| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 2,877,756 | T→C | 8.2% | intergenic (‑259/+156) | casA ← / ← ygcB | CRISP RNA (crRNA) containing Cascade antiviral complex protein/R‑loop helicase‑annealase Cas3 needed for Cascade anti‑viral activity |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 2,877,756 | 0 | T | C | 8.2% | 313.9 / 15.1 | 98 | intergenic (‑259/+156) | casA/ygcB | CRISP RNA (crRNA) containing Cascade antiviral complex protein/R‑loop helicase‑annealase Cas3 needed for Cascade anti‑viral activity |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (60/30); new base C (2/6); total (62/36) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.84e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.37e-01 | |||||||||||
Only 100 of 102 total aligned reads displayed.
CATTCACTGCAAAAATATATTCATTGGTTTAATACAATTAACCTATACATATATTAAGATGTGTTGAATTGTTTAAAGACAATAATGCATGCATTTCAAATCTGCAAGTTATTCGTTTTATTATTAAAGAAACTTTTAGTTATAATAATTACCATGAATTTTATTACATAAAATATTCATACTGTGAATATAAAATCTCATACCGGGAAATTAAAAGAAGATGTACATTGTGCACCTTCCCTACTTAAGTAGGGATAAACCGTTATTGGTCTTATTATCGTCATTGATAACAATCATTC > CP009273/2877607‑2877905 | caTTCACTGCAAAAATATATTCATTGGTTTAATACAATTAACCTATACATATATTAAGATGTGTTGAATTGTTTAAAGACAATAATGCATGCATTTCAAATCTGCAAGTTATTCGTTTTATTATTAAAGAAACTTTTAGTTATAATAAtt > 2:4271229/1‑150 (MQ=255)caTTCACTGCAAAAATATATTCATTGGTTTAATACAATTAACCTATACATATATTAAGATGTGTTGAATTGTTTAAAGACAATAATGCATGCATTTCAAATCTGCAAGTTATTCGTTTTATTATTAAAGAAACTTTTAGTTATAATAAtt > 2:4272249/1‑150 (MQ=255) cACTGCAAAAATATATTCATTGGTTTAATACAATTAACCTATACATATATTAAGATGTGTTGAATTGTTTAAAGACAATAATGCATGCATTTCAAATCTGCAAGTTATTCGTTTTATTATTAAAGAAACTTTTAGTTATAATAATTACCa > 2:2736255/1‑150 (MQ=255) cTGCAAAAATATATTCATTGGTTTAATACAATTAACCTATACATATATTAAGATGTGTTGAATTGTTTAAAGACAATAATGCATGCATTTCAAATCTGCAAGTTATTCGTTTTATTATTAAAGAAACTTTTAGTTATAATAATTACCATg < 1:2042934/150‑1 (MQ=255) aaaaaTATATTCATTGGTTTAATACAATTAACCTATACATATATTAAGATGTGTTGAATTGTTTAAAGACAATAATGCATGCATTTCAAATCTGCAAGTTATTCGTTTTATTATTAAAGAAACTTTTAGTTATAATAATTACCATGAAtt < 1:1149337/150‑1 (MQ=255) aaTATATTCATTGGTTTAATACAATTAACCTATACATATATTAAGATGTGTTGAATTGTTTAAAGACAATAATGCATGCATTTCAAATCTGCAAGTTATTCGTTTTATTATTAAAGAAACTTTTAGTTATAATAATCACCATGAATTtta < 1:4469624/150‑1 (MQ=255) atatTCATTGGTTTAATACAATTAACCTATACATATATTAAGATGTGTTGAATTGTTTAAAGACAATAATGCATGCATTTCAAATCTGCAAGTTATTCGTTTTATTATTAAAGAAACTTTTAGTTATAATAATTACCATGAATTttatta < 2:584184/150‑1 (MQ=255) atatTCATTGGTTTAATACAATTAACCTATACATATATTAAGATGTGTTGAATTGTTTAAAGACAATAATGCATGCATTTCAAATCTGCAAGTTATTCGTTTTATTATTAAAGAAACTTTTAGTTATAATAATTACCATGAATTttatta < 2:3016808/150‑1 (MQ=255) atatTCATTGGTTTAATACAATTAACCTATACATATATTAAGATGTGTTGAATTGTTTAAAGACAATAATGCATGCATTTCAAATCTGCAAGTTATTCGTTTTATTATTAAAGAAACTTTTAGTTATAATAATTACCATGAATTttatta < 2:584568/150‑1 (MQ=255) tCATTGGTTTAATACAATTAACCTATACATATATTAAGATGTGTTGAATTGTTTAAAGACAATAATGCATGCATTTCAAATCTGCAAGTTATTCGTTTTATTATTAAAGAAACTTTTAGTTATAATAATTACCATGAATTTTATTACATa < 1:211287/150‑1 (MQ=255) tGGTTTAATACAATTAACCTATACATATATTAAGATGTGTTGAATTGTTTAAAGACAATAATGCATGCATTTCAAATCTGCAAGTTATTGGTTTTATTATTAAAGAAACTTTTAGTTATAATAATTACCATGAATTTTATTACATAAAat > 1:3352666/1‑150 (MQ=255) tGGTTTAATACAATTAACCTATACATATATTAAGATGTGTTGAATTGTTTAAAGACAATAATGCATGCATTTCAAATCTGCAAGTTATTCGTTTTATTATTAAAGAAACTTTTAGTTATAATAATTACCATGAATTTTATTACATAAAat > 1:3352658/1‑150 (MQ=255) ggTTTAATACAATTAACCTATACATATATTAAGATGTGTTGAATTGTTTAAAGACAATAATGCATGCATTTCAAATCTGCAAGTTATTCGTTTTATTATTAAAGAAACTTTTAGTTATAATAATTACCATGAATTTTATTACATAAAata > 1:4798799/1‑150 (MQ=255) gTTTAATACAATTAACCTATACATATATTAAGATGTGTTGAATTGTTTAAAGACAATAATGCATGCATTTCAAATCTGCAAGTTATTCGTTTTATTATTAAAGAAACTTTTAGTTATAATAATCACCATGAATTTTATTACATAAAatat < 1:2808426/150‑1 (MQ=255) gTTTAATACAATTAACCTATACATATATTAAGATGTGTTGAATTGTTTAAAGACAATAATGCATGCATTTCAAATCTGCAAGTTATTCGTTTTATTATTAAAGAAACTTTTAGTTATAATAATCACCATGAATTTTATTACATAAAatat < 1:2808706/150‑1 (MQ=255) gTTTAATACAATTAACCTATACATATATTAAGATGTGTTGAATTGTTTAAAGACAATAATGCATGCATTTCAAATCTGCAAGTTATTCGTTTTATTATTAAAGAAACTTTTAGTTATAATAATCACCATGAATTTTATTACATAAAatat < 1:2809429/150‑1 (MQ=255) tAATACAATTAACCTATACATATATTAAGATGTGTTGAATTGTTTAAAGACAATAATGCATGCATTTCAAATCTGCAAGTTATTCGTTTTATTATTAAAGAAACTTTTAGTTATAATAATTACCATGAATTTTATTACATAAAATATTCa > 1:4828392/1‑150 (MQ=255) tAATACAATTAACCTATACATATATTAAGATGTGTTGAATTGTTTAAAGACAATAATGCATGCATTTCAAATCTGCAAGTTATTCGTTTTATTATTAAAGAAACTTTTAGTTATAATAATTACCATGAATTTTATTACATAAAATATTCa > 1:4827610/1‑150 (MQ=255) aTACAATTAACCTATACATATATTAAGATGTGTTGAATTGTTTAAAGACAATAATGCATGCATTTCAAATCTGCAAGTTATTCGTTTTATTATTAAAGAAACTTTTAGTTATAATAATTAACATGAATTTTATTACATAAAATATTAATa > 2:4335740/1‑150 (MQ=255) aaTTAACCTATACATATATTAAGATGTGTTGAATTGTTTAAAGACAATAATGCATGCATTTCAAATCTGCAAGTTATTCGTTTTATTATTAAAGAAACTTTTAGTTATAATAATTACCATGAATTTTATTACATAAAATATTCATACtgt < 2:1799272/150‑1 (MQ=255) aaTTAACCTATACATATATTAAGATGTGTTGAATTGTTTAAAGACAATAATGCATGCATTTCAAATCTGCAAGTTATTCGTTTTATTATTAAAGAAACTTTTAGTTATAATAATTACCATGAATTTTATTACATAAAATATTCATACtgt < 1:4727507/150‑1 (MQ=255) ttAACCTATACATATATTAAGATGTGTTGAATTGTTTAAAGACAATAATGCATGCATTTCAAATCTGCAAGTTATTCGTTTTATTATTAAAGAAACTTTTAGTTATAATAATTACCATGAATTTTATTACATAAAATATTCATACTGTGa > 2:4428457/1‑150 (MQ=255) tAACCTATACATATATTAAGATGTGTTGAATTGTTTAAAGACAATAATGCATGCATTTCAAATCTGCAAGTTATTCGTTTTATTATTAAAGAAACTTTTAGTTATAATAATTACCATGAATTTTATTACATAAAATATTCATACTGTGaa < 2:646202/150‑1 (MQ=255) tAACCTATACATATATTAAGATGTGTTGAATTGTTTAAAGACAATAATGCATGCATTTCAAATCTGCAAGTTATTCGTTTTATTATTAAAGAAACTTTTAGTTATAATAATTACCATGAATTTTATTACATAAAATATTCATACTGTGaa > 1:3295415/1‑150 (MQ=255) tAACCTATACATATATTAAGATGTGTTGAATTGTTTAAAGACAATAATGCATGCATTTCAAATCTGCAAGTTATTCGTTTTATTATTAAAGAAACTTTTAGTTATAATAATTACCATGAATTTTATTACATAAAATATTCATACTGTGaa > 1:3295510/1‑150 (MQ=255) aCCTATACATATATTAAGATGTGTTGAATTGTTTAAAGACAATAATGCATGCATTTCAAATCTGCAAGTTATTCGTTTTATTATTAAAGAAACTTTTAGTTATAATAATCACCATGAATTTTATTACATAAAATATTCATACTGTGAata < 1:3393651/150‑1 (MQ=255) cTATACATATATTAAGATGTGTTGAATTGTTTAAAGACAATAATGCATGCATTTCAAATCTGCAAGTTATTCGTTTTATTATTAAAGAAACTTTTAGTTATAATAATTACCATGAATTTTATTACATAAAATATTCATACTGTGAAtata > 1:138331/1‑150 (MQ=255) taCATATATTAAGATGTGTTGAATTGTTTAAAGACAATAATGCATGCATTTCAAATCTGCAAGTTATTCGTTTTATTATTAAAGAAACTTTTAGTTATAATAATTACCATGAATTTTATTACATAAAATATTCATACTGTGAATATaaaa < 1:1909379/150‑1 (MQ=255) aCATATATTAAGATGTGTTGAATTGTTTAAAGACAATAATGCATGCATTTCAAATCTGCAAGTTATTCGTTTTATTATTAAAGAAACTTTTAGTTATAATAATTACCATGAATTTTATTACATAAAATATTCATACTGTGAATATAAAAt < 2:3752267/150‑1 (MQ=255) aCATATATTAAGATGTGTTGAATTGTTTAAAGACAATAATGCATGCATTTCAAATCTGCAAGTTATTCGTTTTATTATTAAAGAAACTTTTAGTTATAATAATTACCATGAATTTTATTACATAAAATATTCATACTGTGAATATAAAAt > 2:4133745/1‑150 (MQ=255) aTGTGTTGAATTGTTTAAAGACAATAATGCATGCATTTCAAATCTGCAAGTTATTCGTTTTATTATTAAAGAAACTTTTAGTTATAATAATTACCATGAATTTTATTACATAAAATATTCATACTGTGAATATAAAATCTCATACCGGGa < 2:2097672/150‑1 (MQ=255) tnngTTGAATTGTTTAAAGACAATAATGCATGCATTTCAAATCTGCAAGTTATTCGTTTTATTATTAAAGAAACTTTTAGTTATAATAATTACCATGAATTTTATTACATAAAATATTCATACTGTGAATATAAAATCTCATACCGGGaa > 2:3376752/1‑150 (MQ=255) gtTGAATTGTTTATAGACAATAATGCATGCATTTCAAATCTGCAAGTTATTCGTTTTATTATTAAAGAAACTTTTTGTTATAATAATTACCATGAATTTTTTTACATAAAATATTCATACTGTGTATATAAAATCTCATACCGGGAAAtt < 1:1052504/150‑1 (MQ=255) gtTGAATTGTTTAAAGACAATAATGCATGCATTTCAAATCTGCAAGTTATTCGTTTTATTATTAAAGAAACTTTTAGTTATAATAATTACCATGAATTTTATTACATAAAATATTCATACTGTGAATATAAAATCTCATACCGGGAAAtt < 2:4828922/150‑1 (MQ=255) tGAATTGTTTAAAGACAATAATGCATGCATTTCAAATCTGCAAGTTATTCGTTTTATTATTAAAGAAACTTTTAGTTATAATAATTACCATGAATTTTATTACATAAAATATTCATACTGTGAATATAAAATCTCATACCGGGACATTaa > 1:1018281/1‑150 (MQ=255) tGAATTGTTTAAAGACAATAATGCATGCATTTCAAATCTGCAAGTTATTCGTTTTATTATTAAAGAAACTTTTAGTTATAATAATTACCATGAATTTTATTACATAAAATATTCATACTGTGAATATAAAATCTCATACCGGGAAATTaa > 2:582621/1‑150 (MQ=255) ttGTTTAAAGACAATAATGCATGCATTTCAAATCTGCAAGTTATTCGTTTTATTATTAAAGAAACTTTTAGTTATAATAATTACCATGAATTTTATTACATAAAATATTCATACTGTGAATATAAAATCTCATACCGGGAAATTAAaaga > 2:781976/1‑150 (MQ=255) ttGTTTAAAGACAATAATGCATGCATTTCAAATCTGAAAGTTATTCGTTTTATTATTAAAGAAACTTTTAGTTATAATAATTACCATGAATTTTATTACATAAAATATTCATACTGTGAATATAAAATCTCATACAGGGAAATTAAaaga > 2:1806619/1‑150 (MQ=255) tGTTTAAAGACAATAATGCATGCATTTCAAATCTGCAAGTTATTCGTTTTATTATTAAAGAAACTTTTAGTTATAATAATTACCATGAATTTTATTACATAAAATATTCATACTGTGAATATAAAATCTCATACCGGGAAATTAAaagaa > 1:3089713/1‑150 (MQ=255) tGTTTAAAGACAATAATGCATGCATTTCAAATCTGCAAGTTATTCGTTTTATTATTAAAGAAACTTTTAGTTATAATAATTACCATGAATTTTATTACATAAAATATTCATACTGTGAATATAAAATCTCATACCGGGAAATTAAaagaa > 1:3089439/1‑150 (MQ=255) aGACAATAATGCATGCATTTCAAATCTGCAAGTTATTCGTTTTATTATTAAAGAAACTTTTAGTTATAATAATTACCATGAATTTTATTACATAAAATATTCATACTGTGAATATAAAATCTCATACCGGGAAATTAAAAGAAGATGTAc > 1:70385/1‑150 (MQ=255) aCAATAATGCATGCATTTCAAATCTGCAAGTTATTCGTTTTATTATTAAAGAAACTTTTAGTTATAATAATTACCATGAATTTTATTACATAAAATATTCATACTGTGAATATAAAATCTCATACCGGGAAATTAAAAGAAGATGTACAt > 1:3826881/1‑150 (MQ=255) aataatGCATGCATTTCAAATCTGCAAGTTATTCGTTTTATTATTAAAGAAACTTTTAGTTATAATAATTACCATGAATTTTATTACATAAAATATTCATACTGTGAATATAAAATCTCATACCAGGAAATTAAAAGAAGATGTACATtg > 1:811990/1‑150 (MQ=255) taatGCATGCATTTCAAATCTGCAAGTTATTCGTTTTATTATTAAAGAAACTTTTAGTTATAATAATTACCATGAATTTTATTACATAAAATATTCATACTGTGAATATAAAATCTCATACCGGGAAATTAAAAGAATATGTACATtgtg > 1:4644087/1‑150 (MQ=255) taatGCATGCATTTCAAATCTGCAAGTTATTCGTTTTATTATTAAAGAAACTTTTAGTTATAATAATTACCATGAATTTTATTACATAAAATATTCATACTGTGAATATAAAATCTCATACCGGGAAATTAAAAGAAGATGTACATtgtg > 1:1374196/1‑150 (MQ=255) taatGCATGCATTTCAAATCTGCAAGTTATTCGTTTTATTATTAAAGAAACTTTTAGTTATAATAATTACCATGAATTTTATTACATAAAATATTCATACTGTGAATATAAAATCTCATACCGGGAAATTAAAAGAAGATGTACATtgtg > 1:1374325/1‑150 (MQ=255) taatGCATGCATTTCAAATCTGCAAGTTATTCGTTTTATTATTAAAGAAACTTTTAGTTATAATAATTACCATGAATTTTATTACATAAAATATTCATACTGTGAATATAAAATCTCATACCGGGAAATTAAAAGAAGATGTACATtgtg < 2:376593/150‑1 (MQ=255) aatGCATGCATTTCAAATCTGCAAGTTATTCGTTTTATTATTAAAGAAACTTTTAGTTATAATAATTACCATGAATTTTATTACATAAAATATTCATACTGTGAATATAAAATCTCATACCGGGAAATTAAAAGAAGATGTACATTGTGc > 1:4635152/1‑150 (MQ=255) ttCAAATCTGCAAGTTATTCGTTTTATTATTAAAGAAACTTTTAGTTATAATAATTACCATGAATTTTATTACATAAAATATTCATACTGTGAATATAAAATCTCATACCGGGAAATTAAAAGAAGATGTACATTGTGCACCTTCCCTAc > 2:1956927/1‑150 (MQ=255) aaTCTGCAAGTTATTCGTTTTATTATTAAAGAAACTTTTAGTTATAATAATCACCATGAATTTTATTACATAAAATATTCATACTGTGAATATAAAATCTCATACCGGGAAATTAAAAGAAGATGTACATTGTGCACCTTCCCTACTTaa > 2:457092/1‑150 (MQ=255) tCTGCAAGTTATTCGTTTTATTATTAAAGAAACTTTTAGTTATAATAATTACCATGAATTTTATTACATAAAATATTCATACTGTGAATATAAAATCTCATACCGGGAAATTAAAAGAAGATGTACATTGTGCACCTTCCCTACTTAAGt < 2:747614/150‑1 (MQ=255) tCTGCAAGTTATTCGTTTTATTATTAAAGAAACTTTTAGTTATAATAATTACCATGAATTTTATTACATAAAATATTCATACTGTGAATATAAAATCTCATACCGGGAAATTAAAAGAAGATGTACATTGTGCACCTTCCCTACTTAAGt < 1:3286605/150‑1 (MQ=255) tGCAAGTTATTCGTTTTATTATTAAAGAAACTTTTAGTTATAATAATTACCATGAATTTTATTACATAAAATATTCATACTGTGAATATAAAATCTCATACCGGGAAATTAAAAGAAGATGTACATTGTGCACCTTCCCTACTTAAGTAg > 2:2411600/1‑150 (MQ=255) aaGTTATTCGTTTTATTATTAAAGAAACTTTTAGTTATAATAATTACCATGAATTTTATTACATAAAATATTCATACTGTGAATATAAAATCTCATACCGGGAAATTAAAAGAAGATGTACATTGTGCACCTTCCCTACTTAAGTAGGGa > 2:4424428/1‑150 (MQ=255) tATTCGTTTTATTATTAAAGAAACTTTTAGTTATAATAATTACCATGAATTTTATTACATAAAATATTCATACTGTGAATATAAAATCTCATACCGGGAAATTAAAAGAAGATGTACATTGTGCACCTTCCCTACTTAAGTAGGGATaaa < 2:138331/150‑1 (MQ=255) aTTCGTTTTATTATTAAAGAAACTTTTAGTTATAATAATTACCATGAATTTTATTACATAAAATATTCATACTGTGAATATAAAATCTCATACCGGGAAATTAAAAGAAGATGTACATTGTGCACCTTCCCTACTTAAGTAGGGATAAAc > 2:3260245/1‑150 (MQ=255) aTTCGTTTTATTATTAAAGAAACTTTTAGTTATAATAATTACCATGAATTTTATTACATAAAATATTCATACTGTGAATATAAAATCTCATACCGGGAAATTAAAAGAAGATGTACATTGTGCACCTTCCCTACTTAAGTAGGGATAAAc > 2:3260242/1‑150 (MQ=255) ttCGTTTTATTATTAAAGAAACTTTTAGTTATAATAATTACCATGAATTTTATTACATAAAATATTCATACTGTGAATATAAAATCTCATACCGGGAAATTAAAAGAAGATGTACATTGTGCACCTTCCCTACTTAAGTAGGGATAAAcc < 2:2064155/150‑1 (MQ=255) tCGTTTTATTATTAAAGAAACTTTTAGTTATAATAATTACCATGAATTTTATTACATAAAATATTCATACTGTGAATATAAAATCTCATACCGGGAAATTAAAAGAAGATGTACATTGTGCACCTTCCCTACTTAAGTAGGGATAAACCg > 1:2468295/1‑150 (MQ=255) tCGTTTTATTATTAAAGAAACTTTTAGTTATAATAATTACCATGAATTTTATTACATAAAATATTCATACTGTGAATATAAAATCTCATACCGGGAAATTAAAAGAAGATGTACATTGTGCACCTTCCCTACTTAAGTAGGGATAAACCg > 1:2468205/1‑150 (MQ=255) cGTTTTATTATTAAAGAAACTTTTAGTTATAATAATTACCATGAATTTTATTACATAAAATATTCATACTGTGAATATAAAATCTCATACCGGGAAATTAAAAGAAGATGTACATTGTGCACCTTCCCTACTTAAGTAGGGATAAACCGt > 1:3555215/1‑150 (MQ=255) ttttATTATTAAAGAAACTTTTAGTTATAATAATTACCATGAATTTTATTACATAAAATATTCATACTGTGAATATAAAATCTCATACCGGGAAATTAAAAGAAGATGTACATTGTGCACCTTCCCTACTTAAGTAGGGATAAACCGTTa < 2:2082890/150‑1 (MQ=255) tattattaAAGAAACTTTTAGTTATAATAATTACCATGAATTTTATTACATAAAATATTCATACTGTGAATATAAAATCTCATACCGGGAAATTAAAAGAAGATGTACATTGTGCACCTTCCCTACTTAAGTAGGGATAAACCGTTATTg > 2:2986205/1‑150 (MQ=255) tattaAAGAAACTTTTAGTTATAATAATTACCATGAATTTTATTACATAAAATATTCATACTGTGAATATAAAATCTCATACCGGGAAATTAAAAGAAGATGTACATTGTGCACCTTCCCTACTTAAGTAGGGATAAACCGTTATTGGTc > 1:2629941/1‑150 (MQ=255) taAAGAAACTTTTAGTTATAATAATTACCATGAATTTTATTACATAAAATATTCATACTGTGAATATAAAATCTCATACCGGGAAATTTAAAGAAGATGTACATTGTGCACCTTCCCTACTTAAGTAGGGATAAACCGTTATTGGTGtta > 2:2012028/1‑150 (MQ=255) taAAGAAACTTTTAGTTATAATAATTACCATGAATTTTATTACATAAAATATTCATACTGTGAATATAAAATCTCATACCGGGAAATTAAAAGAAGATGTACATTGTGCACCTTCCCTACTTAAGTAGGGATAAACCGTTATTGGTCtta > 2:1335152/1‑150 (MQ=255) aaaGAAACTTTTAGTTATAATAATTACCATGAATTTTATTACATAAAATATTCATACTGTGAATATAAAATCTCATACCGGGAAATTAAAAGAAGATGTACATTGTGCACCTTCCCTACTTAAGTAGGGATAAACCGTTATTGGTCttat > 2:4051487/1‑150 (MQ=255) aaaGAAACTTTTAGTTATAATAATTACCATGAATTTTATTACATAAAATATTCATACTGTGAATATAAAATCTCATACCGGGAAATTAAAAGAAGATGTACATTGTGCACCTTCCCTACTTAAGTAGGGATAAACCGTTATTGGTCttat > 2:2527918/1‑150 (MQ=255) aaaGAAACTTTTAGTTATAATAATTACCATGAATTTTATTACATAAAATATTCATACTGTGAATATAAAATCTCATACCGGGAAATTAAAAGAAGATGTACAGTGTGCACCTTCCCTACTTAAGTAGGGATAAACCGTTATTGGTCttat > 2:2527949/1‑150 (MQ=255) gAAACTTTTAGTTATAATAATTACCATGAATTTTATTACATAAAATATTCATACTGTGAATATAAAATCTCATACCGGGAAATTAAAAGAAGATGTACATTGTGCACCTTCCCTACTTAAGTAGGGATAAACCGTTATTGGTCTtattat > 1:2893910/1‑150 (MQ=255) aaCTTTTAGTTATAATAATTACCATGAATTTTATTACATAAAATATTCATACTGTGAATATAAAATCTCATACCGGGAAATTAAAAGAAGATGTACATTGTGCACCTTCCCTACTTAAGTAGGGATAAACCGTTATTGGTCTTATTATCg < 1:4412768/150‑1 (MQ=255) aaCTTTTAGTTATAATAATTACCATGAATTTTATTACATAAAATATTCATACTGTGAATATAAAATCTCATACCGGGAAATTAAAAGAAGATGTACATTGTGCACCTTCCCTACTTAAGTAGGGATAAACCGTTATTGGTCTTATTATCg < 1:4412673/150‑1 (MQ=255) aaCTTTTAGTTATAATAATTACCATGAATTTTATTACATAAAATATTCATACTGTGAATATAAAATCTCATACCGGGAAATTAAAAGAAGATGTACATTGTGCACCTTCCCTACTTAAGTAGGGATAAACCGTTATTGGTCTTATTATCg < 1:4412678/150‑1 (MQ=255) aCTTTTAGTTATAATAATTACCATTAATTTTATTACATAAAATATTCATACTGTGAATATAAAATCTCATACCGGGAAATTAAAAGAAGATGTACATTGTGCACCTTCCCTACTTAAGTAGGGATAAACCGTTATTGGTCTTATTATCGt < 1:3784677/150‑1 (MQ=255) aCTTTTAGTTATAATAATTACCATGAATTTTATTACATAAAATATTCATACTGTGAATATAAAATCTCATACCGGGAAATTAAAAGAAGATGTACATTGTGCACCTTCCCTACTTAAGTAGGGATAAACCGTTATTGGTCTTATTATCGt > 2:2227004/1‑150 (MQ=255) cTTTTAGTTATAATAATTACCATGAATTTTATTACATAAAATATTCATACTGTGAATATAAAATCTCATACCGGGAAATTAAAAGAAGATGTACATTGTGCACCTTCCCTACTTAAGTAGGGATAAACCGTTATTGGTCTTATTATCGTc > 1:4513165/1‑150 (MQ=255) tttAGTTATAATAATTACCATGAATTTTATTACATAAAATATTCATACTGTGAATATAAAATCTCATACCGGGAAATTAAAAGAAGATGTACATTGTGCACCTTCCCTACTTAAGTAGGGATAAACCGTTATTGGTCTTATTATCGTCAt < 2:2166310/150‑1 (MQ=255) tttAGTTATAATAATTACCATGAATTTTATTACATAAAATATTCATACTGTGAATATAAAATCTCATACCGGGAAATTAAAAGAAGATGTACATTGTGCACCTTCCCTACTTAAGTAGGGATAAACCGTTATTGGTCTTATTATCGTCAt < 2:2164950/150‑1 (MQ=255) tttAGTTATAATAATTACCATGAATTTTATTACATAAAATATTCATACTGTGAATATAAAATCTCATACCGGGAAATTAAAAGAAGATGTACATTGTGCACCTTCCCTACTTAAGTAGGGATAAACCGTTATTGGTCTTATTATCGTCAt < 1:1875893/150‑1 (MQ=255) tAGTTATAATAATTACCATGAATTTTATTACATAAAATATTCATACTGTGAATATAAAATCTCATACCGGGAAATTAAAAGAAGATGTACATTGTGCACCTTCCCTACTTAAGTAGGGATAAACCGTTATTGGTCTTATTATCGTCATTg > 2:1603425/1‑150 (MQ=255) tAGTTATAATAATTACCATGAATTTTATTACATAAAATATTCATACTGTGAATATAAAATCTCATACCGGGAAATTAAAAGAAGATGAACATTGTGCACCTTCCCTACTAAAGAAGGGATAAACCGATATTGGTCTTATTATCGTCAttt > 2:4059688/1‑149 (MQ=255) aGTTATAATAATTACCATGAATTTTATTACATAAAATATTCATACTGTGAATATAAAATCTCATACCGGGAAATTAAAAGAAGATGTACATTGTGCACCTTCCCTACTTAAGTAGGGATAAACCGTTATTGGTCTTATTATCGTCATTGa > 2:3344898/1‑150 (MQ=255) aGTTATAATAATTACCATGAATTTTATTACATAAAATATTCATACTGTGAATATAAAATCTCATACCGGGAAATTAAAAGAAGATGTACATTGTGCACCTTCCCTACTTAAGTAGGGATAAACCGTTATTGGTCTTATTATCGTCATTGa > 2:546913/1‑150 (MQ=255) gTTATAATAATTACCATGAATTTTATTACATAAAATATTCATACTGTGAATATAAAATCTCATACCGGGAAATTAAAAGAAGATGTACATTGTGCACCTTCCCTACTTAAGTAGGGATAAACCGTTATTGGTCTTATTATCGTCATTGAt < 2:2006208/150‑1 (MQ=255) tataATAATTACCATGAATTTTATTACATAAAATATTCATACTGTGAATATAAAATCTCATACCGGGAAATTAAAAGAAGATGTACATTGTGCACCTTCCCTACTTAAGTAGGGATAAACCGTTATTGGTCTTATTATCGTCATTGATaa > 1:4251474/1‑150 (MQ=255) tataATAATTACCATGAATTTTATTACATAAAATATTCATACTGTGAATATAAAATCTCATACCGGGAAATTAAAAGAAGATGTACATTGTGCACCTTCCCTACTTAAGTAGGGATAAACCGTTATTGGTCTTATTATCGTCATTGATaa > 1:285915/1‑150 (MQ=255) tataATAATTACCATGAATTTTATTACATAAAATATTCATACTGTGAATATAAAATCTCATACCGGGAAATTAAAAGAAGATGTACATTGTGCACCTTCCCTACTTAAGTAGGGATAAACCGTTATTGGTCTTATTATCGTCATTGATaa > 1:285954/1‑150 (MQ=255) tataATAATTACCATGAATTTTATTACATAAAATATTCATACTGTGAATATAAAATCTCATACCGGGAAATTAAAAGAAGATGTACATTGTGCACCTTCCCTACTTAAGTAGGGATAAACCGTTATTGGTCTTATTATCGTCATTGATaa > 1:4252486/1‑150 (MQ=255) ataataATTACCATGAATTTTATTACATAAAATATTCATACTGTGAATATAAAATCTCATACCGGGAAATTAAAAGAAGATGTACATTGTGCACCTTCCCTACTTAAGTAGGGATAAACCGTTATTGGTCTTATTATCGTCATTGATAAc > 1:1276081/1‑150 (MQ=255) taataaTTACCATGAATTTTATTACATAAAATATTCATACTGTGAATATAAAATCTCATACCGGGAAATTAAAAGAAGATGTACATTGTGCACCTTCCCTACTTAAGTAGGGATAAACCGTTATTGGTCTTATTATCGTCATTGATAACa < 1:4428457/150‑1 (MQ=255) aataatTACCATGAATTTTATTACATAAAATATTCATACTGTGAATATAAAATCTCATACCGGGAAATTAAAAGAAGATGTACATTGTGCACCTTCCCTACTTAAGTAGGGATAAACCGTTATTGGTCTTATTATCGTCATTGATAACaa > 2:3373433/1‑150 (MQ=255) aataatTACCATGAATTTTATTACATAAAATATTCATACTGTGAATATAAAATCTCATACCGGGAAATTAAAAGAAGATGTACATTGTGCACCTTCCCTACTTAAGTAGGGATAAACCGTTATTGGTCTTATTATCGTCATTGATAACaa > 2:2370277/1‑150 (MQ=255) taatCACCATGAATTTTATTACATAAAATATTCATACTGTGAATATAAAATCTCATACCGGGAAATTAAAAGAAGATGTACATTGTGCACCTTCCCTACTTAAGTAGGGATAAACCGTTATTGGTCTTATTATCGTCATTGATAACAATc > 2:4085021/1‑150 (MQ=255) atTACCATGAATTTTATTACATAAAATATTCATACTGTGAATATAAAATCTCATACCGGGAAATTAAAAGAAGATGTACATTGTGCACCTTCCCTACTTAAGTAGGGATAAACCGTTATTGGTCTTATTATCGTCATTGATAACAATCAt > 2:3559753/1‑150 (MQ=255) atTACCATGAATTTTATTACATAAAATATTCATACTGTGAATATAAAATCTCATACCGGGAAATTAAAAGAAGATGTACATTGTGCACCTTCCCTACTTAAGTAGGGATAAACCGTTATTGGTCTTATTATCGTCATTGATAACAATCAt > 1:323237/1‑150 (MQ=255) atTACCATGAATTTTATTACATAAAATATTCATACTGTGAATATAAAATCTCATACCGGGAAATTAAAAGAAGATGTACATTGTGCACCTTCCCTACTTAAGTAGGGATAAACCGTTATTGGTCTTATTATCGTCATTGATAACAATCAt > 1:1473777/1‑150 (MQ=255) atTACCATGAATTTTATTACATAAAATATTCATACTGTGAATATAAAATCTCATACCGGGAAATTAAAAGAAGATGTACATTGTGCACCTTCCCTACTTAAGTAGGGATAAACCGTTATTGGTCTTATTATCGTCATTGATAACAATCAt < 2:1551496/150‑1 (MQ=255) atTACCATGAATTTTATTACATAAAATATTCATACTGTGAATATAAAATCTCATACCGGGAAATTAAAAGAAGATGTACATTGTGCACCTTCCCTACTTAAGTAGGGATAAACCGTTATTGGTCTTATTATCGTCATTGATAACAATCAt > 1:830569/1‑150 (MQ=255) tACCATGAATTTTATTACATAAAATATTCATACTGTGAATATAAAATCTCATACCGGGAAATTAAAAGAAGATGTACATTGTGCACCTTCCCTACTTAAGTAGGGATAAACCGTTATTGGTCTTATTATCGTCATTGATAACAATCATTc > 2:3395671/1‑150 (MQ=255) tACCATGAATTTTATTACATAAAATATTCATACTGTGAATATAAAATCTCATACCGGGAAATTAAAAGAAGATGTACATTGTGCACCTTCCCTACTTAAGTAGGGATAAACCGTTATTGGTCTTATTATCGTCATTGATAACAATCATTc > 2:3357972/1‑150 (MQ=255) | CATTCACTGCAAAAATATATTCATTGGTTTAATACAATTAACCTATACATATATTAAGATGTGTTGAATTGTTTAAAGACAATAATGCATGCATTTCAAATCTGCAAGTTATTCGTTTTATTATTAAAGAAACTTTTAGTTATAATAATTACCATGAATTTTATTACATAAAATATTCATACTGTGAATATAAAATCTCATACCGGGAAATTAAAAGAAGATGTACATTGTGCACCTTCCCTACTTAAGTAGGGATAAACCGTTATTGGTCTTATTATCGTCATTGATAACAATCATTC > CP009273/2877607‑2877905 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |