Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 3,056,703 | C→A | 28.5% | R120S (CGC→AGC) | argK → | membrane ATPase/protein kinase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 3,056,703 | 0 | C | A | 28.5% | 603.8 / 257.2 | 333 | R120S (CGC→AGC) | argK | membrane ATPase/protein kinase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (111/126); new base A (50/46); total (161/172) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.99e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.75e-01 |
Only 100 of 339 total aligned reads displayed.
TTCTTGAGGCCTTTGGCATGTTGTTGATTCGAGAGGGATTAAAGGTCGCGGTTATTGCGGTCGATCCCAGCAGCCCGGTCACTGGCGGTAGCATTCTCGGGGATAAAACCCGCATGAATGACCTGGCGCGTGCCGAAGCGGCGTTTATTCGCCCGGTACCATCCTCCGGTCATCTGGGCGGTGCCAGTCAGCGAGCGCGGGAATTAATGCTGTTATGCGAAGCAGCGGGTTATGACGTAGTGATTGTCGAAACGGTTGGCGTCGGGCAGTCGGAAACAGAAGTCGCCCGCATGGTGGAC > CP009273/3056554‑3056852 | ttCTTGAGGCCTTTGGCATGTTGTTGATTCGAGAGGGATTAAAGGTCGCGGTTATTGCGGTCGATCCCAGCAGCCCGGTCACTGGCGGTAGCATTCTCGGGGATAAAACCCGCATGAATGACCTGGCGCGTGCCGAAGCGGCGTTTATTc > 1:1706856/1‑150 (MQ=255) ttCTTGAGGCCTTTGGCATGTTGTTGATTCGAGAGGGATTAAAGGTCGCGGTTATTGCGGTCGATCCCAGCAGCCCGGTCACTGGCGGTAGCATTCTCGGGGATAAAACCCGCATGAATGACCTGGCGCGTGCCGAAGCGGCGTTTATTc < 1:21747/150‑1 (MQ=255) tCTTGAGGCCTTTGGCATGTTGTTGATTCGAGAGGGATTAAAGGTCGCGGTTATTGCGGTCGATCCCAGCAGCCCGGTCACTGGCGGTAGCATTCTCGGGGATAAAACCCGCATGAATGACCTGGCGCGTGCCGAAGCGGCGTTTATTCg < 2:3583022/150‑1 (MQ=255) cTTGAGGCCTTTGGCATGTTGTTGATTCGAGAGGGATTAAAGGTCGCGGTTATTGCGGTCGATCCCAGCAGCCCGGTCACTGGCGGTAGCATTCTCGGGGATAAAACCCGCATGAATGACCTGGCGCGTGCCGAAGCGGCGTTTATTAGc > 1:4679993/1‑150 (MQ=255) ttGAGGCCTTTGGCATGTTGTTGATTCGAGAGGGATTAAAGGTCGCGGTTATTGCGGTCGATCCCAGCAGCCCGGTCACTGGCGGTAGCATTCTCGGGGATAAAACCCGCATGAATGACCTGGCGCGTGCCGAAGCGGCGTTTATTCGcc > 1:862555/1‑150 (MQ=255) aGGCCTTTGGCATGTTGTTGATTCGAGAGGGATTAAAGGTCGCGGTTATTGCGGTCGATCCCAGCAGCCCGGTCACTGGCGGTAGCATTCTCGGGGATAAAACCCGCATGAATGACCTGGCGCGTGCCGAAGCGGCGTTTATTCGCCCgg > 2:1348392/1‑150 (MQ=255) gCCTTTGGCATGTTGTTGATTCGAGAGGGATTAAAGGTCGCGGTTATTGCGGTCGATCCCAGCAGCCCGGTCACTGGCGGTAGCATTCTCGGGGATAAAACCCGCATGAATGACCTGGCGCGTGCCGAAGCGGCGTTTATTAGCCCGGTa > 1:1680472/1‑150 (MQ=255) ccTTTGGCATGTTGTTGATTCGAGAGGGATTAAAGGTCGCGGTTATTGCGGTCGATCCCAGCAGCCCGGTCACTGGCGGTAGCATTCTCGGGGATAAAACCCGCATGAATGACCTGGCGCGTGCCGAAGCGGCGTTTATTCGCCCGGTAc < 2:1934270/150‑1 (MQ=255) cTTTGGCATGTTGTTGATTCGAGAGGGATTAAAGGTCGCGGTTATTGCGGTCGATCCCAGCAGCCCGGTCACTGGCGGTAGCATTCTCGGGGATAAAACCCGCATGAATGACCTGGCGCGTGCCGAAGCGGCGTTTATTCGCCCGGTAcc < 2:49975/150‑1 (MQ=255) cTTTGGCATGTTGTTGATTCGAGAGGGATTAAAGGTCGCGGTTATTGCGGTCGATCCCAGCAGCCCGGTCACTGGCGGTAGCATTCTCGGGGATAAAACCCGCATGAATGACCTGGCGCGTGCCGAAGCGGCGTTTATTCGCCCGGTAcc < 2:2483413/150‑1 (MQ=255) cTTTGGCATGTTGTTGATTCGAGAGGGATTAAAGGTCGCGGTTATTGCGGTCGATCCCAGCAGCCCGGTCACTGGCGGTAGCATTCTCGGGGATAAAACCCGCATGAATGACCTGGCGCGTGCCGAAGCGGCGTTTATTCGCCCGGTAcc < 2:2233185/150‑1 (MQ=255) tGGCATGTTGTTGATTCGAGAGGGATTAAAGGTCGCGGTTATTGCGGTCGATCCCAGCAGCCCGGTCACTGGCGGTAGCATTCTCGGGGATAAAACCCGCATGAATGACCTGGCGCGTGCCGAAGCGGCGTTTATTCGCCCGGTACCAtc > 2:4127381/1‑150 (MQ=255) tGGCATGTTGTTGATTCGAGAGGGATTAAAGGTCGCGGTTATTGCGGTCGATCCCAGCAGCCCGGTCACTGGCGGTAGCATTCTCGGGGATAAAACCCGCATGAATGACCTGGCGCGTGCCGAAGCGGCGTTTATTCGCCCGGTACCAtc > 2:3482146/1‑150 (MQ=255) tGGCATGTTGTTGATTCGAGAGGGATTAAAGGTCGCGGTTATTGCGGTCGATCCCAGCAGCCCGGTCACTGGCGGTAGCATTCTCGGGGATAAAACCCGCATGAATGACCTGGCGCGTGCCGAAGCGGCGTTTATTAGCCCGGTACCAtc > 1:583926/1‑150 (MQ=255) tGGCATGTTGTTGATTCGAGAGGGATTAAAGGTCGCGGTTATTGCGGTCGATCCCAGCAGCCCGGTCACTGGCGGTAGCATTCTCGGGGATAAAACCCGCATGAATGACCTGGCGCGTGCCGAAGCGGCGTTTATTAGCCCGGTACCAtc > 2:1508281/1‑150 (MQ=255) gCATGTTGTTGATTCGAGAGGGATTAAAGGTCGCGGTTATTGCGGTCGATCCCAGCAGCCCGGTCACTGGCGGTAGCATTCTCGGGGATAAAACCCGCATGAATGACCTGGCGCGTGCCGAAGCGGCGTTTATTCGCCCGGTACCAtcct < 1:4020363/150‑1 (MQ=255) gCATGTTGTTGATTCGAGAGGGATTAAAGGTCGCGGTTATTGCGGTCGATCCCAGCAGCCCGGTCACTGGCGGTAGCATTCTCGGGGATAAAACCCGCATGAATGACCTGGCGCGTGCCGAAGCGGCGTTTATTCGCCCGGTACCAtcct < 2:4784731/150‑1 (MQ=255) cATGTTGTTGATTCGAGAGGGATTAAAGGTCGCGGTTATTGCGGTCGATCCCAGCAGCCCGGTCACTGGCGGTAGCATTCTCGGGGATAAAACCCGCATGAATGACCTGGCGCGTGCCGAAGCGGCGTTTATTCGCCCGGTACCAtcctc > 2:1316667/1‑150 (MQ=255) 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gagGGATTAACGGTCGCGGTTAGTGCGGTCGATCCCAGCAGCCCGGTCACTGGCGGTAGCATTCTCGGGGATAAAACCCGCATGAATGACCTGGCGCGTGCCGAAGCGGCGTTTATTCGCCCGGTACCATCCTCCGGTCATCTGGGCGGt < 1:4497016/150‑1 (MQ=255) gagGGATTAAAGGTCGCGGTTATTGCGGTCGATCCCAGCAGCCCGGTCACTGGCGGTAGCATTCTCGGGGATAAAACCCGCATGAATGACCTGGCGCGTGCCGAAGCGGCGTTTATTCGCCCGGTACCATCCTCCGGTCATCTGGGCGGt < 2:2779699/150‑1 (MQ=255) gggATTAAAGGTCGCGGTTATTGCGGTCGATCCCAGCAGCCCGGTCACTGGCGGTAGCATTCTCGGGGATAAAACCCGCATGAATGACCTGGCGCGTGCCGAAGCGGCGTTTATTAGCCCGGTACCATCCTCCGGTCATCTGGGCGGTGc > 1:306557/1‑150 (MQ=255) aTTAAAGGTCGCGGTTATTGCGGTCGATCCCAGCAGCCCGGTCACTGGCGGTAGCATTCTCGGGGATAAAACCCGCATGAATGACCTGGCGCGTGCCGAAGCGGCGTTTATTAGCCCGGTACCATCCTCCGGTCATCTGGGCGGTGCCAg > 2:3903575/1‑150 (MQ=255) aTTAAAGGTCGCGGTTATTGCGGTCGATCCCAGCAGCCCGGTCACTGGCGGTAGCATTCTCGGGGATAAAACCCGCATGAATGACCTGGCGCGTGCCGAAGCGGCGTTTATTAGCCCGGTACCATCCTCCGGTCATCTGGGCGGTGCCAg > 2:380398/1‑150 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |