| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 1,999,632 | G→T | 52.7% | intergenic (+73/‑5) | fliT → / → amyA | putative flagellar synthesis and assembly chaperone/cytoplasmic alpha‑amylase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 1,999,632 | 0 | G | T | 52.7% | 26.7 / inf | 258 | intergenic (+73/‑5) | fliT/amyA | putative flagellar synthesis and assembly chaperone/cytoplasmic alpha‑amylase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (56/66); new base T (78/58); total (134/124) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.06e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.15e-01 | |||||||||||
Only 100 of 263 total aligned reads displayed.
GGTGCAAAAATCGGTGTTAAGTGCCTATGGCGATCAGGGCGGCTTTGTGCTGGCTCCGCAGGATAACCTCTTTTGAATCTGAATGAGTCGATGGCTCGCGAATAATCCGATTACGGCTACGCTTCTAATGTTCCCCTTGAATGGAGTCGAAGAATGCGTAATCCCACGCTGTTACAATGTTTTCACTGGTATTACCCGGAAGGCGGTAAGCTCTGGCCTGAACTGGCCGAGCGCGCCGACGGTTTTAATGATATTGGTATCAATATGGTCTGGTTGCCGCCCGCCTATAAAGGCGCAT > CP009273/1999484‑1999781 | tGCAAAAATCGGTGTTAAGTGCCTATGGCGATCAGGGCGGCTTTGTGCTGGCTCCGCAGGATAACCTCTTTTGAATCTGAATGAGTCGATGGCTCGCGAATAATCCGATTACGGCTACGCTTCTAATGTTCCCCTTGAATGGAGTCtaag > 2:4557367/1‑150 (MQ=255) aaaaaTCGGTGTTAAGTGCCTATGGCGATCAGGGCGGCTTTGTGCTGGCTCCGCAGGATAACCTCTTTTGAATCTGAATGAGTCGATGGCTCGCGAATAATCCGATTACGGCTACGCTTCTAATGTTCCCCTTGAATGGAGTCGAAGAAt < 1:4531976/150‑1 (MQ=255) aaaaaTCGGTGTTAAGTGCCTATGGCGATCAGGGCGGCTTTGTGCTGGCTCCGCAGGATAACCTCTTTTGAATCTGAATGAGTCGATGGCGCGCGAATAATCCGATTACGGCTACGCTTCTAATGTTCCCCTTGAATGGAGTCTAAGAAt > 1:1253049/1‑150 (MQ=255) aaaaTCGGTGTTAAGTGCCTATGGCGATCAGGGCGGCTTTGTGCTGGCTCCGCAGGATAACCTCTTTTGAATCTGAATGAGTCGATGGCTCGCGAATAATCCGATTACGGCTACGCTTCTAATGTTCCCCTTGAATGGAGTCTAAGAATg < 2:1167244/150‑1 (MQ=255) cGGTGTTAAGTGCCTATGGCGATCAGGGCGGCTTTGTGCTGGCTCCGCAGGATAACCTCTTTTGAATCTGAATGAGTCGATGGCTCGCGAATAATCCGATTACGGCTACGCTTCTAATGTTCCCCTTGAATGGAGTCGAAGAATGCGTaa < 2:2457297/150‑1 (MQ=255) ggTGTTAAGTGCCTATGGCGATCAGGGCGGCTTTGTGCTGGCTCCGCAGGATAACCTCTTTTGAATCTGAATGAGTCGATGGCTCGCGAATAATCCGATTACGGCTACGCTTCTAATGTTCCCCTTGAATGGAGTCTAAGAATGCGTAAt < 2:1364842/150‑1 (MQ=255) gtgtTAAGTGCCTATGGCGATCAGGGCGGCTTTGTGCTGGCTCCGCAGGATAACCTCTTTTGAATCTGAATGAGTCGATGGCTCGCGAATAATCCGATTACGGCTACGCTTCTAATGTTCCCCTTGAATGGAGTCTAAGAATGCGTAATc < 2:2018222/150‑1 (MQ=255) tgtTAAGTGCCTATGGCGATCAGGGCGGCTTTGTGCTGGCTCCGCAGGATAACCTCTTTTGAATCTGAATGAGTCGATGGCTCGCGAATAATCCGATTACGGCTACGCTTCTAATGTTCCCCTTGAATGGAGTCGAAGAATGCGTAATcc > 2:4638708/1‑150 (MQ=255) ttAAGTGCCTATGGCGATCAGGGCGGCTTTGTGCTGGCTCCGCAGGATAACCTCTTTTGAATCTGAATGAGTCGATGGCTCGCGAATAATCCGATTACGGCTACGCTTCTAATGTTCCCCTTGAATGGAGTCGAAGAATGCGTAATCCCa > 2:1881610/1‑150 (MQ=255) tAAGTGCCTATGGCGATCAGGGCGGCTTTGTGCTGGCTCCGCAGGATAACCTCTTTTGAATCTGAATGAGTCGATGGCTCGCGAATAATCCGATTACGGCTACGCTTCTAATGTTCCCCTTGAATGGAGTCTAAGAATGCGTAATCCCAc > 2:1780697/1‑150 (MQ=255) tAAGTGCCTATGGCGATCAGGGCGGCTTTGTGCTGGCTCCGCACGATAAACTCTTTTGAATCTGAATGATTCGATGGCTAGCGAATAATCCGATTACGGCTACTCAACTAATGTTCCCCGTGAATGGAGTAGAAGAATGCGTAATCCCAc > 1:1262747/1‑150 (MQ=255) aGTGCCTATGGCGATCAGGGCGGCTTTGTGCTGGCTCCGCAGGATAACCTCTTTTGAATCTGAATGAGTCGATGGCTCGCGAATAATCCGATTACGGCTACGCTTCTAATGTTCCCCTTGAATGGAGTCTAAGAATGCGTAATCCCACGc > 1:2520216/1‑150 (MQ=255) gTGCCTATGGCGATCAGGGCGGCTTTGTGCTGGCTCCGCAGGATAACCTCTTTTGAATCTGAATGAGTCGATGGCTCGCGAATAATCCGATTACGGCTACGCTTCTAATGTTCCCCTTGAATGGAGTCGAAGAATGCGTAATCCCACGCt > 1:3793677/1‑150 (MQ=255) 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aTTACGGCTACGCTTCTAATGTTCCCCTTGAATGGAGTCGAAGAATGCGTAATCCCACGCTGTTACAATGTTTTCACTGGTATTACCCGGAAGGCGGTAAGCTCTGGCCTGAACTGGCCGAGCGCGCCGACGGTTTTAATGATATTGGTa > 1:902690/1‑150 (MQ=255) ttACGGCTACGCTTCTAATGTTCCCCTTGAATGGAGTCGAAGAATGCGTAATCCCACGCTGTTACAATGTTTTCACTGGTATTACCCGGAAGGCGGTAAGCTCTGGCCTGAACTGGCCGAGCGCGCCGACGGTTTTAATGATATTGGTAt > 2:2555605/1‑150 (MQ=255) cGGCTACGCTTCTAATGTTCCCCTTGAATGGAGTCTAAGAATGCGTAATCCCACGCTGTTACAATGTTTTCACTGGTATTACCCGGAAGGCGGTAAGCTCTGGCCTGAACTGGCCGAGCGCGCCGACGGTTTTAATGATATTGGTATCaa > 2:3893844/1‑150 (MQ=255) ggCTACGCTTCTAATGTTCCCCTTGAATGGAGTCTAAGAATGCGTAATCCCACGCTGTTACAATGTTTTCACTGGTATTACCCGGAAGGCGGTAAGCTCTGGCCTGAACTGGCCGAGCGCGCCGACGGTTTTAATGATATTGGTATCAat > 1:3892191/1‑150 (MQ=255) gCTACGCTTCTAATGTTCCCCTTGAATGGAGTCGAAGAATGCGTAATCCCACGCTGTTACAATGTTTTCACTGGTATTACCCGGAAGGCGGTAAGCTCTGGCCTGAACTGGCCGAGCGCGCCGACGGTTTTAATGATATTGGTATCAata > 1:3830063/1‑150 (MQ=255) cTACGCTTCTAATGTTCCCCTTGAATGGAGTCTAAGAATGCGTAATCCCACGCTGTTACAATGTTTTCACTGGTATTACCCGGAAGGCGGTAAGCTCTGGCCTGAACTGGCCGAGCGCGCCGACGGTTTTAATGATATTGGTATCAatat > 1:2289264/1‑150 (MQ=255) ttCTAATGTTCCCCTTGAATGGAGTCTAAGAATGCGTAATCCCACGCTGTTACAATGTTTTCACTGGTATTACCCGGAAGGCGGTAAGCTCTGGCCTGAACTGGCCGAGCGCGCCGACGGTTTTAATGATATTGGTATCAATATGGTCTg < 2:4577726/150‑1 (MQ=255) ttCGAATGTTCCCCTTGAATGGAGTCTAAGAATGCGTAATCCCACGCTGTTACAATGTTTTCACTGGTATTACCCGGAAGGCGGTAAGCTCTGGCCTGAACTGGCCGAGCGCGCCGACGGTTTTAATGATATTGGTATCAATATGGTCTg < 2:4718193/150‑1 (MQ=255) tCTAATGTTCCCCTTGAATGGAGTCTAAGAATGCGTAATCCCACGCTGTTACAATGTTTTCACTGGTATTACCCGGAAGGCGGTAAGCTCTGGCCTGAACTGGCCGAGCGCGCCGACGGTTTTAATGATATTGGTATCAATATGGTCTgg > 1:4430467/1‑150 (MQ=255) tCTAATGTTCCCCTTGAATGGAGTCTAAGAATGCGTAATCCCACGCTGTTACAATGTTTTCACTGGTATTACCCGGAAGGCGGTAAGCTCTGGCCTGAACTGGCCGAGCGCGCCGACGGTTTTAATGATATTGGTATCAATATGGTCTgg > 2:1669098/1‑150 (MQ=255) aTGTTCCCCTTGAATGGAGTCTAAGAATGCGTAATCCCACGCTGTTACAATGTTTTCACTGGTATTACCCGGAAGGCGGTAAGCTCTGGCCTGAACTGGCCGAGCGCGCCGACGGTTTTAATGATATTGGTATCAATATGGTCTGGTTgc > 2:812449/1‑150 (MQ=255) aTGTTCCCCTTGAATGGAGTCTAAGAATGCGTAATCCCACGCTGTTACAATGTTTTCACTGGTATTACCCGGAAGGCGGTAAGCTCTGGCCTGAACTGGCCGAGCGCGCCGACGGTTTTAATGATATTGGTATCAATATGGTCTGGTTgc > 2:1809106/1‑150 (MQ=255) tCCCCTTGAATGGAGTCTAAGAATGCGTAATCCCACGCTGTTACAATGTTTTCACTGGTATTACCCGGAAGGCGGTAAGCTCTGGCCTGAACTGGCCGAGCGCGCCGACGGTTTTAATGATATTGGTATCAATATGGTCTGGTTgccgcc > 2:1989922/1‑150 (MQ=255) ccccTTGAATGGAGTCGAAGAATGCGTAATCCCACGCTGTTACAATGTTTTCACTGGTATTACCCGGAAGGCGGTAAGCTCTGGCCTGAACTGGCCGAGCGCGCCGACGGTTTTAATGATATTGGTATCAATATGGTCTGGTTGccgccc > 1:2846540/1‑150 (MQ=255) ccTTGAATGGAGTCTAAGAATGCGTAATCCCACGCTGTTACAATGTTTTCACTGGTATTACCCGGAAGGCGGTAAGCTCTGGCCTGAACTGGCCGAGCGCGCCGACGGTTTTAATGATATTGGTATCAATATGGTCTGGTTGccgcccgc > 2:2802978/1‑150 (MQ=255) ttGAATGGAGTCTAAGAATGCGTAATCCCACGCTGTTACAATGTTTTCACTGGTATTACCCGGAAGGCGGTAAGCTCTGGCCTGAACTGGCCGAGCGCGCCGACGGTTTTAATGATATTGGTATCAATATGGTCTGGTTGCCGCCCGCCt > 2:1472310/1‑150 (MQ=255) tGAATGGAGTCTAAGAATGCGTAATCCCACGCTGTTACAATGTTTTCACTGGTATTACCCGGAAGGCGGTAAGCTCTGGCCTGAACTGGCCGAGCGCGCCGACGGTTTTAATGATATTGGTATCAATATGGTCTGGTTGCCGCCCGCCta < 1:549959/150‑1 (MQ=255) tGGAGTCTAAGAATGCGTAATCCCACGCTGTTACAATGTTTTCACTGGTATTACCCGGAAGGCGGTAAGCTCTGGCCTGAACTGGCCGAGCGCGCCGACGGTTTTAATGATATTGGTATCAATATGGTCTGGTTGCCGCCCGCCTATaaa > 1:1687627/1‑150 (MQ=255) tGGAGTCGAAGAATGCGTAATCCCACGCTGTTACAATGTTTTCACTGGTATTACCCGGAAGGCGGTAAGCTCTGGCCTGAACTGGCCGAGCGCGCCGACGGTTTTAATGATATTGGTATCAATATGGTCTGGTTGCCGCCCGCCTATaaa > 2:3352149/1‑150 (MQ=255) ggAGTCTAAGAATGCGTAATCCCACGCTGTTACAATGTTTTCACTGGTATTACCCGGAAGGCGGTAAGCTCTGGCCTGAACTGGCCGAGCGCGCCGACGGTTTTAATGATATTGGTATCAATATGGTCTGGTTGCCGCCCGCCTATAAAg > 1:4590181/1‑150 (MQ=255) aGTCTAAGAATGCGTAATCCCACGCTGTTACAATGTTTTCACTGGTATTACCCGGAAGGCGGTAAGCTCTGGCCTGAACTGGCCGAGCGCGCCGACGGTTTTAATGATATTGGTATCAATATGGTCTGGTTGCCGCCCGCCTATAAAGgc > 1:1240128/1‑150 (MQ=255) cGAAGAATGCGTAATCCCACGCTGTTACAATGTTTTCACTGGTATTACCCGGAAGGCGGTAAGCTCTGGCCTGAACTGGCCGAGCGCGCCGACGGTTTTAATGATATTGGTATCAATATGGTCTGGTTGCCGCCCGCCTATAAAGGCGCa < 2:407781/150‑1 (MQ=255) | GGTGCAAAAATCGGTGTTAAGTGCCTATGGCGATCAGGGCGGCTTTGTGCTGGCTCCGCAGGATAACCTCTTTTGAATCTGAATGAGTCGATGGCTCGCGAATAATCCGATTACGGCTACGCTTCTAATGTTCCCCTTGAATGGAGTCGAAGAATGCGTAATCCCACGCTGTTACAATGTTTTCACTGGTATTACCCGGAAGGCGGTAAGCTCTGGCCTGAACTGGCCGAGCGCGCCGACGGTTTTAATGATATTGGTATCAATATGGTCTGGTTGCCGCCCGCCTATAAAGGCGCAT > CP009273/1999484‑1999781 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |