| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 3,056,837 | C→A | 30.9% | V164V (GTC→GTA) | argK → | membrane ATPase/protein kinase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,056,837 | 0 | C | A | 30.9% | 557.0 / 271.2 | 296 | V164V (GTC→GTA) | argK | membrane ATPase/protein kinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (74/130); new base A (37/55); total (111/185) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.20e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 299 total aligned reads displayed.
GAAGCGGCGTTTATTCGCCCGGTACCATCCTCCGGTCATCTGGGCGGTGCCAGTCAGCGAGCGCGGGAATTAATGCTGTTATGCGAAGCAGCGGGTTATGACGTAGTGATTGTCGAAACGGTTGGCGTCGGGCAGTCGGAAACAGAAGTCGCCCGCATGGTGGACTGTTTTATCTCGTTGCAAATTGCCGGTGGCGGCGATGATCTGCAGGGCATTAAAAAAGGGCTGATGGAAGTGGCTGATCTGATCGTTATCAACAAAGACGATGGCGATAACCATACCAATGTCGCCATTGCCC > CP009273/3056688‑3056985 | gcggcgTTTATTCGCCCGGTACCATCCTCCGGTCATCTGGGCGGTGCCAGTCAGCGAGCGCGGGAATTAATGCTGTTATGCGAAGCAGCGGGTTATGACGTAGTGATTGTCGAAACGGTTGGCGTCGGGCAGTCGGAAACAGAAGTCGcc < 2:694036/150‑1 (MQ=255) cggcgTTTATTCGCCCGGTACCATCCTCCGGTCATCTGGGCGGTGCCAGTCAGCGAGCGCGGGAATTAATGCTGTTATGCGAAGCAGCGGGTTATGACGTAGTGATTGTCGAAACGGTTGGCGTCGGGCAGTCGGAAACAGAAGTCGccc < 2:3261838/150‑1 (MQ=255) cggcgTTTATTAGCCCGGTACCATCCTCCGGTCATCTGGGCGGTGCCAGTCAGCGAGCGCGGGAATTAATGCTGTTATGCGAAGCAGCGGGTTATGACGTAGTGATTGTCGAAACGGTTGGCGTCGGGCAGTCGGAAACAGAAGTAGccc < 2:4679993/150‑1 (MQ=255) tttATTCGCCCGGTACCATCCTCCGGTCATCTGGGCGGTGCCAGTCAGCGAGCGCGGGAATTAATGCTGTTATGCGAAGCAGCGGGTTATGACGTAGTGATTGTCGAAACGGTTGGCGTCGGGCAGTCGGAAACAGAAGTCGCCCGCAtg < 1:4467492/150‑1 (MQ=255) tttATTCGCCCGGTACCATCCTCCGGTCATCTGGGCGGTGCCAGTCAGCGAGCGCGGGAATTAATGCTGTTATGCGAAGCAGCGGGTTATGACGTAGTGATTGTCGAAACGGTTGGCGTCGGGCAGTCGGAAACAGAAGTCGCCCGCAtg < 1:3247088/150‑1 (MQ=255) tttATTCGCCCGGTACCATCCTCCGGTCATCTGGGCGGTGCCAGTCAGCGAGCGCGGGAATTAATGCTGTTATGCGAAGCAGCGGGTTATGACGTAGTGATTGTCGAAACGGTTGGCGTCGGGCAGTCGGAAACAGAAGTCGCCCGCAtg > 1:4640122/1‑150 (MQ=255) tttATTCGCCCGGTACCATCCTCCGGTCATCTGGGCGGTGCCAGTCAGCGAGCGCGGGAATTAATGCTGTTATGCGAAGCAGCGGGTTATGACGTAGTGATTGTCGAAACGGTTGGCGTCGGGCAGTCGGAAACAGAAGTCGCCCGCAtg < 2:4245327/150‑1 (MQ=255) ttATTCGCCCGGTACCATCCTCCGGTCATCTGGGCGGTGCCAGTCAGCGAGCGCGGGAATTAATGCTGTTATGCGAAGCAGCGGGTTATGACGTAGTGATTGTCGAAACGGTTGGCGTCGGGCAGTCGGAAACAGAAGTCGCCCGCAtgg < 2:675839/150‑1 (MQ=255) aTTCGCCCGGTACCATCCTCCGGTCATCTGGGCGGTGCCAGTCAGCGAGCGCGGGAATTAATGCTGTTATGCGAAGCAGCGGGTTATGACGTAGTGATTGTCGAAACGGTTGGCGTCGGGCAGTCGGAAACAGAAGTCGCCCGCAtggtg > 2:1332841/1‑150 (MQ=255) tCGCCCGGTACCATCCTCCGGTCATCTGGGCGGTGCCAGTCAGCGAGCGCGGGAATTAATGCTGTTATGCGAAGCAGCGGGTTATGACGTAGTGATTGTCGAAACGGTTGGCGTCGGGCAGTCGGAAACAGAAGTCGCCCGCATGGTGGa > 1:2384344/1‑150 (MQ=255) cGGTACCATCCTCCGGTCATCTGGGCGGTGCCAGTCAGCGAGCGCGGGAATTAATGCTGTTATGCGAAGCAGCGGGTTATGACGTAGTGATTGTCGAAACGGTTGGCGTCGGGCAGTCGGAAACAGAAGTCGCCCGCATGGTGGACTGtt < 2:187575/150‑1 (MQ=255) cGGTACCATCCTCCGGTCATCTGGGCGGTGCCAGTCAGCGAGCGCGGGAATTAATGCTGTTATGCGAAGCAGCGGGTTATGACGTAGTGATTGTCGAAACGGTTGGCGTCGGGCAGTCGGAAACAGAAGTCGCCCGCATGGTGGACTGtt < 2:4399973/150‑1 (MQ=255) ggTACCATCCTCCGGTCATCTGGGCGGTGCCAGTCAGCGAGCGCGGGAATTAATGCTGTTATGCGAAGCAGCGGGTTATGACGTAGTGATTGTCGAAACGGTTGGCGTCGGGCAGTCGGAAACAGAAGTAGCCCGCATGGTGGACTGttt > 2:3966841/1‑150 (MQ=255) 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cGGAAACAGAAGTCGCCCGCATGGTGGACTGTTTTATCTCGTTGCAAATTGCCGGTGGCGGCGATGATCTGCAGGGCATTAAAAAAGGGCTGATGGAAGTGGCTGATCTGATCGTTATCAACAAAGACGATGGCGATAACCATACCAATg < 1:3899651/150‑1 (MQ=255) ggAAACAGAAGTCGCCCGCATGGTGGACTGTTTTATCTCGTTGCAAATTGCCGGTGGCGGCGATGATCTGCAGGGCATTAAAAAAGGGCTGATGGAAGTGGCTGATCTGATCGTTATCAACAAAGACGATGGCGATAACCATACCAATGt > 2:2582995/1‑150 (MQ=255) aaaCAGAAGTCGCCCGCATGGTGGACTGTTTTATCTCGTTGCAAATTGCCGGTGGCGGCGATGATCTGCAGGGCATTAAAAAAGGGCTGATGGAAGTGGCTGATCTGATCGTTATCAACAAAGACGATGGCGATAACCATACCAATGTCg < 2:850247/150‑1 (MQ=255) aaaCAGAAGTCGCCCGCATGGTGGACTGTTTTATCTCGTTGCAAATTGCCGGTGGCGGCGATGATCTGCAGGGCATTAAAAAAGGGCTGATGGAAGTGGCTGATCTGATCGTTATCAACAAAGACGATGGCGATAACCATACCAATGTCg > 2:4269636/1‑150 (MQ=255) aaCAGAAGTCGCCCGCATGGTGGACTGTTTTATCTCGTTGCAAATTGCCGGTGGCGGCGATGATCTGCAGGGCATTAAAAAAGGGCTGATGGAAGTGGCTGATCTGATCGTTATCAACAAAGACGATGGCGATAACCATACCAATGTCGc > 2:114163/1‑150 (MQ=255) cAGAAGTCGCCCGCATGGTGGACTGTTTTATCTCGTTGCAAATTGCCGGTGGCGGCGATGATCTGCAGGGCATTAAAAAAGGGCTGATGGAAGTGGCTGATCTGATCGTTATCAACAAAGACGATGGCGATAACCATACCAATGTCGCCa < 2:2729659/150‑1 (MQ=255) gAAGTCGCCCGCATGGTGGACTGTTTTATCTCGTTGCAAATTGCCGGTGGCGGCGATGATCTGCAGGGCATTAAAAAAGGGCTGATGGAAGTGGCTGATCTGATCGTTATCAACAAAGACGATGGCGATAACCATACCAATGTCGCCAtt < 1:3482159/150‑1 (MQ=255) gAAGTCGCCCGCATGGTGGACTGTTTTATCTCGTTGCAAATTGCCGGTGGCGGCGATGATCTGCAGGGCATTAAAAAAGGGCTGATGGAAGTGGCTGATCTGATCGTTATCAACAAAGACGATGGCGATAACCATACCAATGTCGCCAtt < 1:3798753/150‑1 (MQ=255) gAAGTCGCCCGCATGGTGGACTGTTTTATCTCGTTGCAAATTGCCGGTGGCGGCGATGATCTGCAGGGCATTAAAAAAGGGCTGATGGAAGTGGCTGATCTGATCGTTATCAACAAAGACGATGGCGATAACCATACCAATGTCGCCAtt < 1:4127381/150‑1 (MQ=255) gAAGTCGCCCGCATGGTGGACTGTTTTATCTCGTTGCAAATTGCCGGTGGCGGCGATGATCTGCAGGGCATTAAAAAAGGGCTGATGGAAGTGGCTGATCTGATCGTTATCAACAAAGACGATGGCGATAACCATACCAATGTCGCCAtt < 1:853067/150‑1 (MQ=255) aaGTAGCCCGCATGGTGGACTGTTTTATCTCGTTGCAAATTGCCGGTGGCGGCGATGATCTGCAGGGCATTAAAAAAGGGCTGATGGAAGTGGCTGATCTGATCGTTATCAACAAAGACGATGGCGATAACCATACCAATGTCGCCATTg < 2:4175497/150‑1 (MQ=255) tCGCCCGCATGGTGGACTGTTTTATCTCGTTGCAAATTGCCGGTGGCGGCGATGATCTGCAGGGCATTAAAAAAGGGCTGATGGAAGTGGCTGATCTGATCGTTATCAACAAAGACGATGGCGATAACCATACCAATGTCGCCATTGccc > 2:1486963/1‑150 (MQ=255) | GAAGCGGCGTTTATTCGCCCGGTACCATCCTCCGGTCATCTGGGCGGTGCCAGTCAGCGAGCGCGGGAATTAATGCTGTTATGCGAAGCAGCGGGTTATGACGTAGTGATTGTCGAAACGGTTGGCGTCGGGCAGTCGGAAACAGAAGTCGCCCGCATGGTGGACTGTTTTATCTCGTTGCAAATTGCCGGTGGCGGCGATGATCTGCAGGGCATTAAAAAAGGGCTGATGGAAGTGGCTGATCTGATCGTTATCAACAAAGACGATGGCGATAACCATACCAATGTCGCCATTGCCC > CP009273/3056688‑3056985 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |