| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 3,201,824 | G→T | 5.2% | E148* (GAG→TAG) | ttdT → | L‑tartrate/succinate antiporte |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,201,824 | 0 | G | T | 5.2% | 1014.3 / 26.7 | 270 | E148* (GAG→TAG) | ttdT | L‑tartrate/succinate antiporte |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (147/108); new base T (8/6); total (156/114) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.01e-01 | |||||||||||
Only 100 of 273 total aligned reads displayed.
TTTCTAATTCGGTTATCTGGCTGATTTTCGCCGCCTTTATGTTTGGCACAGGCTATGAAAAAACCGGGCTTGGACGCCGCATTGCGCTGATTCTGGTGAAAAAGATGGGACATCGCACGCTGTTTCTCGGCTATGCGGTGATGTTCTCCGAGCTGATCCTCGCACCTGTAACACCGTCCAACTCGGCGCGTGGTGCGGGGATTATCTATCCCATCATCCGTAACCTGCCACCGCTCTATCAATCACAACCAAACGACAGCAGTTCGCGCAGCATTGGCTCGTACATCATGTGGATGGG > CP009273/3201675‑3201972 | tttCTAATTCGGTTATCTGGCTGATTTTCGCCGCCTTTATGTTTGGCACAGGCTATGAAAAAACCGGGCTTGGACGCCGCATTGCGCTGATTCTGGTGAAAAAGATGGGACATCGCACGCTGTTTCTCGGCTATGCGGTGATGTTCTCCg > 1:4150565/1‑150 (MQ=255)tttCTAATTCGGTTATCTGGCTGATTTTCGCCGCCTTTATGTTTGGCACAGGCTATGAAAAAACCGGGCTTGGACGCCGCATTGCGCTGATTCTGGTGAAAAAGATGGGACATCGCACGCTGTTTCTCGGCTATGCGGTGATGTTCTCCg > 1:4353054/1‑150 (MQ=255) tCTAATTCGGTTATCTGGCTGATTTTCGCCGCCTTTATGTTTGGCACAGGCTATGAAAAAACCGGGCTTGGACGCCGCATTGCGCTGATTCTGGTGAAAAAGATGGGACATCGCACGCTGTTTCTCGGCTATGCGGTGATGTTCTCCGAg < 2:69902/150‑1 (MQ=255) tAATTCGGTTATCTGGCTGATTTTCGCCGCCTTTATGTTTGGCACAGGCTATGAAAAAACCGGGCTTGGACGCCGCATTGCGCTGATTCTGGTGAAAAAGATGGGACATCGCACGCTGTTTCTCGGCTATGCGGTGATGTTCTCCGAGCt > 2:911240/1‑150 (MQ=255) aaTTCGGTTATCTGGCTGATTTTCGCCGCCTTTATGTTTGGCACAGGCTATGAAAAAACCGGGCTTGGACGCCGCATTGCGCTGATTCTGGTGAAAAAGATGGGACATCGCACGCTGTTTCTCGGCTATGCGGTGATGTTCTCCGAGCTg > 2:3397253/1‑150 (MQ=255) aTTCGGTTATCTGGCTGATTTTCGCCGCCTTTATGTTTGGCACAGGCTATGAAAAAACCGGGCTTGGACGCCGCATTGCGCTGATTCTGGTGAAAAAGATGGGACATCGCACGCTGTTTCTCGGCTATGCGGTGATGTTCTCCGAGCTGa < 2:311346/150‑1 (MQ=255) ttCGGTTATCTGGCTGATTTTCGCCGCCTTTATGTTTGGCACAGGCTATGAAAAAACCGGGCTTGGACGCCGCATTGCGCTGATTCTGGTGAAAAAGATGGGACATCGCACGCTGTTTCTCGGCTATGCGGTGATGTTCTCCGAGCTGAt < 1:2615508/150‑1 (MQ=255) cGGTTATCTGGCTGATTTTCGCCGCCTTTATGTTTGGCACAGGCTATGAAAAAACCGGGCTTGGACGCCGCATTGCGCTGATTCTGGTGAAAAAGATGGGACATCGCACGCTGTTTCTCGGCTATGCGGTGATGTTCTCCGAGCTGATcc > 2:3358467/1‑150 (MQ=255) ggTTATCTGGCTGATTTTCGCCGCCTTTATGTTTGGCACAGGCTATGAAAAAACCGGGCTTGGACGCCGCATTGCGCTGATTCTGGTGAAAAAGATGGGACATCGCACGCTGTTTCTCGGCTATGCGGTGATGTTCTCCGAGCTGATCCt < 2:412070/150‑1 (MQ=255) tATCTGGCTGATTTTCGCCGCCTTTATGTTTGGCACAGGCTATGAAAAAACCGGGCTTGGACGCCGCATTGCGCTGATTCTGGTGAAAAAGATGGGACATCGCACGCTGTTTCTCGGCTATGCGGTGATGTTCTCCGAGCTGATCCTCGc > 2:259742/1‑150 (MQ=255) tATCTGGCTGATTTTCGCCGCCTTTATGTTTGGCACAGGCTATGAAAAAACCGGGCTTGGACGCCGCATTGCGCTGATTCTGGTGAAAAAGATGGGACATCGCACGCTGTTTCTCGGCTATGCGGTGATGTTCTCCGAGCTGATCCTCGc > 1:2519325/1‑150 (MQ=255) ggCTGATTTTCGCCGCCTTTATGTTTGGCACAGGCTATGAAAAAACCGGGCTTGGACGCCGCATTGCGCTGATTCTGGTGAAAAAGATGGGACATCGCACGCTGTTTCTCGGCTATGCGGTGATGTTCTCCGAGCTGATCCTCGCACCTg > 1:2031997/1‑150 (MQ=255) gccgccTTTATGTTTGGCACAGGCTATGAAAAAACCGGGCTTGGACGCCGCATTGCGCTGATTCTGGTGAAAAAGATGGGACATCGCACGCTGTTTCTCGGCTATGCGGTGATGTTCTCCGAGCTGATCCTCGCACCTGTAACACCGTcc > 2:2137880/1‑150 (MQ=255) 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ctcGGCTATGCGGTGATGTTCTCCGAGCTGATCCTCGCACCTGTAACACCGTCCAACTCGGCGCGTGGTGCGGGGATTATCTATCCCATCATCCGTAACCTGCCACCGCTCTATCAATCACAACCAAACGACAGCAGTTCGCGCAGCAtt > 2:953557/1‑150 (MQ=255) tcGGCTTTGGGGTGTTGTTCTCCGAGCTGATCCTCGCACCTTTAACACCGTCCAACTCGGCGCGTGGTGCGGGGATTATCTAGCCCATCATCCGTAACCTGCCACCGCTCTAACAACCACAACCACACGACAGCAGTTCGCGCAGCATTg < 1:3132542/150‑1 (MQ=255) cGGCTATGCGGTGATGTTCTCCGAGCTGATCCTCGCACCTGTAACACCGTCCAACTCGGCGCGTGGTGCGGGGATTATCTATCCCATCATCCGTAACCTGCCACCGCTCTATCAATCACAACCAAACGACAGCAGTTCGCGCAGCATTgg > 1:59117/1‑150 (MQ=255) ggCTATGCGGTGATGTTCTCCGAGCTGATCCTCGCACCTGTAACACCGTCCAACTCGGCGCGTGGTGCGGGTATTATCTATCCCATCATCCGTAACCTGCCACCGCTCTATCAATCACAACCAAACGACAGCAGTTCGCGCAGCATTGGc < 2:2519325/150‑1 (MQ=255) cTATGCGGTGATGTTCTCCGAGCTGATCCTCGCACCTGTAACACCGTCCAACTCGGCGCGTGGTGCGGGGATTATCTATCCCATCATCCGTAACCTGCCACCGCTCTAACAACCACAACCAAACGACAGCAGTTCGCGCAGCATTGGCTc < 2:1218341/150‑1 (MQ=255) 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aTGTTCTCCGAGCTGATCCTCGCACCTGTAACACCGTCCAACTCGGCGCGTGGTGCGGGGATTATCTATCCCATCATCCGTAACCTGCCACCGCTCTATCAATCACAACCAAACGACAGCAGTTCGCGCAGCATTGGCTCGTACATCAtg > 2:2169004/1‑150 (MQ=255) tGTTCGCCGTGCTGAGCCCCGCACCTGTAACACCGTCCAACTCGGCGGGTGTTGCGGGGATTATCTATCCCAACATCCGTAACCTGCCACCGCTCTATAAACCACAACCACACGACAGCAGTTCGCGCAGCATTGGCTCGTACATCAtgt < 1:162012/150‑1 (MQ=255) | TTTCTAATTCGGTTATCTGGCTGATTTTCGCCGCCTTTATGTTTGGCACAGGCTATGAAAAAACCGGGCTTGGACGCCGCATTGCGCTGATTCTGGTGAAAAAGATGGGACATCGCACGCTGTTTCTCGGCTATGCGGTGATGTTCTCCGAGCTGATCCTCGCACCTGTAACACCGTCCAACTCGGCGCGTGGTGCGGGGATTATCTATCCCATCATCCGTAACCTGCCACCGCTCTATCAATCACAACCAAACGACAGCAGTTCGCGCAGCATTGGCTCGTACATCATGTGGATGGG > CP009273/3201675‑3201972 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |