| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 3,080,330 | C→T | 26.1% | S89F (TCC→TTC) | metK → | S‑adenosylmethionine synthetase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP009273 | 3,080,330 | 0 | C | T | 26.1% | 533.1 / 208.8 | 276 | S89F (TCC→TTC) | metK | S‑adenosylmethionine synthetase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (107/97); new base T (47/25); total (154/122) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.27e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 277 total aligned reads displayed.
CGTTGCTTGCGAAACCTACGTAAAAACCGGCATGGTTTTAGTTGGCGGCGAAATCACCACCAGCGCCTGGGTAGACATCGAAGAGATCACCCGTAACACCGTTCGCGAAATTGGCTATGTGCATTCCGACATGGGCTTTGACGCTAACTCCTGTGCGGTTCTGAGCGCTATCGGCAAACAGTCTCCTGACATCAACCAGGGCGTTGACCGTGCCGATCCGCTGGAACAGGGCGCGGGTGACCAGGGTCTGATGTTTGGCTACGCAACTAATGAAACCGACGTGCTGATGCCAGCACC > CP009273/3080181‑3080477 | ttgcttgcGAAACCTACGTAAAAACCGGCATGGTTTTAGTTGGCGGCGAAATCACCACCAGCGCCTGGGTAGACATCGAAGAGATCACCCGTAACACCGTTCGCGAAATTGGCTATGTGCATTCCGACATGGGCTTTGACGCTAACTCCt < 1:4501300/150‑1 (MQ=255) tgcGAAACCTACGTAAAAACCGGCATGGTTTTAGTTGGCGGCGAAATCACCACCAGCGCCTGGGTAGACATCGAAGAGATCACCCGTAACACCGTTCGCGAAATTGGCTATGTGCATTCCGACATGGGCTTTGACGCTAACTCCTGTGCg < 1:2500692/150‑1 (MQ=255) cGAAACCTACGTAAAAACCGGCATGGTTTTAGTTGGCGGCGAAATCACCACCAGCGCCTGGGTAGACATCGAAGAGATCACCCGTAACACCGTTCGCGAAATTGGCTATGTGCATTCCGACATGGGCTTTGACGCTAACTTCTGTGCGGt > 1:1320/1‑150 (MQ=255) gAAACCTACGTAAAAACCGGCATGGTTTTAGTTGGCGGCGAAATCACCACCAGCGCCTGGGTAGACATCGAAGAGATCACCCGTAACACCGTTCGCGAAATTGGCTATGTGCATTCCGACATGGGCTTTGACGCTAACTCCTGTGCGGtt > 2:1536187/1‑150 (MQ=255) aCGTAAAAACCGGCATGGTTTTAGTTGGCGGCGAAATCACCACCAGCGCCTGGGTAGACATCGAAGAGATCACCCGTAACACCGGTCGCGAAATTGGCTATGTGCATTCCGACAGGGGCTTTGACGCTAACTTCTGTGCGGTTCTGAgcg > 2:1285689/1‑150 (MQ=255) aaaaaCCGGCATGGTTTTAGTTGGCGGCGAAATCACCACCAGCGCCTGGGTAGACATCGAAGAGATCACCCGTAACACCGTTCGCGAAATTGGCTATGTGCATTCCGACATGGGCTTTGACGCTAACTCCTGTGCGGTTCTGAGCGCTAt > 1:2850133/1‑150 (MQ=255) aaaaCCGGCATGGTTTTAGTTGGCGGCGAAATCACCACCAGCGCCTGGGTAGACATCGAAGAGATCACCCGTAACACCGTTCGCGAAATTGGCTATGTGCATTCCGACATGGGCTTTGACGCTAACTCCTGTGCGGTTCTGAGCGCTATc < 2:2611218/150‑1 (MQ=255) aaaCCGGCATGGTTTTAGTTGGCGGCGAAATCACCACCAGCGCCTGGGTAGACATCGAAGAGATCACCCGTAACACCGTTCGCGAAATTGGCTATGTGCATTCCGACATGGGCTTTGACGCTAACTCCTGTGCGGTTCTGAGCGCTATCg < 2:1788413/150‑1 (MQ=255) aaCCGGCATGGTTTTAGTTGGCGGCGAAATCACCACCAGCGCCTGGGTAGACATCGAAGAGATCACCCGTAACACCGTTCGCGAAATTGGCTATGTGCATTCCGACATGGGCTTTGACGCTAACTCCTGTGCGGTTCTGAGCGCTATCgg > 1:4100158/1‑150 (MQ=255) cATGGTTTTAGTTGGCGGCGAAATCACCACCAGCGCCTGGGTAGACATCGAAGAGATCACCCGTAACACCGTTCGCGAAATTGGCTATGTGCATTCCGACATGGGCTTTGACGCTAACTCCTGTGCGGTTCTGAGCGCTATCGGCAAACa > 1:2012371/1‑150 (MQ=255) ttttAGTTGGCGGCGAAATCACCACCAGCGCCTGGGTAGACATCGAAGAGATCACCCGTAACACCGTTCGCGACATTGGCTATGTGCATTCCGACATGGGCTTTGACGCTAACTCCTGTGCGGTTCTGAGCGCTATCGGCAAACAGtctc > 2:4831995/1‑150 (MQ=255) ttttAGTTGGCGGCGAAATCACCACCAGCGCCTGGGTAGACATCGAAGAGATCACCCGTAACACCGTTCGCGAAATTGGCTATGTGCATTCCGACATGGGCTTTGACGCTAACTTCTGTGCGGTTCTGAGCGCTATCGGCAAACAGtctc < 2:2822757/150‑1 (MQ=255) ttttAGTTGGCGGCGAAATCACCACCAGCGCCTGGGTAGACATCGAAGAGATCACCCGTAACACCGTTCGCGAAATTGGCTATGTGCATTCCGACATGGGCTTTGACGCTAACTTCTGTGCGGTTCTGAGCGCTATCGGCAAACAGtctc > 2:3905153/1‑150 (MQ=255) 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accaGCGCCTGGGTAGACATCGAAGAGATCACCCGTAACACCGTTCGCGAAATTGGCTATGTGCATTCCGACATGGGCTTTGACGCTAACTCCTGTGCGGTTCTGAGCGCTATCGGCAAACAGTCTCCTGACATCAACCAGGGCGTTGAc > 1:3621114/1‑150 (MQ=255) ccaGCGCCTGGGTAGACATCGAAGAGATCACCCGTAACACCGTTCGCGAAATTGGCTATGTGCATTCCGACATGGGCTTTGACGCTAACTCCTGTGCGGTTCTGAGCGCTATCGGCAAACAGTCTCCTGACATCAACCAGGGCGTTGAcc < 1:4298874/150‑1 (MQ=255) caGCGCCTGGGTAGACATCGAAGAGATCACCCGTAACACCGTTCGCGAAATTGGCTATGTGCATTCCGACATGGGCTTTGACGCTAACTTCTGTGCGGTTCTGAGCGCTATCGGCAAACAGTCTCCTGACATCAACCAGGGCGTTGACCg > 2:4066749/1‑150 (MQ=255) caGCGCCTGGGTAGACATCGAAGAGATCACCCGTAACACCGTTCGCGAAATTGGCTATGTGCATTCCGACATGGGCTTTGACGCTAACTTCTGTGCGGTTCTGAGCGCTATCGGCAAACAGTCTCCTGACATCAACCAGGGCGTTGACCg > 2:4066871/1‑150 (MQ=255) aGCGCCTGGGTAGACATCGAAGAGATCACCCGTAACACCGTTCGCGAAATTGGCTATGTGCATTCCGTCATGGGCTTTGACGCTAACTTCTGTGCGGTTCTGAGCGCTATCGGCAAACAGTCTCCTGACATCAACCAGGGCGTTGACCGt > 2:104362/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |