| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 2,986,781 | T→A | 27.9% | I443I (ATT→ATA) | ygeH → | putative transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP009273 | 2,986,781 | 0 | T | A | 27.9% | 250.5 / 113.1 | 132 | I443I (ATT→ATA) | ygeH | putative transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (33/62); new base A (16/21); total (49/83) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.24e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 135 total aligned reads displayed.
TGTATAGACAAATCACTACAACTCGAACCCAGAAGACGAAAAGCAGTTGTGATAAAAGAATGTGTAGATATGTATGTGCCTAACCCGCTCAAAAACAACATTAAACTCTACTATAAAGAAACTGAGAGTGAAAGCCATCGAGTTATAATTGACAACATTTTGAAATTAAAGCAGCTGACGAGAATTTGTATGCGATAAATTTTTATTGACGCAATTTTATTATTTAGATGTATGCAACTTGTTATTTAAACAACAGAGATAAAAATATCTAAGATATTCACCTTATTGCAAGATATTTA > CP009273/2986632‑2986930 | tGTATAGACAAATCACTACAACTCGAACCCAGAAGACGAAAAGCAGTTGTGATAAAAGAATGTGTAGATATGTATGTGCCTAACCCGCTCAAAAACAACATTAAACTCTACTATAAAGAAACTGAGAGTGAAAGCCATCGAGTTATAAtt < 2:4567296/150‑1 (MQ=255) aGACAAATCACTACAACTCGAACCCAGAAGACGAAAAGCAGTTGTGATAAAAGAATGTGTAGATATGTATGTGCCTAACCCGCTCAAAAACAACATTAAACTCTACTATAAAGAAACTGAGAGTGAAAGCCATCGAGTTATAATTGacaa < 2:3803267/150‑1 (MQ=255) aGACAAATCACTACAACTCGAACCCAGAAGACGAAAAGCAGTTGTGATAAAAGAATGTGTAGATATGTATGTGCCTAACCCGCTCAAAAACAACATTAAACTCTACTATAAAGAAACTGAGAGTGAAAGCCATCGAGTTATAATTGacaa < 2:2822435/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |