| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 2,302,650 | C→A | 18.9% | M57I (ATG→ATT) | alkB ← | oxidative demethylase of N1‑methyladenine or N3‑methylcytosine DNA lesions |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 2,302,650 | 0 | C | A | 18.9% | 940.3 / 155.1 | 323 | M57I (ATG→ATT) | alkB | oxidative demethylase of N1‑methyladenine or N3‑methylcytosine DNA lesions |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (143/118); new base A (27/35); total (170/153) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.21e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 326 total aligned reads displayed.
GCCGCCGTAGCCGCACGTTGACATAAATTATGAAAACTCTGTGGCATGGCGGGCCACGGTTTATTTGTTTGCGGATCAATGGGCGAATAGAGATAACCTTGCCGATGGGTCGTCCAGCCCAGATGCCCACAGTTGGTCATCGCCACCGACATGGTATATCCCCCGGGGGTGACCATCTGGCGAAACGGCGACTGGCTGGCAACGTCATTAATATCGCGGATCAGTTGCTCCGCAGCGTTAAAAGCAAAACGCCGTAAAATTACCGCACCAGCCGCCAGTGGCTCTTGCCACGGTTCA > CP009273/2302501‑2302797 | gccgccgTAGCCGCACGTTGACATAAATTATGAAAACTCTGTGGCATGGCGGGCCACGGTTTATTTGTTTGCGGATCAATGGGCGAATAGAGATAACCTTGCCGATGGGTCGTCCAGCCCAGATGCCCACAGTTGGTCAACGCCACCGAc < 1:1446606/150‑1 (MQ=255)gccgccgTAGCCGCACGTTGACATAAATTATGAAAACTCTGTGGCATGGCGGGCCACGGTTTATTTGTTTGCGGATCAATGGGCGAATAGAGATAACCTTGCCGATGGGTCGTCCAGCCCAGATGCCCACAGTTGGTCAACGCCACCGAc < 1:1912291/150‑1 (MQ=255) cgccgTAGCCGCACGTTGACATAAATTATGAAAACTCTGTGGCATGGCGGGCCACGGTTTATTTGTTTGCGGATCAATGGGCGAATAGAGATAACCTTGCCGATGGGTCGTCCAGCCCAGATGCCCACAGTTGGTCATCGCCACCGACAt > 1:576711/1‑150 (MQ=255) 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cGCACGTTGACATAAATTATGAAAACTCTGTGGCATGGCGGGCCACGGTTTATTTGTTTGCGGATCAATGGGCGAATAGAGATAACCTTGCCGATGGGTCGTCCAGCCCAGATGCCCACAGTTGGTCATCGCCACCGAAATGGTATATcc < 1:1248223/150‑1 (MQ=255) cACGTTGACATAAATTATGAAAACTCTGTGGCATGGCGGGCCACGGTTTATTTGTTTGCGGATCAATGGGCGAATAGAGATAACCTTGCCGATGGGTCGTCCAGCCCAGATGCCCACAGTTGGTCATCGCCACCGACATGGTATATcccc < 1:3219941/150‑1 (MQ=255) cGTTGACATAAATTATGAAAACTCTGTGGCATGGCGGGCCACGGTTTATTTGTTTGCGGATCAATGGGCGAATAGAGATAACCTTGCCGATGGGTCGTCCAGCCCAGATGCCCACAGTTGGTCATCGCCACCGACATGGTATATCCCCCg < 1:3886354/150‑1 (MQ=255) gTTGACATAAATTATGAAAACTCTGTGGCATGGCGGGCCACGGTTTATTTGTTTGCGGATCAATGGGCGAATAGAGATAACCTTGCCGATGGGTCGTCCAGCCCAGATGCCCACAGTTGGTCATCGCCACCGACATGGTATATCCCCCgg < 1:976408/150‑1 (MQ=255) ttGACATAAATTATGAAAACTCTGTGGCATGGCGGGCCACGGTTTATTTGTTTGCGGATCAATGGGCGAATAGAGATAACCTTGCCGATGGGTCGTCCAGCCCAGATGCCCACAGTTGGTCATCGCCACCGACATGGTATATCCCCCggg < 1:1146778/150‑1 (MQ=255) 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aGTTGGTCATCGCCACCGAAATGGTATATCCCCCGGGGGTGACCATCTGGCGAAACGGCGACTGGCTGGCAACGTCATTAATATCGCGGATCAGTTGCTCCGCAGCGTTAAAAGCAACACGCCGTAAAATTACCGCACCAGCCGCCAGTg < 2:2615054/150‑1 (MQ=255) aGTTGGTCATCGCCACCGAAATGGTATATCCCCCGGGGGTGACCATCTGGCGAAACGGCGACTGGCTGGCAACGTCATTAATATCGCGGATCAGTTGCTCCGCAGCGTTAAAAGCAAAACGCCGTAAAATTACCGCACCAGCCGCCAGTg < 1:853216/150‑1 (MQ=255) aGTTGGTCATCGCCACCGAAATGGTATATCCCCCGGGGGTGACCATCTGGCGAAACGGCGACTGGCTGGCAACGTCATTAATATCGCGGATCAGTTGCTCCGCAGCGTTAAAAGCAAAACGCCGTAAAATTACCGCACCAGCCGCCAGTg < 1:2707881/150‑1 (MQ=255) gTTGGTCATCGCCACCGAAATGGTATATCCCCCGGGGGTGACCATCTGGCGAAACGGCGACTGGCTGGCAACGTCATTAATATCGCGGATCAGTTGCTCCGCAGCGTTAAAAGCAAAACGCCGTAAAATTACCGCACCAGCCGCCAGTgg < 1:2913235/150‑1 (MQ=255) gTTGGTCATCGCCACCGAAATGGTATATCCCCCGGGGGTGACCATCTGGCGAAACGGCGACTGGCTGGCAACGTCATTAATATCGCGGATCAGTTGCTCCGCAGCGTTAAAAGCAAAACGCCGTAAAATTACCGCACCAGCCGCCAGTgg < 2:1882800/150‑1 (MQ=255) 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cACCGAAATGGTATATCCCCCGGGGGTGACCATCTGGCGAAACGGCGACTGGCTGGCAACGTCATTAATATCGCGGATCAGTTGCTCCGCAGCGTTAAAAGCAAAACGCCGTAAAATTACCGCACCAGCCGCCAGTGGCTCTTGCCACgg < 1:713239/150‑1 (MQ=255) aCCGACATGGTATATCCCCCGGGGGTGACCATCTGGCGAAACGGCGACTGGCTGGCAACGTCATTAATATCGCGGATCAGTTGCTCCGCAGCGTTAAAAGCAAAACGCCGTAAAATTACCGCACCAGCCGCCAGTGGCTCTTGCCACGGt > 1:888681/1‑150 (MQ=255) | GCCGCCGTAGCCGCACGTTGACATAAATTATGAAAACTCTGTGGCATGGCGGGCCACGGTTTATTTGTTTGCGGATCAATGGGCGAATAGAGATAACCTTGCCGATGGGTCGTCCAGCCCAGATGCCCACAGTTGGTCATCGCCACCGACATGGTATATCCCCCGGGGGTGACCATCTGGCGAAACGGCGACTGGCTGGCAACGTCATTAATATCGCGGATCAGTTGCTCCGCAGCGTTAAAAGCAAAACGCCGTAAAATTACCGCACCAGCCGCCAGTGGCTCTTGCCACGGTTCA > CP009273/2302501‑2302797 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |