| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 2,429,812 | A→T | 20.7% | V106E (GTA→GAA) | usg ← | putative semialdehyde dehydrogenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | CP009273 | 2,429,812 | 0 | A | T | 20.7% | 801.4 / 203.1 | 323 | V106E (GTA→GAA) | usg | putative semialdehyde dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (132/124); new base T (38/29); total (170/153) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.93e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 326 total aligned reads displayed.
TAACGCTGATACGTGATAAACCGCCCTGATCGATTAACGGTTTCAGTGCCGCCAGCAGCTGGCTGGTCAGACTGTCTGGTACGGCGATGACATTCCGGTTCCGGTAATCTGTCAGTACAAACGGGTTTACTTCCGGCACCACCAGCGGTACGTCGGGTTCGAGAGCAAACAATCCACTGCTGTCGATCACCAGGCAACCTGAGTTGGTCGCTTCTTCAACCCAGGCAGCGGTAGCTTCTTTGCCTGCGACAAAAAATGCCAGCTGCGCCTGCGTCCAGTCGAATTCAGCGGCATCCTGC > CP009273/2429663‑2429961 | aaCGCTGATACGTGATAAACCGCCCTGATCGATTAACGGTTTCAGTGCCGCCAGCAGCTGGCTGGTCAGACTGTCTGGTACGGCGATGACATTCCGGTTCCGGTAATCTGTCAGTACAAACGGGTTTACTTCCGGCACCACCAGCGGTAc > 1:1568339/1‑150 (MQ=255) aaCGCTGATACGTGATAAACCGCCCTGATCGATTAACGGTTTCAGTGCCGCCAGCAGCTGGCTGGTCAGACTGTCTGGTACGGCGATGACATTCCGGTTCCGGTAATCTGTCAGTACAAACGGGTTTACTTCCGGCACCACCAGCGGTAc < 1:4361881/150‑1 (MQ=255) cTGATACGTGATAAACCGCCCTGATCGATTAACGGTTTCAGTGCCGCCAGCAGCTGGCTGGTCAGACTGTCTGGTACGGCGATGACATTCCGGTTCCGGTAATCTGTCAGTACAAACGGGTTTACTTCCGGCACCACCAGCGGTACGTCg > 2:4055575/1‑150 (MQ=255) 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ttACTTCCGGCACCACCAGCGGTACGTCGGGTTCGAGAGCAAACAATCCACTGCTGTCGATCACCAGGCAACCTGAGTTGGTCGCTTCTTCAACCCAGGCAGCGGTAGCTTCTTTGCCTGCGACAAAAAATGCCAGCTGCGCCTGCGTcc > 2:3326485/1‑150 (MQ=255) tACTTCCTGCACCACCAGCGGTACGTCGGGTTCGAGAGCAAACAATCCACTGCTGTCGATCACCAGGCAACCTGAGTTGGTCGCTTCTTCAACCCAGGCAGCGGTAGCTTCTTTGCCTGCGACAAAAAATGCCAGCTGCGCCTGCGTCCa < 2:4003381/150‑1 (MQ=255) tACTTCCGGCACCACCAGCGGTACGTCGGGTTCGAGAGCAAACAATCCACTGCTGTCGATCACCAGGCAACCTGAGTTGGTCGCTTCTTCAACCCAGGCAGCGGTAGCTTCTTTGCCTGCGACAAAAAATGCCAGCTGCGCCTGCGTCCa < 2:2107615/150‑1 (MQ=255) aCTTCCGGCACCACCAGCGGTTCGTCGGGTTCGAGAGCAAACAATCCACTGCTGTCGATCACCAGGCAACCTGAGTTGGTCGCTTCTTCAACCCAGGCAGCGGTAGCTTCTTTGCCTGCGACAAAAAATGCCAGCTGCGCCTGCGTCCAg > 2:789746/1‑150 (MQ=255) aCTTCCGGCACCACCAGCGGTACGTCGGGTTCGAGAGCAAACAATCCACTGCTGTCGATCACCAGGCAACCTGAGTTGGTCGCTTCTTCAACCCAGGCAGCGGTAGCTTCTTTGCCTGCGACAAAAAATGCCAGCTGCGCCTGCGTCCAg > 2:353454/1‑150 (MQ=255) tCCGGCACCACCAGCGGTTCGTCGGGTTCGAGAGCAAACAATCCACTGCTGTCGATCACCAGGCAACCTGAGTTGGTCGCTTCTTCAACCCAGGCAGCGGTAGCTTCTTTGCCTGCGACAAAAAATGCCAGCTGCGCCTGCGTCCAGTCg > 1:2297149/1‑150 (MQ=255) cGGCACCACCAGCGGTACGTCGGGTTCGAGAGCAAACAATCCACTGCTGTCGATCACCAGGCAACCTGAGTTGGTCGCTTCTTCAACCCAGGCAGCGGTAGCTTCTTTGCCTGCGACAAAAAATGCCAGCTGCGCCTGCGTCCAGTCGaa > 1:2511058/1‑150 (MQ=255) cGGCACCACCAGCGGTACGTCGGGTTCGAGAGCAAACAATCCACTGCTGTCGATCACCAGGCAACCTGAGTTGGTCGCTTCTTCAACCCAGGCAGCGGTAGCTTCTTTGCCTGCGACAAAAAATGCCAGCTGCGCCTGCGTCCAGTCGaa > 2:881825/1‑150 (MQ=255) ggCACCACCAGCGGTTCGTCGGGTTCGAGAGCAAACAATCCACTGCTGTCGATCACCAGGCAACCTGAGTTGGTCGCTTCTTCAACCCAGGCAGCGGTAGCTTCTTTGCCTGCGACAAAAAATGCCAGCTGCGCCTGCGTCCAGTCGAAt < 2:3904927/150‑1 (MQ=255) ggCACCACCAGCGGTACGTCGGGTTCGAGAGCAAACAATCCACTGCTGTCGATCACCAGGCAACCTGAGTTGGTCGCTTCTTCAACCCAGGCAGCGGTAGCTTCTTTGCCTGCGACAAAAAATGCCAGCTGCGCCTGCGTCCAGTCGAAt > 2:4273222/1‑150 (MQ=255) 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accaGCGGTACGTCGGGTTCGAGAGCAAACAATCCACTGCTGTCGATCACCAGGCAACCTGAGTTGGTCGCTTCTTCAACCCAGGCAGCGGTAGCTTCTTTGCCTGCGACAAAAAATGCCAGCTGCGCCTGCGTCCAGTCGAATTCAGCg < 2:4131472/150‑1 (MQ=255) ccaGCGGTACGTCGGGTTCGAGAGCAAACAATCCACTGCTGTCGATCACCAGGCAACCTGAGTTGGTCGCTTCTTCAACCCAGGCAGCGGTAGCTTCTTTGCCTGCGACAAAAAATGCCAGCTGCGCCTGCGTCCAGTCGAATTCAGCgg < 2:2930561/150‑1 (MQ=255) aGCGGTTCGTCGGGTTCGAGAGCAAACAATCCACTGCTGTCGATCACCAGGCAACCTGAGTTGGTCGCTTCTTCAACCCAGGCAGCGGTAGCTTCTTTGCCTGCGACAAAAAATGCCAGCTGCGCCTGCGTCCAGTCGAATTCAGCGGCa > 1:4018459/1‑150 (MQ=255) aGCGGTACGTCGGGTTCGAGAGCAAACAATCCACTGCTGTCGATCACCAGGCAACCTGAGTTGGTCGCTTCTTCAACCCAGGCAGCGGTAGCTTCTTTGCCTGCGACAAAAAATGCCAGCTGCGCCTGCGTCCAGTCGAATTCAGCGGCa > 1:863415/1‑150 (MQ=255) gTACGTCGGGTTCGAGAGCAAACAATCCACTGCTGTCGATCACCAGGCAACCTGAGTTGGTCGCTTCTTCAACCCAGGCAGCGGTAGCTTCTTTGCCTGCGACAAAAAATGCCAGCTGCGCCTGCGTCCAGTCGAATTCAGCGGCATCCt < 2:2819477/150‑1 (MQ=255) tACGTCGGGTTCGAGAGCAAACAATCCACTGCTGTCGATCACCAGGCAACCTGAGTTGGTCGCTTCTTCAACCCAGGCAGCGGTAGCTTCTTTGCCTGCGACAAAAAATGCCAGCTGCGCCCGCGTCCAGTCGAATTCAGCGGCATCCTg > 2:2150330/1‑150 (MQ=255) aCGTCGGGTTCGAGAGCAAACAATCCACTGCTGTCGATCACCAGGCAACCTGAGTTGGTCGCTTCTTCAACCCAGGCAGCGGTAGCTTCTTTGCCTGCGACAAAAAATGCCAGCTGCGCCTGCGTCCAGTCGAATTCAGCGGCATCCTGc < 2:3731918/150‑1 (MQ=255) | TAACGCTGATACGTGATAAACCGCCCTGATCGATTAACGGTTTCAGTGCCGCCAGCAGCTGGCTGGTCAGACTGTCTGGTACGGCGATGACATTCCGGTTCCGGTAATCTGTCAGTACAAACGGGTTTACTTCCGGCACCACCAGCGGTACGTCGGGTTCGAGAGCAAACAATCCACTGCTGTCGATCACCAGGCAACCTGAGTTGGTCGCTTCTTCAACCCAGGCAGCGGTAGCTTCTTTGCCTGCGACAAAAAATGCCAGCTGCGCCTGCGTCCAGTCGAATTCAGCGGCATCCTGC > CP009273/2429663‑2429961 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |