| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 1,658,420 | C→A | 14.9% | S185R (AGC→AGA) | ynfH → | oxidoreductase, membrane subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP009273 | 1,658,420 | 0 | C | A | 14.9% | 887.6 / 105.9 | 279 | S185R (AGC→AGA) | ynfH | oxidoreductase, membrane subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (120/117); new base A (18/24); total (138/141) | |||||||||||
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| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 283 total aligned reads displayed.
TATCAAATCGACACCGTGCCAACCTGGCATAACGGTTACACTACGCTGGCTTTCTTCCTGACGGTATTGTTGAGCGGTCCAATACTTGCTGCCGCAATTCTGCGGGCAGCTCGCGTTACATTTAATACCACACCATTTGCCATCATTAGCGTTCTGGCGCTGATCGCTTGTGCCGGGGTGATTGTGCTGCAAGGTTTGTCTCTGGCGTCTATTCACTCATCCGTGCAACAAGCCAGCGCACTGGTACCAGATTACGCCTCCTTACAGGTCTGGCGTGTGGTATTGTTATGCGCAGGTCT > CP009273/1658271‑1658569 | aTCAAATCGACACCGTGCCAACCTGGCATAACGGTTACACTACGCTGGCTTTCTTCCTGACGGTATTGTTGAGCGGTCCAATACTTGCTGCCGCAATTCTGCGGGCAGCTCGCGTTACATTTAATACCACACCATTTGCCATCATTAGCg > 1:358287/1‑150 (MQ=255) tCAAATCGACACCGTGCCAACCTGGCATAACGGTTACACTACGCTGGCTTTCTTCCTGACGGTATTGTTGAGCTGTCAAATACTTGCTGCCGCAATTCTGCGGGCAGCTCGCGTTACATTTAATACCACACCAATTGCCATCATTAGAGt > 2:486306/1‑150 (MQ=255) tCAAATCGACACCGTGCCAACCTGGCATAACGGTTACACTACGCTGGCTTTCTTCCTGACGGTATTGTTGAGCGGTCCAATACTTGCTGCCGCAATTCTGCGGGCAGCTCGCGTTACATTTAATACCACACCATTTGCCATCATTAGCGt < 2:1450638/150‑1 (MQ=255) tCAAATCGACACCGTGCCAACCTGGCATAACGGTTACACTACGCTGGCTTTCTTCCTGACGGTATTGTTGAGCGGTCCAATACTTGCTGCCGCAATTCTGCGGGCAGCTCGCGTTACATTTAATACCACACCATTTGCCATCATTAGCGt > 2:3269029/1‑150 (MQ=255) cAAATCGACACCGTGCCAACCTGGCATAACGGTTACACTACGCTGGCTTTCTTCCTGACGGTATTGTTGAGCGGTCCAATACTTGCTGCCGCAATTCTGCGGGCAGCTCGCGTTACATTTAATACCACACCATTTGCCATCATTAGCGtt < 1:1107779/150‑1 (MQ=255) cAAATCGACACCGTGCCAACCTGGCATAACGGTTACACTACGCTGGCTTTCTTCCTGACGGTATTGTTGAGCGGTCCAATACTTGCTGCCGCAATTCTGCGGGCAGCTCGCGTTACATTTAATACCACACCATTTGCCATCATTAGCGtt > 1:1396738/1‑150 (MQ=255) aaaTCGACACCGTGCCAACCTGGCATAACGGTTACACTACGCTGGCTTTCTTCCTGACGGTATTGTTGAGCGGTCCAATACTTGCTGCCGCAATTCTGCGGGCAGCTCGCGTTACATTTAATACCACACCATTTGCCATCATTAGAGTTc > 1:3785839/1‑150 (MQ=255) aaaTCGACACCGTGCCAACCTGGCATAACGGTTACACTACGCTGGCTTTCTTCCTGACGGTATTGTTGAGCGGTCCAATACTTGCTGCCGCAATTCTGCGGGCAGCTCGCGTTACATTTAATACCACACCATTTGCCATCATTAGAGTTc > 1:3421872/1‑150 (MQ=255) 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gTGCCAACCTGGCATAACGGTTACACTACGCTGGCTTTCTTCCTGACGGTATTGTTGAGCGGTCCAATACTTGCTGCCGCAATTCTGCGGGCAGCTCGCGTTACATTTAATACCACACCATTTGCCATCATTAGAGTTCTGGCGCTGATc > 1:4297352/1‑150 (MQ=255) ccAACCTGGCATAACGGTTACACTACGCTGGCTTTCTTCCTGACGGTATTGTTGAGCGGTCCAATACTTGCTGCCGCAATTCTGCGGGCAGCTCGCGTTACATTTAATACCACACCATTTGCCATCATTAGCGTTCTGGCGCTGATCGCt < 2:1757599/150‑1 (MQ=255) aaCCTGGCATAACGGTTACACTACGCTGGCTTTCTTCCTGACGGTATTGTTGAGCGGTCCAATACTTGCTGCCGCAATTCTGCGGGCAGCTCGCGTTACATTTAATACCACACCATTTGCCATCATTAGCGTTCTGGCGCTGATCGCTtg > 1:687485/1‑150 (MQ=255) aCCTGGCATAACGGTTACACTACGCTGGCTTTCTTCCTGACGGTATTGTTGAGCGGTCCAATACTTGCTGCCGCAATTCTGCGGGCAGCTCGCGTTACATTTAATACCACACCATTTGCCATCATTAGCGTTCTGGCGCTGATCGCTtgt < 1:3317642/150‑1 (MQ=255) ccTGGCATAACGGTTACACTACGCTGGCTTTCTTCCTGACGGTATTGTTGAGCGGTCCAATACTTGCTGCCGCAATTCTGCGGGCAGCTCGCGTTACATTTAATACCACACCATTTGCCATCATTAGCGTTCTGGCGCTGATCGCTtgtg < 1:163628/150‑1 (MQ=255) 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aTTTGCCATCATTAGCGTTCTGGCGCTGATCGCTTGTGCCGGGGTGATTGTGCTGCAAGGTTTGTCTCTGGCGTCTATTCACTCATCCGTGCAACAAGCCAGCGCACTGGTACCAGATTACGCCTCCTTACAGGTCTGGCGTGTGGTAtt > 2:1007149/1‑150 (MQ=255) aTTTGCCATCATTAGAGTTCTGGCGCTGATCGCTTGTGCCGGGGTGATTGTGCTGCAAGGTTTGTCTCTGGCGTCTATTCACTCATCCGTGCAACAAGCCAGCGCACTGGTACCAGATTACGCCTCCTTACAGGTCTGGCGTGTGGTAtt < 1:1703078/150‑1 (MQ=255) ttGCCATCATTAGCGTTCTGGCGCTGATCGCTTGTGCCGGGGTGATTGTGCTGCAAGGTTTGTCTCTGGCGTCTATTCACTCATCCGTGCAACAAGCCAGCGCACTGGTACCAGATTACGCCTCCTTACAGGTCTGGCGTGTGGTATTGt < 1:4588731/150‑1 (MQ=255) tGCCATCATTAGCGTTCTGGCGCTGATCGCTTGTGCCGGGGTGATTGTGCTGCAAGGTTTGTCTCTGGCGTCTATTCACTCATCCGTGCAACAAGCCAGCGCACTGGTACCAGATTACGCCTCCTTACAGGTCTGGCGTGTGGTATTGtt > 1:2304995/1‑150 (MQ=255) ccATCATTAGCGTTCTGGCGCTGATCGCTTGTGCCGGGGTGATTGTGCTGCAAGGTTTGTCTCTGGCGTCTATTCACTCATCCGTGCAACAAGCCAGCGCACTGGTACCAGATTACGCCTCCTTACAGGTCTGGCGTGTGGTATTGTTAt < 1:4153496/150‑1 (MQ=255) ccATCATTAGCGTTCTGGCGCTGATCGCTTGTGCCGGGGGGATTGTGCTGCAAGGTTTGTCTCTGGCGTCTATTCACTCATCCGTGCAACAAGCCAGCGCACTGGTACCAGATTACGCCTCCTTACAGGTCTGGCGTGTGGTATTGTTAt > 1:3700153/1‑150 (MQ=255) catcatTAGCGTTCTGGCGCTGATCGCTTGTGCCGGGGTGATTGTGCTGCAAGGTTTGTCTCTGGCGTCTATTCACTCATCCGTGCAACAAGCCAGCGCACTGGTACCAGATTACGCCTCCTTACAGGTCTGGCGTGTGGTATTGTTATg < 2:1945282/150‑1 (MQ=255) atcatTAGCGTTCTGGCGCTGATCGCTTGTGCCGGGGTGATTGTGCTGCAAGGTTTGTCTCTGGCGTCTATTCACTCATCCGTGCAACAAGCCAGCGCACTGGTACCAGATTACGCCTCCTTACAGGTCTGGCGTGTGGTATTGTTATgc > 1:818259/1‑150 (MQ=255) tAGCGTTCTGGCGCTGATCGCTTGTGCCGGGGTGATTGTGCTGCAAGGTTTGTCTCTGGCGTCTATTCACTCATCCGTGCAACAAGCCAGCGCACTGGTACCAGATTACGCCTCCTTCCAGGTCTGGCGTGTGGTATTGTTATGCGCAgg > 2:1341315/1‑150 (MQ=255) tAGCGTTCTGGCGCTGATCGCTTGTGCCGGGGTGATTGTGCTGCAAGGTTTGTCTCTGGCGTCTATTCACTCATCCGTGCAACAAGCCAGCGCACTGGTACCAGATTACGCCTCCTTACAGGTCTGGCGTGTGGTATTGTTATGCGCAgg > 2:1284815/1‑150 (MQ=255) aGCGTTCTGGCGCTGATCGCTTGTGCCGGGGTGATTGTGCTGCAAGGTTTGTCTCTGGCGTCTATTCACTCATCCGTGCAACAAGCCAGCGCACTGGTACCAGATTACGCCTCCTTACAGGTCTGGCGTGTGGTATTGTTATGCGCAGGt < 1:1482302/150‑1 (MQ=255) cGTTCTGGCGCTGATCGCTTGTGCCGGGGTGATTGTGCTGCAAGGTTTGTCTCTGGCGTCTATTCACTCATCCGTGCAACAAGCCAGCGCACTGGTACCAGATTACGCCTCCTTACAGGTCTGGCGTGTGGTATTGTTATGCGCAGGTCt > 2:680127/1‑150 (MQ=255) | TATCAAATCGACACCGTGCCAACCTGGCATAACGGTTACACTACGCTGGCTTTCTTCCTGACGGTATTGTTGAGCGGTCCAATACTTGCTGCCGCAATTCTGCGGGCAGCTCGCGTTACATTTAATACCACACCATTTGCCATCATTAGCGTTCTGGCGCTGATCGCTTGTGCCGGGGTGATTGTGCTGCAAGGTTTGTCTCTGGCGTCTATTCACTCATCCGTGCAACAAGCCAGCGCACTGGTACCAGATTACGCCTCCTTACAGGTCTGGCGTGTGGTATTGTTATGCGCAGGTCT > CP009273/1658271‑1658569 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |