| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 2,788,163 | C→A | 5.5% | S184R (AGC→AGA) | gabP → | gamma‑aminobutyrate transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 2,788,163 | 0 | C | A | 5.5% | 1110.2 / 31.5 | 293 | S184R (AGC→AGA) | gabP | gamma‑aminobutyrate transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (143/134); new base A (10/6); total (153/140) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.49e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.53e-01 | |||||||||||
Only 100 of 295 total aligned reads displayed.
CTCGCCTTAACTGGCAGTAACTTATTAAGCGTTAAAAACTACGGCGAATTTGAGTTCTGGCTGGCGCTGTGCAAAGTCATCGCTATCCTGGCCTTTATTTTCCTTGGTGCAGTCGCAATTAGCGGTTTTTACCCGTATGCCGAAGTGAGCGGGATCTCAAGATTGTGGGATAGCGGCGGCTTTATGCCCAACGGTTTCGGTGCGGTATTAAGCGCGATGTTGATCACCATGTTCTCGTTTATGGGCGCAGAAATTGTCACCATTGCCGCCGCGGAATCCGACACGCCGGAAAAACATA > CP009273/2788014‑2788311 | cTCGCCTTAACTGGCAGTAACTTATTAAGCGTTAAAAACTACGGCGAATTTGAGTTCTGGCTGGCGCTGTGCAAAGTCATCGCTATCCTGGCCTTTATTTTCCTTGGTGCAGTCGCAATTAGCGGTTTTTACCCGTATGCCGAAGTGAGc < 1:669601/150‑1 (MQ=255) gCCTTAACTGGCAGTAACTTATTAAGCGTTAAAAACTACGGCGAATTTGAGTTCTGGCTGGCGCTGTGCAAAGTCATCGCTATCCTGGCCTTTATTTTCCTTGGTGCAGTCGCAATTAGCGGTTTTTACCCGTATGCCGAAGTGAGAggg < 2:1069969/150‑1 (MQ=255) tAACTGGCAGTAACTTATTAAGCGTTAAAAACTACGGCGAATTTGAGTTCTGGCTGGCGCTGTGCAAAGTCATCGCTATCCTGGCCTTTATTTTCCTTGGTGCAGTCGCAATTAGCGGTTTTTACCCGTATGCCGAAGTGAGCGGGAtct < 1:4015413/150‑1 (MQ=255) aaCTGGCAGTAACTTATTAAGCGTTAAAAACTACGGCGAATTTGAGTTCTGGCTGGCGCTGTGCAAAGTCATCGCTATCCTGGCCTTTATTTTCCTTGGTGCAGTCGCAATTAGCGGTTTTTACCCGTATGCCGAAGTGAGCGGGAtctc > 1:3014732/1‑150 (MQ=255) tGGCAGTAACTTATTAAGCGTTAAAAACTACGGCGAATTTGAGTTCTGGCTGGCGCTGTGCAAAGTCATCGCTATCCTGGCCTTTATTTTCCTTGGTGCAGTCGCAATTAGCGGTTTTTACCCGTATGCCGAAGTGAGCGGGATCTCAAg > 2:4501380/1‑150 (MQ=255) gCAGTAACTTATTAAGCGTTAAAAACTACGGCGAATTTGAGTTCTGGCTGGCGCTGTGCAAAGTCATCGCTATCCTGGCCTTTATTTTCCTTGGTGCAGTCGCAATTAGCGGTTTTTACCCGTATGCCGAAGTGAGCGGGATCTCAAGAt < 2:755079/150‑1 (MQ=255) gCAGTAACTTATTAAGCGTTAAAAACTACGGCGAATTTGAGTTCTGGCTGGCGCTGTGCAAAGTCATCGCTATCCTGGCCTTTATTTTCCTTGGTGCAGTCGCAATTAGCGGTTTTTACCCGTATGCCGAAGTGAGCGGGATCTCAAGAt > 2:2290622/1‑150 (MQ=255) gCAGTAACTTATTAAGCGTTAAAAACTACGGCGAATTTGAGTTCTGGCTGGCGCTGTGCAAAGTCATCGCTATCCTGGCCTTTATTTTCCTTGGTGCAGTCGCAATTAGCGGTTTTTACCCGTATGCCGAAGTGAGCGGGATCTCAAGAt > 2:17297/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |