| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 2,381,131 | G→A | 12.9% | intergenic (+215/+58) | yfbM → / ← yfbN | DUF1877 family protein/uncharacterized protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 2,381,131 | 0 | G | A | 12.9% | 388.7 / 39.7 | 132 | intergenic (+215/+58) | yfbM/yfbN | DUF1877 family protein/uncharacterized protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (54/61); new base A (9/8); total (63/69) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.96e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
Only 100 of 133 total aligned reads displayed.
TCTTTAACCATGGTCCGGTTTTTATCCCCTTGTATAAATATTACTAAATGCTTGCTTAGTCGCATTGTTAAATGCAATACCGTATATTCGGTATGTAACAGCGATATCCTCTGTGCTGGCAACGATCTGTCATGCTTGATGAAAACGGAATTGAACCTGTCATTACCAGGTAGATAAAAAGCCTGTTCAATTTTGGGATTATTTTTTATAACTCGTGTCTGTTATGGCGACACGGGAAAACATCAATATTGTCCTTCACAAATTGCAGTAATATAGAATCAACCTCTCTTGCA > CP009273/2380984‑2381276 | tttAACCATGGTCCGGTTTTTATCCCCTTGTATAAATATTACTAAATGCTTGCTTAGTCGCATTGTTAAATGCAATACCGTATATTCGGTATGTAACAGCGATATCCTCTGTGCTGGCAACGATCTGTCATGCTTGATGAAAACGGAAtt < 2:2913317/150‑1 (MQ=255) tttAACCATGGTCCGGTTTTTATCCCCTTGTATAAATATTACTAAATGCTTGCTTAGTCGCATTGTTAAATGCAATACCGTATATTCGGTATGTAACAGCGATATCCTCTGTGCTGGCAACGATCTGTCATGCTTGATGAAAACGGAAtt < 2:2913887/150‑1 (MQ=255) tAACCATGGTCCGGTTTTTATCCCCTTGTATAAATATTACTAAATGCTTGCTTAGTCGCATTGTTAAATGCAATACCGTATATTCGGTATGTAACAGCGATATCCTCTGTGCTGGCAACGATCTGTCATGCTTGATGAAAACGGAATTGa < 2:1976221/150‑1 (MQ=255) 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gaAAACGAAATTGAACCTGTCATTACCAGGTAGATAAAAAGCCTGTTCAATTTTGGGATTATTTTTTATAACTCGTGTCTGTTATGGCGACACGGGAAAACATCAATATTGTCCTTCACAAATTGCAGTAATATAGAATCAACCTCTCtt > 1:4809342/1‑150 (MQ=255) aaCGGAATTGAACCTGTCATTACCAGGTAGATAAAAAGCCTGTTCAATTTTGGGATTATTTTTTATAACTCGTGTCTGTTATGGCGACACGGGAAAACATCAATATTGTCCTTCACAAATTGCAGTAATATAGAATCAACCTCTCTTGCa < 1:3111730/150‑1 (MQ=255) | TCTTTAACCATGGTCCGGTTTTTATCCCCTTGTATAAATATTACTAAATGCTTGCTTAGTCGCATTGTTAAATGCAATACCGTATATTCGGTATGTAACAGCGATATCCTCTGTGCTGGCAACGATCTGTCATGCTTGATGAAAACGGAATTGAACCTGTCATTACCAGGTAGATAAAAAGCCTGTTCAATTTTGGGATTATTTTTTATAACTCGTGTCTGTTATGGCGACACGGGAAAACATCAATATTGTCCTTCACAAATTGCAGTAATATAGAATCAACCTCTCTTGCA > CP009273/2380984‑2381276 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |