| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP009273 | 3,182,370 | 0 | C | A | 18.8% | 459.6 / 81.0 | 165 | pseudogene (1591/2445 nt) | yqiG | pseudogene; fimbrial export usher family;putative membrane; Not classified; putative membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (70/64); new base A (19/12); total (89/76) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.26e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.32e-01 | |||||||||||
Only 100 of 166 total aligned reads displayed.
TCTTGAATCATTAAGGTTAAATACATACGTAAGTTTGGCTCGTAATACTTACTGGGACGCCAGCAGTAATGTGAATTATTCATTATCACTTAGCCGCGATTTTGATATCGGGCCATTAAAAAACGTCTCCACTTCTCTAACATTTAGCCGAATAAACTGGGAAGAAGACAACCAGGATCAACTGTACCTAAATATTTCGATTCCCTGGGGAACTAGTAGAACATTGAGCTATGGTATGCAACGAAATCAGGATAATGAGATTTCGCATACTGCTTCGTGGTATGACTCTTCCGATCGA > CP009273/3182222‑3182519 | tCTTGAATCATTAAGGTTAAATACATACGTAAGTTTGGCTCGTAATACTTACTGGGACGCCAGCAGTAATGTGAATTATTCATTATCACTTAGCCGCGATTTTGATATCGGGCCATTAAAAAACGTCTCCACTTCTCTAACATTTAGCCg > 2:2915935/1‑150 (MQ=255) aaTCATTAAGGTTAAATACATACGTAAGTTTGGCTCGTAATACTTACTGGGACGCCAGCAGTAATGTGAATTATTCATTATCACTTAGCCGCGATTTTGATATCGGGCCATTAAAAAACGTCTCCACTTCTCTAACATTTAGCCGAATaa > 2:2394434/1‑150 (MQ=255) aTTAAGTTTAAATACATACGTAATTTTGGCTCTTAATACTTACTGGGACGCATGCAGTAATGTTAATTATTCATTATCACTTAGCCGCTTTTTTTATATCGGGCAATTAAAAAACGTCTCCACTTCTCTAACATTTAGCCGAATAAACTg < 1:2283120/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |