Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 2,970,289 | T→G | 22.3% | L111R (CTG→CGG) | galR → | galactose‑inducible d‑galactose regulon transcriptional repressor; autorepressor |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 2,970,289 | 0 | T | G | 22.3% | 558.2 / 213.2 | 283 | L111R (CTG→CGG) | galR | galactose‑inducible d‑galactose regulon transcriptional repressor; autorepressor |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (108/112); new base G (26/37); total (134/149) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.17e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.59e-01 |
Only 100 of 288 total aligned reads displayed.
CGGTCGGTCTGGTCGTTGGTGATGTTTCCGATCCGTTTTTCGGTGCAATGGTGAAAGCGGTCGAACAGGTGGCTTATCACACCGGTAATTTTTTATTGATTGGCAACGGTTACCACAACGAACAAAAAGAGCGTCAGGCCATTGAGCAACTGATCCGCCATCGCTGTGCTGCGTTGGTCGTCCATGCCAAAATGATCCCGGATGCTGATTTAGCCTCATTAATGAAACAAATGCCCGGTATGGTGCTGATCAACCGTATCCTGCCTGGCTTTGAAAACCGTTGTATTGCTCTGGACGATC > CP009273/2970139‑2970438 | cggtcggtCTGGTCGTTGGTGATGTTTCCGATCCG‑TTTTCGGTGCAATGGTGAAAGCGGTCGAACAGGTGGCTTATCACACCGGTAATTTTTTATTGATTGGCAACGGTTACCACAACGAACAAAAAGAGCGTCAGGCCATTGAGCAACt < 2:938771/150‑1 (MQ=255) ggtcggtcTGGTCGTTGGTGATGTTTCCGATCCGTTTTTCGGTGCAATGGTGAAAGCGGTCGAACAGGTGGCTTATCACACCGGTAATTTTTTATTGATTTGCAACGGTTACCACAACGAACAAAAAGAGCGTCAGGCCAATTAGCAACt > 1:1087370/1‑150 (MQ=255) cggtcTGGTCGTTGGTGATGTTTCCGATCCGTTTTTCGGTGCAATGGTGAAAGCGGTCGAACAGGTGGCTTATCACACCGGTAATTTTTTATTGATTGGCAACGGTTACCACAACGAACAAAAAGAGCGTCAGGCCATTGAGCAACGGAt < 1:606185/150‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |