| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 2,056,652 | C→A | 6.3% | E51D (GAG→GAT) | ldtA ← | L,D‑transpeptidase linking Lpp to murein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 2,056,652 | 0 | C | A | 6.3% | 888.2 / 26.6 | 254 | E51D (GAG→GAT) | ldtA | L,D‑transpeptidase linking Lpp to murein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (138/99); new base A (5/11); total (143/111) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.02e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.56e-01 | |||||||||||
Only 100 of 260 total aligned reads displayed.
TAACAACAATCCCTTTACGAACAGTGTCGGGCAAAATCAGTTGCTGCGGAATGGTGAGTTGCGAGCCAGACTTCGGCAAAAAAACATCAGCGCCCGGGTTCGCTTCCAGCATGTTACTTAACCCTTGCCCGTAT‑TGTGCGGCAAAAGTCTCCAGCGGCTGGGTATT‑GTGATCAGGAACAGTTACAGTAAACGACTGCCCCACTAAACGGCTACCCTCTGGAGGTAATGGATAAGTTACCGCCAGGCTAGTATGGCTGGCAAAAAGCAGAGCAAATGAGCAAAGAATATTTACACGAC > CP009273/2056504‑2056800 | aacaacAATCCCTTTACGAACAGTGTCGGGCAAAATCAGTTGCTGCGGAATGGTGAGTTGCGAGCCAGACTTCGGCAAAAAAACATCAGCGCCCGGGTTCGCTTCCAGCATGTTACTTAACCCTTGCCCGTAT‑TGTGCGGCAAAAGtctc < 2:1391512/150‑1 (MQ=255) caacaaTCCCTTTACGAACAGTGTCGGGCAAAATCTGTTGCTGCGGAATGGTGAGTTGCGAGCCAGACTTCGGCAAAAAAACATCAGCGCCCGGGGTCGCTTCCAGCATGTTACTTAACCCTTGCCCGTAT‑TGTGCGGCAAAAGTCTCCa < 2:1715990/150‑1 (MQ=255) accaaTCCGTTTACGAACTGTGTGGGGAAAACTCTGTGGCTGGGGTTTGGTGTGGGGCGCGCCTGAGTGGGGAAAAAAAACACCCGCGCCCGGGTTCGCTTCCAGCATGTTACTTAACCCTTGCCCGTAT‑TGTGCGGCAAAAGTCTCCAg < 1:3269507/148‑1 (MQ=255) acaaTCCCTTTACGAACAGTGTCGGGCAAAATCAGTTGCTGCGGAATGGTGAGTTGCGAGCCAGACTTCGGCAAAAAAACATCAGCGCCCGGGTTCGCTTCCAGCATGTTACTTAACCCTTGCCCGTAT‑TGTGCGGCAAAAGTCTCCAGc > 1:192630/1‑150 (MQ=255) ttACGAACAGTGTCGGGCAAAATCAGTTGCTGCGGAATGGTGAGTTGCGAGCCAGACTTCGGCAAAAAAACATCAGCGCCCGGGTTCGCTTCCAGCATGTTACTTAACCCTTGCCCGTAT‑TGTGCGGCAAAAGTCTCCAGCGGCTGGGTa > 1:2364318/1‑150 (MQ=255) ttACCAACAGTGTCGGGAAAAACCTGTTGCTGCGGATTGGTGAGTTGCGAGCCAGATTTCGGAAAAAAAACAACCGCGCCCGGGTTCGCTTCCAGCATGTTACTTAACCCTTGCCCGTAT‑TGTGCGGCAAAAGTCTCCAGCGGCTGGGTa < 2:4492787/150‑1 (MQ=255) tACGAACAGTGTCGGGCAAAATCAGTTGCTGCGGAATGGTGAGTTGCGAGCCAGACTTCGGCAAAAAAACATCAGCGCCCGGGTTCGCTTCCAGCATGTTACTTAACCCTTGCCCGTAT‑TGTGCGGCAAAAGTCTCCAGCGGCTGGGTAt > 1:2575471/1‑150 (MQ=255) aCGAACAGTGTCGGGCAAAATCAGTTGCTGCGGAATGGTGAGTTGCGAGCCAGACTTCGGCAAAAAAACATCAGCGCCCGGGTTCGCTTCCAGCATGTTACTTAACCCTTGCCCGTAT‑TGTGCGGCAAAAGTCTCCAGCGGCTGGGTAtt < 2:2367563/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |