| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 2,447,977 | G→T | 24.7% | pseudogene (504/2646 nt) | yfcU ← | pseudogene, FimD fimbrial export usher family;putative membrane; Not classified; putative outer membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP009273 | 2,447,977 | 0 | G | T | 24.7% | 664.4 / 191.4 | 277 | pseudogene (504/2646 nt) | yfcU | pseudogene, FimD fimbrial export usher family;putative membrane; Not classified; putative outer membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (108/100); new base T (38/31); total (146/131) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.78e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 280 total aligned reads displayed.
TAGTTGGTCTGCCAGTCAGCGCGCATACGCCATGGCCCCAGGTTAACCCCGACCGTCCCGTTGCCGCTGATCTCGTTACTGTCATCGCCGCCATTTTCTTCGTGTCGTGTTTGCGCAGTGATGCTGTAGTCCGCAATGATCCCGGAGATGCCATCATCCCAACGAGAAGGTGGATCCCAGTCGGGCCAGGTATATTCGAGGTAAGCCTGCGGTAGTGAAATGACTAATGCGGACTGGCTTAAATCAGCCTTAATTTCCACGCCTTCCAGTTGACCGGGCTTCAGGCATTTACCATCGTG > CP009273/2447828‑2448126 | gTTGGTCTGCCAGTCAGCGCGCATACGCCATGGCCCCAGGTTAACCCCGACCGTCCCGTTGCCGCTGATCTCGTTACTGTCATCGCCGCCATTTTCTTCGTGTCGTGTTTGCGCAGTGATGCTGTAGTCCGCAATGATCCCGGAGATTcc < 1:3148479/150‑1 (MQ=255) ttGGTCTGCCAGTCAGCGCGCATACGCCATGGCCCCAGGTTAACCCCGACCGTCCCGTTGCCGCTGATCTCGTTACTGTCATCGCCGCCATTTTCTTCGTGTCGTGTTTGCGCAGTGATGCTGTAGTCCGCAATGATCCCGGAGATGCca > 1:998447/1‑150 (MQ=255) tGGTCTGCCAGTCAGCGCGCATACGCCATGGCCCCAGGTTAACCCCGACCGTCCCGTTGCCGCTGATCTCGTTACTGTCATCGCCGCCATTTTCTTCGTGTCGTGTTTGCGCAGTGATGCTGTAGTCCGCAATGATCCCGGAGATGCcat > 2:4185910/1‑150 (MQ=255) 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tGCCATCATCCCAACGAGAAGGTGGATCCCAGTCGGGCCAGGTATATTCGAGGTAAGCCTGCGGTAGTGAAATGACTAATGCGGACTGGCTTAAATCAGCCTTAATTTCCACGCCTTCCAGTTGACCGGGCTTCAGGCATTTACCATCGt > 1:775853/1‑150 (MQ=255) gCCATCATCCCAACGAGAAGGTGGATCCCAGTCGGGCCAGGTATATTCGAGGTAAGCCTGCGGTAGTGAAATGACTAATGCGGACTGGCTTAAATCAGCCTTAATTTCCACGCCTTCCAGTTGACCGGGCTTCAGGCATTTACCATCGTg < 2:3333073/150‑1 (MQ=255) | TAGTTGGTCTGCCAGTCAGCGCGCATACGCCATGGCCCCAGGTTAACCCCGACCGTCCCGTTGCCGCTGATCTCGTTACTGTCATCGCCGCCATTTTCTTCGTGTCGTGTTTGCGCAGTGATGCTGTAGTCCGCAATGATCCCGGAGATGCCATCATCCCAACGAGAAGGTGGATCCCAGTCGGGCCAGGTATATTCGAGGTAAGCCTGCGGTAGTGAAATGACTAATGCGGACTGGCTTAAATCAGCCTTAATTTCCACGCCTTCCAGTTGACCGGGCTTCAGGCATTTACCATCGTG > CP009273/2447828‑2448126 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |