| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 186,279 | A→T | 39.2% | noncoding (81/136 nt) | tff → | novel sRNA, function unknown |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP009273 | 186,279 | 0 | A | T | 39.2% | 247.6 / inf | 268 | noncoding (81/136 nt) | tff | novel sRNA, function unknown |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (74/89); new base T (35/70); total (109/159) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.65e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.26e-01 | |||||||||||
Only 100 of 272 total aligned reads displayed.
GACGTCTGATGCTGTACACAGCGCCAACAATTATTGGTGTCCACGACGTATTTGTGGTATAAAGCGCGCCGGACTTCCGATCCATTTCGTATACACAGACTGGACGGAAGCGACAATCTCACTTTGTGTAACAACACACACGTATCGGCACATATTCCGGGGTGCCCTTTGGGGTCGGTAATATGGGATACGTGGAGGCATAACCCCAACTTTTATATAGAGGTTTTAATCATGGCAACTGTTTCCATGCGCGACATGCTCAAGGCTGGTGTTCACTTCGGTCACCAGACCCGTTACT > CP009273/186130‑186427 | gACGTCTGATGCTGTACACAGCGCCAACAATTATTGGTGTCCACGACGTATTTGTGGTATAAAGCGCGCCGGACTTCCGATCCATTTCGTATACACAGACTGGACGGAAGCGACAATCTCACTTTGTGTAACAACACACACGTATCGGca > 1:4700761/1‑150 (MQ=255) tCTGATGCTGTACACAGCGCCAACAATTATTGGTGTCCACGACGTATTTGTGGTATAAAGCGCGCCGGACTTCCGATCCATTTCGTATACACAGACTGGACGGAAGCGACAATCTCACTTTGTGTAACAACACACACGTATCGGCACata < 1:2781475/150‑1 (MQ=255) cTGATGCTGTACACAGCGCCAACAATTATTGGTGTCCACGACGTATTTGTGGTATAAAGCGCGCCGGACTTCCGATCCATTTCGTATACACAGACTGGACGGAAGCGACAATCTCACTTTGTGTAACAACACACACGTATCGGCTCatat > 2:2250626/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |