| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 2,463,906 | C→A | 23.8% | Q433K (CAA→AAA) | gtrS → | serotype‑specific glucosyl transferase, CPS‑53 (KpLE1) prophage |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 2,463,906 | 0 | C | A | 23.8% | 152.1 / 16.9 | 75 | Q433K (CAA→AAA) | gtrS | serotype‑specific glucosyl transferase, CPS‑53 (KpLE1) prophage |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (16/39); new base A (14/6); total (30/45) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.76e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TGTAGTATCTCTTTTTGGAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCG‑CCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGCC > CP009273/2463758‑2464055 | tGTAGTATCTCTTTTTGGAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTGTTTTTAATTTATAAAATAAATCa > 2:4241659/1‑150 (MQ=255) gtaTCTCTTTTTGGAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTGTTTTTATTTTTTAAAAAAAATaaaata > 1:2441104/1‑148 (MQ=255) ctctTTTTGGAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGATTATACATAACAGTCGTTTTTTTTATTTAtaaaaaaaataaaaaaaaaa > 1:4246751/1‑148 (MQ=255) 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ttGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAAATAAAAAAAATAAATAAAAAAGCGAAGTAAAAAAAGAAGTTTAAATTTCTCG‑CCCAACAAGTCGCGCCCAACCAagaataaaaa > 2:3484289/1‑146 (MQ=255) tgtattttATTTTTCGTTCGACCTTTGATTATAAATAACAGTCTTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCAATAAGTTTAAATTGCGCG‑CCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAAc < 1:1932529/143‑1 (MQ=255) tGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTATGTTTAAATTGCGCG‑CCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAAc < 1:1578662/150‑1 (MQ=255) ggATTGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTATTTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGTTGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCG‑CCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAAcc < 2:2582632/150‑1 (MQ=255) ggAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTGGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCG‑CCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAAcc < 2:152928/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |