| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 3,067,329 | A→G | 18.3% | intergenic (‑279/+6) | epd ← / ← yggC | D‑erythrose 4‑phosphate dehydrogenase/putative PanK family P‑loop kinase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,067,329 | 0 | A | G | 18.3% | 580.9 / 119.8 | 237 | intergenic (‑279/+6) | epd/yggC | D‑erythrose 4‑phosphate dehydrogenase/putative PanK family P‑loop kinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (88/105); new base G (23/20); total (111/126) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.00e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.92e-01 | |||||||||||
Only 100 of 247 total aligned reads displayed.
GCTTCAGCTAGGATAAGCGAAACGTGGAATAAAAGGAATGTTTGTCCAGCCGAAGAAGACATTTATCTGACTCACATCACACTTTTATCCCCTTTTGTGGGAAGCTTTATTCCAGGCTGGCGTAATAATAACCCTACAATAACTGGAATAAATTGTCAGCTTGTGAAGTGATACCGGCCTTCTTCAGTCATCTCTACTATCAGATTGGCCTGACGGCTATTCATCAGCACACGCTCGACATTGGGGCCATCGGTGCGGGCATAAAATGCTTCGGCTACTTGCCGCGTTAATCCTCCCG > CP009273/3067180‑3067477 | gCTTCAGCTAGGATAAGCGAAACGTGGAATAAAAGGAATGTTTGTCCAGCCGAAGAAGACATTTATCTGACTCACATCACACTTTTATCCCCTTTTGTGGGAAGCTTTATTCCAGGCTGGCGTAATAATAACCCTACAATAACTGGAATa > 2:4496400/1‑150 (MQ=255) cTTCAGCTAGGATAAGCGAAACGTGGAATAAAAGGAATGTTTGTCCAGCCGAAGAAGACATTTATCTGACTCACATCACACTTTTATCCCCTTTTGTGGGAAGCTTTATTCCAGGCTGGCGTAATAATAACCCTACAATAACTGGAATaa > 2:3028755/1‑150 (MQ=255) ttCAGCTAGGATAAGCGAAACGTGGAATAAAAGGAATGTTTGTCCAGCCGAAGAAGACATTTATCTGACTCACATCACACTTTTATCCCCTTTTGTGGGAAGCTTTATTCCAGGCTGGCGTAATAATAACCCTACAATAACTGGAATaaa > 2:2421346/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |