Predicted mutation | |||||||
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Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 2,398,704 | 0 | C | T | 16.9% | 429.7 / 72.2 | 166 | intergenic (‑153/+478) | nuoA/lrhA | NADH:ubiquinone oxidoreductase, membrane subunit A/transcriptional repressor of flagellar, motility and chemotaxis genes |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (56/82); new base T (16/12); total (72/94) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.43e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.83e-01 |
Only 100 of 169 total aligned reads displayed.
TTACTCATCAAAAGTAGCGCCAGATTCACTGCTCTTCACGGCAGATGGACGCCACATCGATTCATGGGGAGGAAT‑AAAAAAAACCTTACAATCACTGTAGAAATTCTTTTATACAGCTAATTGATGTGGTTTTTTACTCCTTTCTATAACCTTTTGTCAACTTTAACAAAAGTTTCTTCACATTAGTTTACATAATATCAACACCATTAGCATTTAATGCCCTTTCACCCCAGATCCTTGACGACTCCAGGATAATTAGATGTTGTTGAATCGTGTCCGTTGTGAAGCAATGGAA > CP009273/2398555‑2398849 | ttACTCATCAAAAGTAGCGCCAGATTCACTGCTCTTCACGGCAGATGGACGCCACATCGATTCATGGGGAGGAAT‑AAAAAAAACCTTACAATCACTGTAGAAATTCTTTTATACAGCTAATTGATGTGGTTTTTTACTCCTTTCTATAAc < 2:1421924/150‑1 (MQ=255) ttACTCATCAAAAGTAGCGCCAGATTCACTGCTCTTCACGGCAGATGGACGCCACATCGATTCATGGGGAGGAAT‑AAAAAAAACCTTACAATCACTGTAGAAATTCTTTTATACAGCTAATTGATGTGGTTTTTTACTCCTTTCTATAAc < 2:3663427/150‑1 (MQ=255) aCTCATCAAAAGTAGCGCCAGATTCACTGCTCTTCACGGCAGATGGACGCCACATCGATTCATGGGGAGGAAT‑AAAAAAAACCTTACAATCACTGTAGAAATTCTTTTATACAGCTAATTGATGTGGTTTTTTACTCCTTTCTATAACCt < 2:1956379/150‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |