Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 2,101,664 | C→A | 24.4% | Q49H (CAG→CAT) | glf ← | UDP‑galactopyranose mutase, FAD/NAD(P)‑binding |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 2,101,664 | 0 | C | A | 24.4% | 262.0 / 68.9 | 109 | Q49H (CAG→CAT) | glf | UDP‑galactopyranose mutase, FAD/NAD(P)‑binding |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (44/38); new base A (12/15); total (56/53) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.07e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 110 total aligned reads displayed.
ATATTAAAAGGAAGGTTGAATAATTTGTCTTTATAAATCGCCAGTGGAGAATTAGTAAAACGATTAAATTCTACTAAATCATTAACGTAATCCCATATATATTTATCATTGGTATGAAAAATATGTGCACCATATTTATGAATCTGGATACCCTCACAGTCCTCTGTGTACGCATTTCCACCGATATGATTTCTTTTCTCAATCACTAAAACTTTTTTGTTTAGCTTTTTTAACTCATTCGCACAAACGGCACCAAACAAACCAGAACCAACAATGATATAATCGTACATAAA > CP009273/2101521‑2101813 | atatTAAAAGGAAGGTTGAATAATTTGTCTTTATAAATCGCCAGTGGAGAATTAGTAAAACGATTAAATTCTACTAAATCATTAACGTAATCCCATATATATTTATCATTGGTATGAAAAATATGTGCACCATATTTATGAATCTGGATa < 2:3464753/150‑1 (MQ=255) atatTAAAAGGAAGGTTGAATAATTTGTCTTTATAAATCGCCAGTGGAGAATTAGTAAAACGATTAAATTCTACTAAATCATTAACGTAATCCCATATATATTTATCATTGGTATGAAAAATATGTGCACCATATTTATGAATCTGGATa < 2:3463353/150‑1 (MQ=255) ttAAAAGGAAGGTTGAATAATTTGTCTTTATAAATCGCCAGTGGAGAATTAGTAAAACGATTAAATTCTACTAAATCATTAACGTAATCCCATATATATTTATCATTGGTATGAAAAATATGTGCACCATATTTATGAATCTGGATAccc > 2:3211816/1‑150 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |