) aTAGATTCTATTCATATAAACGCTCCATATACAAACAATACAGCCACGAAAGAGATGAGTCGTCAGACATTAAAAATGAAACTTATTAAATTGTCAGAGGTCTGTATTGAGTGTTAGTTGGAGGTGGGAAGGTGTCAATTTGGCTAAttt > 1:2870960/1‑150 (MQ=255) aGATTCTATTCATATAAACGCTCCATATACAAACAATACAGCCACGAAAGAGATGAGTCGTCAGACATTAAAAATGAAACTTATTAAATTGTCAGAGGTCTGTATTGAGTGTTAGTTGGAGGTGGGAAGGTGTCAATTTGGCTAATTTGc > 2:152790/1‑150 (MQ=255) aGATTCTATTCATATAAACGCTCCATATACAAACAATACAGCCACGAAAGAGATGAGTCGTCAGACATTAAAAATGAAACTTATTAAATTGTCAGAGGTCTGTATTGAGTGTTAGTTGGAGGTGGGAAGGTGTCAATTTGGCTAATTTGc > 2:660136/1‑150 (MQ=255) tCTATTCATATAAACGCTCCATATACAAACAATACAGCCACGAAAGAGATGAGTCGTCAGACATTAAAAATGAAACTTATTAAATTGTCAGAGGTCTGTATTGAGTGTTAGTTGGAGGTGGGAAGGTGTCAATTTGGCTAATTTGCTAAt < 2:4760894/150‑1 (MQ=255) cTATTCATATAAACGCTCCATATACAAACAATACAGCCACGAAAGAGATGAGTCGTCAGACATTAAAAATGAAACTTATTAAATTGTCAGAGGTCTGTATTGAGTGTTAGTTGGAGGTGGGAAGGTGTCAATTTGGCTAATTTGCTAATg < 2:101079/150‑1 (MQ=255) aTTCATATAAACGCTCCATATACAAACAATACAGCCACGAAAGAGATGAGTCGTCAGACATTAAAAATGAAACTTATTAAATTGTCAGAGGTCTGTATTGAGTGTTAGTTGGAGGTGGGAAGGTGTCAATTTGGCTAATTTGCTAATGCt > 2:356799/1‑150 (MQ=255) aTTCATATAAACGCTCCATATACAAACAATACAGCCACGAAAGAGATGAGTCGTCAGACATTAAAAATGAAACTTATTAAATTGTCAGAGGTCTGTATTGAGTGTTAGTTGGAGGTGGGAAGGTGTCAATTTGGCTAATTTGCTAATGCt < 1:2070792/150‑1 (MQ=255) ttCATATAAACGCTCCATATACAAACAATACAGCCACGAAAGAGATGAGTCGTCAGACATTAAAAATGAAACTCATTAAATTGTCAGAGGTCTGTATTGAGTGTTAGTTGGAGGTGGGAAGGTGTCAATTTGGCTAATTTGCTAATGCtt < 1:524009/150‑1 (MQ=255) taAACGCTCCATATACAAACAATACAGCCACGAAAGAGATGAGTCGTCAGACATTAAAAATGAAACTTATTAAATTGTCAGAGGTCTGTATTGAGTGTTAGTTGGAGGTGGGAAGGTGTCAATTTGGCTAATTTGCTAATGCTTTCGAAt < 2:2138370/150‑1 (MQ=255) taAACGCTCCATATACAAACAATACAGCCACGAAAGAGATGAGTCGTCAGACATTAAAAATGAAACTTATTAAATTGTCAGAGGTCTGTATTGAGTGTTAGTTGGAGGTGGGAAGGTGTCAATTTGGCTAATTTGCTAATGCTTTCGAAt < 2:2138415/150‑1 (MQ=255) aaaCGCTCCATATACAAACAATACAGCCACGAAAGAGATGAGTCGTCAGACATTAAAAATGAAACTTATTAAATTGTCAGAGGTCTGTATTGAGTGTTAGTTGGAGGTGGGAAGGTGTCAATTTGGCTAATTTGCTAATGCTTTCGAAtt < 2:2533385/150‑1 (MQ=255) cGCTCCATATACAAACAATACAGCCACGAAAGAGATGAGTCGTCAGACATTAAAAATGAAACTTATTAAATTGTCAGAGGTCTGTATTGAGTGTTAGTTGGAGGTGGGAAGGTGTCAATTTGGCTAATTTGCTAATGCTTTCGAATTGAt > 2:2985204/1‑150 (MQ=255) gCTCCATATACAAACAATACAGCCACGAAAGAGATGAGTCGTCAGACATTAAAAATGAAACTTATTAAATTGTCAGAGGTCTGTATTGAGTGTTAGTTGGAGGTGGGAAGGTGTCAATTTGGCTAATTTGCTAATGCTTTCGAATTGATa < 1:4174548/150‑1 (MQ=255) tCCATATACAAACAATACAGCCACGAAAGAGATGAGTCGTCAGACATTAAAAATGAAACTTATTAAATTGTCAGAGGTCTGTATTGAGTGTTAGTTGGAGGTGGGAAGGTGTCAATTTGGCTAATTTGCTAATGCTTTCGAATTGATAGa < 1:3620772/150‑1 (MQ=255) atatACAAACAATACAGCCACGAAAGAGATGAGTCGTCAGACATTAAAAATGAAACTTATTAAATTGTCAGAGGTCTGTATTGAGTGTTAGTTGGAGGTGGGAAGGTGTCAATTTGGCTAATTTGCTAATGCTTTCGAATTGATAGATTa > 2:4473952/1‑150 (MQ=255) atatACAAACAATACAGCCACGAAAGAGATGAGTCGTCAGACATTAAAAATGAAACTTATTAAATTGTCAGAGGTCTGTATTGAGTGTTAGTTGGAGGTGGGAAGGTGTCAATTTGGCTAATTTGCTAATGCTTTCGAATTGATAGATTa < 2:3347501/150‑1 (MQ=255) atatACAAACAATACAGCCACGAAAGAGATGAGTCGTCAGACATTAAAAATGAAACTTATTAAATTGTCAGAGGTCTGTATTGAGTGTTAGTTGGAGGTGGGAAGGTGTCAATTTGGCTAATTTGCTAATGCTTTCGAATTGATAGATTa > 2:4474108/1‑150 (MQ=255) acaaacaaTACAGCCACGAAAGAGATGAGTCGTCAGACATTAAAAATGAAACTCATTAAATTGTCAGAGGTCTGTATTGAGTGTTAGTTGGAGGTGGGAAGGTGTCAATTTGGCTAATTTGCTAATGCTTTCGAATTGATAGATTaaaaa < 1:4477956/150‑1 (MQ=255) aaacaaTACAGCCACGAAAGAGATGAGTCGTCAGACATTAAAAATGAAACTTATTAAATTGTCAGAGGTCTGTATTGAGTGTTAGTTGGAGGTGGGAAGGTGTCAATTTGGCTAATTTGCTAATGCTTTCGAATTGATAGATTAAAAAtt < 1:3277705/150‑1 (MQ=255) aaacaaTACAGCCACGAAAGAGATGAGTCGTCAGACATTAAAAATGAAACTCATTAAATTGTCAGAGGTCTGTATTGAGTGTTAGTTGGAGGTGGGAAGGTGTCAATTTGGCTAATTTGCTAATGCTTTCGAATTGATAGATTAAAAAtt > 1:212068/1‑150 (MQ=255) aacacTACAGCCACGAAAGAGATGAGTCGTCAGACATTAAAAATGAAACTTATTAAATTGTCAGAGGTCTGTATTGAGTGTTAGTTGGAGGTGGGAAGGTGTCAATTTGGCTAATTTGCTAATGCTTTCGAATTGATAGATTAAAAATTg < 2:3028440/150‑1 (MQ=255) aacaaTACAGCCACGAAAGAGATGAGTCGTCAGACATTAAAAATGAAACTCATTAAATTGTCAGAGGTCTGTATTGAGTGTTAGTTGGAGGTGGGAAGGTGTCAATTTGGCTAATTTGCTAATGCTTTCGAATTGATAGATTAAAAATTg < 1:3363528/150‑1 (MQ=255) caaTACAGCCACGAAAGAGATGAGTCGTCAGACATTAAAAATGAAACTTATTAAATTGTCAGAGGTCTGTATTGAGTGTTAGTTGGAGGTGGGAAGGTGTCAATTTGGCTAATTTGCTAATGCTTTCGAATTGATAGATTAGAAATTGCa > 1:4085670/1‑150 (MQ=255) aaTACAGCCACGAAAGAGATGAGTCGTCAGACATTAAAAATGAAACTTATTAAATTGTCAGAGGTCTGTATTGAGTGTTAGTTGGAGGTGGGAAGGTGTCAATTTGGCTAATTTGCTAATGCTTTCGAATTGATAGATTAAAAATTGCAt > 1:1761323/1‑150 (MQ=255) aaTACAGCCACGAAAGAGATGAGTCGTCAGACATTAAAAATGAAACTTATTAAATTGTCAGAGGTCTGTATTGAGTGTTAGTTGGAGGTGGGAAGGTGTCAATTTGGCTAATTTGCTAATGCTTTCGAATTGATAGATTAAAAATTGCAt < 1:1589044/150‑1 (MQ=255) aaTACAGCCACGAAAGAGATGAGTCGTCAGACATTAAAAATGAAACTCATTAAATTGTCAGAGGTCTGTATTGAGTGTTAGTTGGAGGTGGGAAGGTGTCAATTTGGCTAATTTGCTAATGCTTTCGAATTGATAGATTAAAAATTGCAt > 2:1589244/1‑150 (MQ=255) aTACAGCCACGAAAGAGATGAGTCGTCAGACATTAAAAATGAAACTCATTAAATTGTCAGAGGTCTGTATTGAGTGTTAGTTGGAGGTGGGAAGGTGTCAATTTGGCTAATTTGCTAATGCTTTCGAATTGATAGATTAAAAATTGCATa > 1:4414601/1‑150 (MQ=255) aCAGCCACGAAAGAGATGAGTCGTCAGACATTAAAAATGAAACTTATTAAATTGTCAGAGGTCTGTATTGAGTGTTAGTTGGAGGTGGGAAGGTGTCAATTTGGCTAATTTGCTAATGCTTTCGAATTGATAGATTAAAAATTGCATAGt < 2:2483364/150‑1 (MQ=255) gCCACGAAAGAGATGAGTCGTCAGACATTAAAAATGAAACTTATTAAATTGTCAGAGGTCTGTATTGAGTGTTAGTTGGAGGTGGGAAGGTGTCAATTTGGCTAATTTGCTAATGCTTTCGAATTGATAGATTAAAAATTGCATAGTTCt < 2:3524981/150‑1 (MQ=255) ccACGAAAGAGATGAGTCGTCAGACATTAAAAATGAAACTTATTAAATTGTCAGAGGTCTGTATTGAGTGTTAGTTGGAGGTGGGAAGGTGTCAATTTGGCTAATTTGCTAATGCTTTCGAATTGATAGATTTAAAATTGCATAGTTCtt < 2:3090454/150‑1 (MQ=255) aCGAAAGAGATGAGTCGTCAGACATTAAAAATGAAACTCATTAAATTGTCAGAGGTCTGTATTGAGTGTTAGTTGGAGGTGGGAAGGTGTCAATTTGGCTAATTTGCTAATGCTTTCGAATTGATAGATTAAAAATTGCATAGTTCttat < 2:2387255/150‑1 (MQ=255) gAAAGAGATGAGTCGTCAGACATTAAAAATGAAACTTATTAAATTGTCAGAGGTCTGTATTGAGTGTTAGTTGGAGGTGGGAAGGTGTCAATTTGGCTAATTTGCTAATGCTTTCGAATTGATAGATTTAAAATTGCATAGTTCttattt < 2:2480480/150‑1 (MQ=255) gAAAGAGATGAGTCGTCAGACATTAAAAATGAAACTCATTAAATTGTCAGAGGTCTGTATTGAGTGTTAGTTGGAGGTGGGAAGGTGTCAATTTGGCTAATTTGCTAATGCTTTCGAATTGATAGATTAAAAATTGCATAGTTCttattt > 2:3766534/1‑150 (MQ=255) agaTGAGTCGTCAGACATTAAAAATGAAACTTATTAAATTGTCAGAGGTCTGTATTGAGTGTTAGTTGGAGGTGGGAAGGTGTCAATTTGGCTAATTTGCTAATGCTTTCGAATTGATAGATTAAAAATTGCATAGTTCTtattttattt < 2:3992220/150‑1 (MQ=255) agaTGAGTCGTCAGACATTAAAAATGAAACTTATTAAATTGTCAGAGGTCTGTATTGAGTGTTAGTTGGAGGTGGGAAGGTGTCAATTTGGCTAATTTGCTAATGCTTTCGAATTGATAGATTAAAAATTGCATAGTTCTtattttattt < 1:152985/150‑1 (MQ=255) aTGAGTCGTCAGACATTAAAAATGAAACTCATTAAATTGTCAGAGGTCTGTATTGAGTGTTAGTTGGAGGTGGGAAGGTGTCAATTTGGCTAATTTGCTAATGCTTTCGAATTGATAGATTAAAAATTGCATAGTTCTTATTTTATTTaa > 2:4052944/1‑150 (MQ=255) gAGTCGTCAGACATTAAAAATGAAACTTATTAAATTGTCAGAGGTCTGTATTGAGTGTTAGTTGGAGGTGGGAAGGTGTCAATTTGGCTAATTTGCTAATGCTTTCGAATTGATAGATTAAAAATTGCATAGTTCTTATTTTATTTAAat > 2:3805752/1‑150 (MQ=255) tcgtcAGACATTAAAAATGAAACTTATTAAATTGTCAGAGGTCTGTATTGAGTGTTAGTTGGAGGTGGGAAGGTGTCAATTTGGCTAATTTGCTAATGCTTTCGAATTGATAGATTAAAAATTGCATAGTTCTTATTTTATTTAAATATg < 1:3655162/150‑1 (MQ=255) tcgtcAGACATTAAAAATGAAACTTATTAAATTGTCAGAGGTCTGTATTGAGTGTTAGTTGGAGGTGGGAAGGTGTCAATTTGGCTAATTTGCTAATGCTTTCGAATTGATAGATTAAAAATTGCATAGTTCTTATTTTATTTAAATATg < 1:3544240/150‑1 (MQ=255) gtcAGACATTAAAAATGAAACTTATTAAATTGTCAGAGGTCTGTATTGAGTGTTAGTTGGAGGTGGGAAGGTGTCAATTTGGCTAATTTGCTAATGCTTTCGAATTGATAGATTAAAAATTGCATAGTTCTTATTTTATTTAAATATGaa > 2:3152004/1‑150 (MQ=255) tAAAAATGAAACTCATTAAATTGTCAGAGGTCTGTATTGAGTGTTAGTTGGAGGTGGGAAGGTGTCAATTTGGCTAATTTGCTAATGCTTTCGAATTGATAGATTAAAAATTGCATAGTTCTTATTTTATTTAAATATGAACTATGAGtt > 2:1769482/1‑150 (MQ=255) aaaaaTGAAACTTATTAAATTGTCAGAGGTCTGTATTGAGTGTTAGTTGGAGGTGGGAAGGTGTCAATTTGGCTAATTTGCTAATGCTTTCGAATTGATAGATTAAAAATTGCATAGTTCTTATTTTATTTAAATATGAACTATGAGTTa > 2:2570554/1‑150 (MQ=255) aaTGAAACTTATTAAATTGTCAGAGGTCTGTATTGAGTGTTAGTTGGAGGTGGGAAGGTGTCAATTTGGCTAATTTGCTAATGCTTTCGAATTGATAGATTAAAAATTGCATAGTTCTTATTTTATTTAAATATGAACTATGAGTTAttg > 1:2364043/1‑150 (MQ=255) gAAACTCATTAAATTGTCAGAGGTCTGTATTGAGTGTTAGTTGGAGGTGGGAAGGTGTCAATTTGGCTAATTTGCTAATGCTTTCGAATTGATAGATTAAAAATTGCATAGTTCTTATTTTATTTAAATATGAACTATGAGTTAttgttg > 1:2183397/1‑150 (MQ=255) aaaCTCATTAAATTGTCAGAGGTCTGTATTGAGTGTTAGTTGGAGGTGGGAAGGTGTCAATTTGGCTAATTTGCTAATGCTTTCGAATTGATAGATTAAAAATTGCATAGTTCTTATTTTATTTAAATATGAACTATGAGTTATTGTTGc > 2:2231678/1‑150 (MQ=255) aaCTCATTAAATTGTCAGAGGTCTGTATTGAGTGTTAGTTGGAGGTGGGAAGGTGTCAATTTGGCTAATTTGCTAATGCTTTCGAATTGATAGATTAAAAATTGCATAGTTCTTATTTTATTTAAATATGAACTATGAGTTATTGTTGCt < 1:380275/150‑1 (MQ=255) aaCTCATTAAATTGTCAGAGGTCTGTATTGAGTGTTAGTTGGAGGTGGGAAGGTGTCAATTTGGCTAATTTGCTAATGCTTTCGAATTGATAGATTAAAAATTGCATAGTTCTTATTTTATTTAAATATGAACTATGAGTTATTGTTGCt < 1:818130/150‑1 (MQ=255) aCTTATTAAATTGTCAGAGGTCTGTATTGAGTGTTAGTTGGAGGTGGGAAGGTGTCAATTTGGCTAATTTGCTAATGCTTTCGAATTGATAGATTAAAAATTGCATAGTTCTTATTTTATTTAAATATGAACTATGAGTTATTGTTGCtt < 2:413165/150‑1 (MQ=255) | TGCCCTGCGAGTTAATTCCGAGCAGGCCTGAAATACCTGTAGAGTGCAATTCCATATCACGCGATAGATTCTATTCATATAAACGCTCCATATACAAACAATACAGCCACGAAAGAGATGAGTCGTCAGACATTAAAAATGAAACTTATTAAATTGTCAGAGGTCTGTATTGAGTGTTAGTTGGAGGTGGGAAGGTGTCAATTTGGCTAATTTGCTAATGCTTTCGAATTGATAGATTAAAAATTGCATAGTTCTTATTTTATTTAAATATGAACTATGAGTTATTGTTGCTTAAT > CP009273/1592266‑1592561 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |