| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 2,260,734 | G→T | 21.6% | P337P (CCG→CCT) | yeiQ → | putative NAD‑dependent D‑mannonate oxidoreductase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 2,260,734 | 0 | G | T | 21.6% | 495.5 / 113.3 | 190 | P337P (CCG→CCT) | yeiQ | putative NAD‑dependent D‑mannonate oxidoreductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (66/83); new base T (18/23); total (84/106) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.74e-01 | |||||||||||
Only 100 of 192 total aligned reads displayed.
GAAGAGATGAAACTGCGGATGCTTAATGGCAGCCACTCTTTTCTCGCTTATCTGGGTTACCTCTCAGGATTCGCCCATATCAGTGATTGCATGCAGGATCGCGCATTTCGCCATGCCGCCAGAACATTAATGCTGGATGAGCAAGCGCCGACACTGCAAATTAAAGATGTCGATTTAACACAATATGCGGATAAGTTAATTGCACGTTTTGCTAATCCGGCGCTGAAACATAAGACCTGGCAAATCGCGATGGATGGCAGCCAGAAATTACCGCAACGCATGCTGGCAGGTATTCGCA > CP009273/2260585‑2260882 | gAAGAGATGAAACTGCGGATGCTTAATGGCAGCCACTCTTTTCTCGCTTATCTGGGTTACCTCTCAGGATTCGCCCATATCAGTGATTGCATGCAGGATCGCGCATTTCGCCATGCCGCCAGAACATTAATGCTGGATGAGCAAGCGCCg < 1:1268441/150‑1 (MQ=255)gAAGAGATGAAACTGCGGATGCTTAATGGCAGCCACTCTTTTCTCGCTTATCTGGGTTACCTCTCAGGATTCGCCCATATCAGTGATTGCATGCAGGATCGCGCATTTCGCCATGCCGCCAGAACATTAATGCTGGATGAGCAAGCGCCg < 1:1269967/150‑1 (MQ=255) tgagaTGAAACTGCGGATGCTTAATGGCAGCCACTCTTTTCTCGCTTATCTGGGTTACCTCTCAGGATTCGCCCATATCAGTGATTGCATGCAGGATCGCGCATTTCGCCATGCCGCCAGAACATTAATGCTGGATGAGCAAGCGCCGac > 2:261655/2‑150 (MQ=255) gagaTGAAACTGCGGATGCTTAATGGCAGCCACTCTTTTCTCGCTTATCTGGGTTACCTCTCAGGATTCGCCCATATCAGTGATTGCATGCAGGATCGCGCATTTCGCCATGCCGCCAGAACATTAATGCTGGATGAGCAAGCGCCTaca < 1:2053266/150‑1 (MQ=255) agaTGAAACTGTGGATGCTTAATGGCAGCCACTCTTTTCTCGCTTATCTGGGTTACCTCTCAGGATTCGCCCATATCAGTGATTGCATGCAGGATCGCGCATTTCGCCATGCCGCCAGAACATTAATGCTGGATGAGCAAGCGCCTacac > 2:1379661/1‑150 (MQ=255) gaTGAAACTGCGGATGCTTAATGGCAGCCACTCTTTTCTCGCTTATCTGGGTTACCTCTCAGGATTCGCCCATATCAGTGATTGCAGGCAGGATCGCGCATTTCGCCATGCCGCCAGAACATTAATGCTGGATGAGCAAGCGCCGACACt < 2:2555994/150‑1 (MQ=255) aTGAAACTGCGGATGCTTAATGGCAGCCACTCTTTTCTCGCTTATCTGGGTTACCTCTCAGGATTCGCCCATATCAGTGATTGCATGCAGGATCGCGCATTTCGCCATGCCGCCAGAACATTAATGCTGGATGAGCAAGCGCCGACACTg > 2:2774144/1‑150 (MQ=255) gAAACTGCGGATGCTTAATGGCAGCCACTCTTTTCTCGCTTATCTGGGTTACCTCTCAGGATTCGCCCATATCAGTGATTGCATGCAGGATCGCGCATTTCGCCATGCCGCCAGAACATTAATGCTGGATGAGCAAGCGCCGACACTGCa < 2:786478/150‑1 (MQ=255) 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tGGATGAGCAAGCGCCGACACTGCAAATTAAAGATGTCGATTTAACACAATATGCGGATAAGTTAATTGCACGTTTTGCTAATCCGGCGCTGAAACATAAGACCTGGCAAATCGCGATGGATGGCAGCCAGAAATTACCGCAACGCATGc > 1:2802507/1‑150 (MQ=255) ggATGAGCAAGCGCCGACACTGCAAATTAAAGATGTCGATTTAACACAATATGCGGATAAGTTAATTGCACGTTTTGCTAATCCGGCGCTGAAACATAAGACCTGGCAAATCGCGATGGATGGCAGCCAGAAATTACCGCAACGCATGCt < 2:2367915/150‑1 (MQ=255) aTGAGCAAGCGCCTACACTGCAACTTAAAGATGTCGATTTAACACAATATGCGGATAAGTTAATTGCACGTTTTGCTAATCCGGCGCTGAAACATAAGACCTGGCAAATCGCGATGGATGGCAGCCAGAAATTACCGCAACGCATGCTgg < 2:4143380/150‑1 (MQ=255) aTGAGCAAGCGCCGACACTGCAAATTAAAGATGTCGATTTAACACAATATGCGGATAAGTTAATTGCACGTTTTGCTAATCCGGCGCTGAAACATAAGACCTGGCAAATCGCGATGGATGGCAGCCAGAAATTACCGCAACGCATGCTgg > 1:1450147/1‑150 (MQ=255) aGCAAGCGCCTACACTGCAAATTAAAGATGTCGATTTAACACAATATGCGGATAAGTTAATTGCACGTTTTGCTAATCCGGCGCTGAAACATAAGACCTGGCAAATCGCGATGGATGGCAGCCAGAAATTACCGCAACGCATGCTGGCAg > 2:2924751/1‑150 (MQ=255) aaGCGCCGACACTGCAAATTAAAGATGTCGATTTAACACAATATGCGGATAAGTTAATTGCACGTTTTGCTAATCCGGCGCTGAAACATAAGACCTGGCAAATCGCGATGGATGGCAGCCAGAAATTACCGCAACGCATGCTGGCAGGTa < 2:3699958/150‑1 (MQ=255) aaGCGCCGACACTGCAAATTAAAGATGTCGATTTAACACAATATGCGGATAAGTTAATTGCACGTTTTGCTAATCCGGCGCTGAAACATAAGACCTGGCAAATCGCGATGGATGGCAGCCAGAAATTACCGCAACGCATGCTGGCAGGTa > 2:755089/1‑150 (MQ=255) aGCGCCGACACTGCAAATTAAAGATGTCGATTTAACACAATATGCGGATAAGTTAATTGCACGTTTTGCTAATCCGGCGCTGAAACATAAGACCTGGCAAATCGCGATGGATGGCAGCCAGAAATTACCGCAACGCATGCTGGCAGGTAt > 1:4395368/1‑150 (MQ=255) gcgcCTACACTGCAAATTAAAGATGTCGATTTAACACAATATGCGGATAAGTTAATTGCACGTTTTGCTAATCCGGCGCTGAAACATAAGACCTGGCAAATCGCGATGGATGGCAGCCAGAAATTACCGCAACGCATGCTGGCAGGTAtt > 1:912790/1‑150 (MQ=255) gcCGACACTGCAAATTAAAGATGTCGATTTAACACAATATGCGGATAAGTTAATTGCACGTTTTGCTAATCCGGCGCTGAAACATAAGACCTGGCAAATCGCGATGGATGGCAGCCAGAAATTACCGCAACGCATGCTGGCAGGTATTCg > 1:3170576/1‑150 (MQ=255) gcCGACACTGCAAATTAAAGATGTCGATTTAACACAATATGCGGATAAGTTAATTGCACGTTTTGCTAATCCGGCGCTGAAACATAAGACCTGGCAAATCGCGATGGATGGCAGCCAGAAATTACCGCAACGCATGCTGGCAGGTATTCg > 1:738435/1‑150 (MQ=255) cGACACTGCAAATTAAAGATGTCGATTTAACACAATATGCGGATAAGTTAATTGCACGTTTTGCTAATCCGGCGCTGAAACATAAGACCTGGCAAATCGCGATGGATGGCAGCCAGAAATTACCGCAACGCATGCTGGCAGGTATTCGCa > 1:1634193/1‑150 (MQ=255) | GAAGAGATGAAACTGCGGATGCTTAATGGCAGCCACTCTTTTCTCGCTTATCTGGGTTACCTCTCAGGATTCGCCCATATCAGTGATTGCATGCAGGATCGCGCATTTCGCCATGCCGCCAGAACATTAATGCTGGATGAGCAAGCGCCGACACTGCAAATTAAAGATGTCGATTTAACACAATATGCGGATAAGTTAATTGCACGTTTTGCTAATCCGGCGCTGAAACATAAGACCTGGCAAATCGCGATGGATGGCAGCCAGAAATTACCGCAACGCATGCTGGCAGGTATTCGCA > CP009273/2260585‑2260882 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |