| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 1,693,517 | G→T | 20.7% | intergenic (‑80/‑95) | malI ← / → malX | transcriptional repressor of Mal regulon/fused maltose and glucose‑specific PTS enzymes: IIB component, IIC component |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 1,693,517 | 0 | G | T | 20.7% | 552.0 / 117.4 | 208 | intergenic (‑80/‑95) | malI/malX | transcriptional repressor of Mal regulon/fused maltose and glucose‑specific PTS enzymes: IIB component, IIC component |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (76/89); new base T (22/21); total (98/110) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.08e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.73e-01 | |||||||||||
Only 100 of 214 total aligned reads displayed.
AAACGGTACTTACCGACACGCCCGCAGCCAGCGCAACATCATGAATGGTTATTTTTTTGGCGGTAGCCATGCAGATGACCTACTCCCTGATTATGTGACAGATAAAACGTTTTACCTTTTATTTATCTTATACCCGCTATTATCGTTGCGTAATGTGATTTATGCCTCACTAAAATTTGATAAAACGTTTTATCTTCTCGCGCAATTTACTGAATCCAGATTGTTCTCTACGAGGAGTCGTTTTATGACGGCGAAAACAGCACCGAAAGTCACGCTGTGGGAGTTCTTCCAGCAGTTAG > CP009273/1693368‑1693666 | aaaCGGTACTTACCGACACGCCCGCAGCCAGCGCAACATCATGAATGGTTATTTTTTTGGCGGTAGCCATGCAGATGACCTACTCCCTGATTATGTGACAGATAAAACGTTTTACCTTTTATTTAGCTTATACCCGCTATTATCGTTGCg > 1:157654/1‑150 (MQ=255) aaCGGTACTTACCGACACGCCCGCAGCCAGCGCAACATCATGAATGGTTATTTTTTTGGCGGTAGCCATGCAGATGACCTACTCCCTGATTATGTGACAGATAAAACGTTTTACCTTTTATTTATCTTATACCCGCTATTATCGTTGCGt > 2:2646096/1‑150 (MQ=255) ggTACTTACCGACACGCCCGCAGCCAGCGCAACATCATGAATGGTTATTTTTTTGGCGGTAGCCATGCAGATGACCTACTCCCTGATTATGTGACAGATAAAACGTTTTACCTTTTATTTATCTTATACCCGCTATTATCGTTGCGTAAt < 2:2232074/150‑1 (MQ=255) 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ggCGGTAGCCATGCAGATGACCTACTCCCTGATTATGTGACAGATAAAACGTTTTACCTTTTATTTATCTTATACCCGCTATTATCGTTGCGTAATGTGATTTATGCCTCACTAAAATTTGATAAAACGTTTTATCTTCTCGCGCAAttt < 2:3588988/150‑1 (MQ=255) cGGTAGCCATGCAGATGACCTACTCCCTGATTATGTGACAGATAAAACGTTTTACCTTTTATTTATCTTATACCCGCTATTATCGTTGCGTAATGTGATTTATGCCTCACTAAAATTTGATAAAACGTTTTATCTTCTCGCGCAATTTAc < 2:1591221/150‑1 (MQ=255) cGGTAGCCATGCAGATGACCTACTCCCTGATTATGTGACAGATAAAACGTTTTACCTTTTATTTATCTTATACCCGCTATTATCGTTGCGTAATGTGATTTATGCCTCACTAAAATTTGATAAAACGTTTTATCTTCTCGCGCAATTTAc < 1:1158164/150‑1 (MQ=255) ggTAGCCATGCAGATGACCTACTCCCTGATTATGTGACAGATAAAACGTTTTACCTTTTATTTATCTTATACCCGCTATTATCGTTGCTTAATGTGATTTATGCCTCACTAAAATTTGATAAAACGTTTTATCTTCTCGCGCAATTTACt > 1:2051032/1‑150 (MQ=255) ggTAGCCATGCAGATGACCTACTCCCTGATTATGTGACAGATAAAACGTTTTACCTTTTATTTATCTTATACCCGCTATTATCGTTGCGTAATGTGATTTATGCCTCACTAAAATTTGATAAAACGTTTTATCTTCTCGCGCAATTTACt > 1:1476257/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |