| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 3,067,371 | C→A | 24.5% | E226D (GAG→GAT) | yggC ← | putative PanK family P‑loop kinase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,067,371 | 0 | C | A | 24.5% | 544.6 / 158.9 | 229 | E226D (GAG→GAT) | yggC | putative PanK family P‑loop kinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (80/92); new base A (37/19); total (118/111) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.36e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.77e-01 | |||||||||||
Only 100 of 238 total aligned reads displayed.
TGTCCAGCCGAAGAAGACATTTATCTGACTCACATCACACTTTTATCCCCTTTTGTGGGAAGCTTTATTCCAGGCTGGCGTAATAATAACCCTACAATAACTGGAATAAATTGTCAGCTTGTGAAGTGATACCGGCCTTCTTCAGTCATCTCTACTATCAGATTGGCCTGACGGCTATTCATCAGCACACGCTCGACATTGGGGCCATCGGTGCGGGCATAAAATGCTTCGGCTACTTGCCGCGTTAATCCTCCCGCAATTTTACGACTAATCAAGCGCTCCCGCAGAATTTGAGCAGG > CP009273/3067222‑3067520 | tCCAGCCGAAGAAGACATTTATCTGACTCACATCACACTTTTATCCCCTTTTGTGGGAAGCTTTATTCCAGGCTGGCGTAATAATAACCCTACAATAACTGGAATGAATTGTCAGCTTGTGAAGTGATACCGGCCTTCTTCAGTCAtctc < 2:920044/150‑1 (MQ=255) tCCAGCCGAAGAAGACATTTATCTGACTCACATCACACTTTTATCCCCTTTTGTGGGAAGCTTTATTCCAGGCTGGCGTAATAATAACCCTACAATAACTGGAATAAATTGTCAGCTTGTGAAGTGATACCGGCCTTCTTCAGTCAtctc < 1:3191543/150‑1 (MQ=255) ccGAAGAAGACATTTATCTGACTCACATCACACTTTTATCCCCTTTTGTGGGAAGCTTTATTCCAGGCTGGCGTAATAATAACCCTACAATAACTGGAATGAATTGTCAGCTTGTGAAGTGATACCGGCCTTCTTCAGTCATCTctacta > 1:3144785/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |